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丹波父子熟习小学，精通训诂学著作，在对医籍的阐述中往往能娴熟地加以运用，使得结论信而有证。
丹波元简广泛运用《说文》《尔雅》《释名》《一切经音义》《声类》《广韵》《广雅》等著作。如《素问识·病能论篇》：“痈气之息。”简按：“《说文》：息，寄肉也。徐锴曰：息者，身外生之也。《方言》作
。”
《素问识·奇病论篇》：“白垒”简按：“垒，藟通。不必改。《尔雅》诸虑、山櫐。郭注云：今江东呼櫐为藤，似葛而粗大。《广雅》云：藟，藤也。《一切经音义》引《集训》云：藤，藟也。藟，谓草之有枝条蔓延，如葛之属也。”
《素问识·刺要论篇》“毫毛腠理”简按：“《文选·西京赋》注引《声类》及《广韵》云：毫，长毛也。”
《灵枢识·邪气脏腑病形篇》：“心下澹澹，恐人将捕之。”简按：“澹，憺同。憺，《集韵》动也。”
《灵枢识·本神篇》：“因思而远慕谓之虑。”《说文》虑，谋思也。《大学》朱注：“处事精详也。”
元坚除了引用《说文》《尔雅》等外，主要吸收清儒成就，博引清儒著作，尤重段、王。正如他在《素问绍识·序》中所言：“乾隆以来，学者专治小学，如段若膺、阮伯元、王伯申诸人。其所辑著，可藉以证明经义者，往往有之，亦宜摘录以补原识者矣。”
《素问绍识·生气通天论》：“因于风露，乃生寒热。”坚按：“露，羸也。引王念孙谓：露为疲惫之义。露、羸一声之转。”
《素问绍识·移精变气论》：“祝由。”坚按：“方以智《通雅》曰：由，《内经》有祝由说。又
，祝
也，即祝。段玉裁《说文注》曰：惠氏士奇曰：祝由即祝
也。段玉裁按《玉篇》曰：古文作袖，此说似是。”
《素问绍识·玉版论要篇》：“道之至数。”坚按：“《管子》注：数，理也。《老子》注：数，谓理数也。更宜考《经籍纂诂》。”