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敢于创新，不墨守拘泥这是皖派朴学家的特点。与皖派相对的吴派惠士奇、惠栋父子往往爱博嗜奇，曲绚古人，失于拘执。皖派敢于驳斥前人，就小学而言，一反前人拘泥于文字形体、穿凿附会之旧习，另辟蹊径，提出“训诂之旨，本于声音”的理论（《广雅疏证·自序》）。就古音学而言，冲破了宋人朱熹的“叶音”说、吴域的“通转说”，从顾炎武开始离析唐韵，不再把唐韵的每一个韵部看成不可分割的整体单位，而是仔细审查每一个具体的字，以《诗经》及其他先秦韵文的押韵情况来证明它应属于哪一个韵部。
皖派敢于创新的精神给了丹波氏以启发。他们在对医籍的训释中纠正了前人不少错误。如《素问·生气通天论》云：“因于露风，乃生寒热。”其中对“露”的解释，众说纷纭。王冰注为“裸露”，马莳注为“雾露”，张志聪注为“阴邪”，元坚否定前人之说，认为“露”为“羸”的通假字，疲惫之义，并引证王引之的《经义述闻》，解开了一个千古之谜。