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广采博引，汇集各家之说，结合自己对医理的体会及临床实践，凭扎实的小学、考据学知识，对诸注进行比较分析，然后作出判断，捋别正误，衡定是非。
丹波元简在《素问识·序》中说：“专主王太仆次注，矻矻葄枕，十余年矣。然间有于经旨未惬当者，又有措而不及注释者，虽经嘉祐阁臣之校补，犹未能精备焉，于是采择马莳、吴崑、张介宾等诸家之说，更依朱氏之言，参之于经传百民之书，以补其遗漏、正其纰缪。”丹波元坚在《素问绍识·序》中说：“杨上善《太素》经注，世久失传，顷年出自仁和寺文库，经文异同，与杨氏所解虽不逮启玄之核，然其可据以补阙订误，出新校正所援之外者颇多，则不得不采择以赓续……近日张宛邻琦著有《素问释义》一编……间有可取。他如尤在泾等数家之说，或有原识之未及引用者，更有一二亲知寄赠所得者，俱未可全没其善也。”综观两《识》，列举《素问》注家近几十家，主要有“王注”（唐·王冰）、“马云”（明·马莳《内经素问注证发微》）、“吴云”（明·吴崑《素问注》）、“张云”（明·张介宾《类经》）、“志云”（清·张志聪《素问集注》）、“高云”（清·高士宗《素问直解》）及“杨曰”（隋·杨上善《太素》）等。
《灵枢识》为丹波元简所作，主要汇集的注家有“马云”（马莳《内经灵枢注证发微》）、“张云”（张介宾《类经》）、“志云”（张志聪《灵枢集注》）、“汪云”（汪昂《素问灵枢类纂约注》）等。
《难经疏证》为丹波元胤所作，主要汇集的注家有吕博（三国吴·吕博《众难经》）、杨玄操（唐·杨玄操《黄帝八十一难经注》）、丁德用（北宋·丁德用《难经补注》）、虞庶（北宋·虞庶《注难经》）、谢复古（宋·谢复古《难经注》）、周与权（宋·周与权《难经辨正释疑》）、滑寿（元·滑寿《难经本义》）、纪天锡（金·纪天锡《集注难经》）、徐述（明·徐述《难经补注》）等。
元简在《伤寒论辑义·序》中说：“于是公私应酬之暇，陈所储蓄，逐条历考，旁及他书，广求密搜，沉思默想。窃原许氏之旨，而期阐发其隐奥，临证以辨疑，处方得精当而已。”《伤寒论述义·跋》引丹波元坚说：“然为之有，必也博征诸载籍，多验诸疾病之实，荟萃诸本经，优柔厌饫，浸润涵泳，真积力久，始足以应变无穷焉。”两书选辑注家三十余家，主要有成（金·成无己《注解伤寒论》）、赵（明·赵开美《宋本伤寒论》）、宸（清·沈亮宸《仲景全书》引）、张（清·张兼善《仲景全书》引）、王（明·王宇泰《伤寒准绳》）、方（明·方有执《伤寒条辨》）、喻（清·喻昌《伤寒尚论篇》）、徐（清·徐彬《伤寒原方发明》）、程（清·程应旄《伤寒后条辨》）、钱（清·钱潢《伤寒溯源集》）、柯（清·柯琴《伤寒论注》）、周（清·周扬俊《伤寒三注》）、张（清·张璐《伤寒缵论》）、志（清·张志聪《伤寒论集注》）、印（张志聪《伤寒宗印》）、锡（清·张锡驹《伤寒直解》）、魏（清·魏荔彤《伤寒论本义》）、三（清·王三阳《伤寒纲目》）、汪（清·汪琥《伤寒辨注》）、闵（清·闵芝庆《伤寒阐要编》）、林（清·林澜《医宗金鉴》引）、沈（清·沈明宗《医宗金鉴》引）、郑（清·郑重光《医宗金鉴》引）、知（清·程知《医宗金鉴》引）、驹（清·吴人驹《医宗金鉴》引）、鉴（清·吴谦《医宗金鉴》）、吴（清·吴仪洛《伤寒分经》）、舒（清·舒诏《再重订伤寒论集注》）等。
丹波元简的《金匮玉函要略辑义》和丹波元坚的《金匮玉函要略述义》主要汇集注家有徐彬（清·徐彬《金匮要略论注》）、程林（清·程林《金匮要略直解》）、沈明宗（清·沈明宗《金匮要略编注》）、魏荔彤（清·魏荔彤《金匮要略本义》）、尤怡（清·尤怡《金匮要略心典》）、吴谦（清·吴谦《医宗金鉴》）、朱光被（清·朱光被《金匮要略正义》）、周扬俊（清·周扬俊《金匮要略补注》）、赵良仁（明·赵良仁《金匮方论衍义》）等。
丹波氏著述的形式主要有三类。
1.先列举各家之注，然后加按语，在按语中判别正误，提出自己观点。如《素问识·皮部论》云：“阳阴之阳，名曰害蜚。”“马云：物之飞者，尤为属阳也。吴云：害与阖同。蜚，蠢动也。张云：蜚，古飞字，蜚者，飞扬也。高云：蜚，犹开也。简按：诸注未允，盖害、盍、阖，古通用。害蜚，即阖扉，门扇之谓。”这种形式最为常见。
2.径直列出按语，在按语中举出诸家注释。在每一家注释下指出其正误。如《素问识·阴阳别论》对“辟阴”的解释：“简按：王注辟并，乃辟读为僻。僻，偏也。张云：辟，放辟也。此说似是。马云：乘所不胜，阴以侮阴，谓之辟阴。吴云：辟，邪辟也。此解亦未允。”这种形式不在少数。
3.如只列一家之说，或列举后再加评论，或只列该家说法而不加评论，就说明同意该说。如《素问绍识·风论篇》之“焦绝”：“杨曰：焦，执也。绝，不通也。言热不通也。坚按义不了。”“皏然”：“杨曰：皏，普幸反，白色薄也。”这种形式最少。