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浙江境内的新石器时代考古，发端于1936年吴越史地研究会与西湖博物馆在杭州古荡遗址的发掘。同年至次年，西湖博物馆的施昕更在他的家乡良渚进行了三次调查，并对棋盘坟、横圩里、茅庵前、古京坟、荀山东麓以及钟家村六处遗址进行了试掘
，良渚遗址呈现于世人面前。
在此之前的1934年夏天，慎微之在他的家乡湖州潞村钱山漾的湖底采集到大量石器，钱山漾遗址被发现，但当时未进行试掘或发掘。1936年5月，他在《吴越文化论丛》发表了论文《湖州钱山漾石器之发现与中国文化之起源》
。直到1956年，浙江省文物管理委员会与浙江省博物馆才共同对钱山漾遗址进行了第一次发掘；1958年2—3月，又进行了第二次发掘
。2004年以后，钱山漾遗址第三、第四次发掘取得重大收获，钱山漾文化的内涵逐渐清晰，其命名条件也逐渐成熟。
1953年，华东文物工作队和浙江省文物管理委员会发掘杭州老和山遗址，出土了良渚文化和马家浜文化的遗存，但限于发掘和认识水平，当时并未辨认出马家浜文化的遗物，直到1957年浙江省文物管理委员会对吴兴邱城遗址和1959年对嘉兴马家浜遗址进行发掘，马家浜文化才逐渐浮出水面
。
邱城遗址划分出下层、中层、上层三个时期的遗存，其中中层就发现了崧泽时期和良渚时期的文化遗存，首次从地层堆积上初步建立了马家浜—崧泽—良渚的年代序列。
1973—1974年和1977—1978年，浙江省文物管理委员会、浙江省博物馆对余姚河姆渡遗址进行发掘
，首次在钱塘江以南发现面貌新颖的物质文化遗存，为认识浙江新石器时代考古学的整体格局奠定了重要基础。
1990年10—12月，浙江省文物考古研究所对跨湖桥遗址进行了第一次抢救性发掘；2001年5—7月，又进行了第二次抢救性发掘。首次在浙江发现了年代早于河姆渡文化的新石器时代遗址，年代距今约8000年。
1997年，浙江省文物考古研究所对遂昌县三仁畲族自治乡好川村墓地进行抢救性发掘，发掘了具有明显等级差异、文化面貌独特的80座墓葬，为好川文化的命名和研究提供了基础，也在浙南山区找到了一支重要的新石器时代末期考古学文化
。
21世纪初，浙江省文物考古研究所先后对浦江县上山遗址进行了四次正式发掘，文化面貌新颖独特，特别是碳十四测年数据显示其年代距今超过1万年
，找到了浙江境内最早的新石器时代早期文化。经过近二十年的努力探索，目前已经在以金衢盆地为中心的浙中南地区发现了21处上山文化遗址，它们共同构成了浙江最早的遗址群落。
以上这些重要的考古遗址和考古学文化，构筑了浙江新石器时代考古学的文化谱系和历史格局（图1-4）。从新石器时代早期的上山文化，中期的跨湖桥文化、河姆渡文化、马家浜文化，晚期的崧泽文化、良渚文化，直到末期的好川文化、钱山漾文化、广富林文化，最后到夏商时期的马桥文化，浙江的新石器时代最早可达万年，最晚紧接夏商，历史脉络清晰，发展过程清楚，自身特色鲜明，是中国南方地区十分重要的一个考古学区系，浙江也是最早开始文明化进程和迈向早期国家之路的地区。浙江新石器时代考古学文化谱系对于认识远古中国的文明模式具有十分重要的价值和意义。