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中医古籍中有大量通假字存在。通假是由于读音相同或相近，某字被借作另一个字的现象。本字（被借的字）和借字（通假字）之间只是读音相同或相近，而形体和意义则没有关系。通假字的存在给阅读古籍造成了很大的困难。如果不明其本字而按借字的意义去理解，势必产生错误。
根据现代语言学的观点可知，语义的发展变化从本质说是依托于声音而不是依托于字形的。尽管汉字是表意文字，但简单地、绝对地运用“以形求义”法也是行不通的。我国汉代训诂学家们已经开始注意到从声音因素分析词义。到了清代乾嘉时期，因声求义作为训诂的重要方法已经系统化、理论化。
丹波父子深受乾嘉学派的影响，精通文字、音韵学，又博览经、史、子、集，能自如地运用音韵学知识，拨开字形的迷雾，指出通假字的本字，且基本上做到每立一字，皆引用文献依据，因而可信度较高。
［害蜚］ 《素问·皮部论》云：“阳明之阳，名曰害蜚。”马莳认为“蜚”即“飞”，吴崑认为：“害与阖同。蜚，蠢动也。”张介宾认为：“蜚，古飞字，飞扬。”高士宗认为：“害即阖。蜚犹开也。”丹波元简在分析上下文之后指出：“诸注皆未允。盖害、盍、阖，古通用。”又指出：“蜚，音扉。害蜚，即是阖扉，门扇之谓。”从语音上看，“害”与“阖”同声纽（匣纽），同为入声韵（害，月部。阖，叶部），可通用。“蜚”与“扉”同音（皆并纽微部），可通用。可贵的是，元简还引用了《尔雅·释宫》《说文》等文献。丹波氏对“害蜚”及“枢儒”“害肩”“关蛰”等一组词的解释，发前人所未发，做出了贡献。
［革］ 《素问·脉要精微论》云：“浑浑革至如涌泉。”张介宾注：“革至，如皮革之坚硬也。”张志聪认为：“革至，扃易于平常也。”高士宗认为此句“应指杂还之意”。丹波元简指出“革”音殛，急也。并引证《集韵》《礼·檀弓》（“夫子之病革矣”）的解释与例句。从语言上看，“革”与“急”同为见纽、入声韵（“革”为职部，“急”为辑部），主要元音相近，可通转（此句中“浑浑”当为“滚滚”的通假）。
［畜门］ 《灵枢·营气篇》云：“究于畜门。”丹波元简指出，畜门者，鼻孔中通于脑之门户，畜，嗅同。以鼻吸气。元简还从语音上考释（嗅，许救切），畜、嗅，皆为晓纽，韵部可对转（畜为觉部，嗅为幽部）。
［魄门］ 《素问·五脏别论》等篇中有“魄门”一词，元简指出：“魄，粕通。”否定了王冰的说法。还引用《庄子·天道篇》之“古人之糟粕已夫”。《音义》之司马云：烂食曰魄。一云：糟烂为魄。本又作粕。盖肛门传送糟粕，故曰魄门。元简从声音上找出了名物命名的来源。
［循掘决冲］ 《灵枢·逆顺肥瘦篇》有“临深决水，不用功力……循掘决冲”一句。“循掘决冲”四字许多注本避而不释，或随文敷衍。丹波元简根据上下文义指出，“掘”当为“窟”，并引用《国语·秦策一》的例句为证（掘即窟，古字通）。从语言上看，“掘”与“窟”韵部相同（同为物部），同属牙音（掘，群纽。窟，溪纽）。从文义看，这四字是一个联合词组，分别由两个动宾词组构成，“循”和“决”为动词，“掘”和“冲”为名词。
［露风］ 《素问·生气通天论》云：“因于露风，乃生寒热。”王冰、张介宾认为“露”为裸露。张志聪认为“露”为阴邪。元简未置可否，元坚博览群书，又以医理为依据，认为：“露，疲惫之义”“露，羸也。”并引用《左传·昭公元年》杜预注为证，尤其是引用了乾嘉学派代表王念孙的《经义述闻》：“露、羸，一声之转。”元坚之所以得出这个结论，除了从语言上看出两个字的关系外（同为来纽，韵部可通转），更重要的是对医理的独特见解。
［解］ 《素问·平人气象论》等篇中有“解”一词，丹波元简认为：“盖解即懈惰，懈倦之谓。”此说精当之极。