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小学包括文字学、音韵学、训诂学。文字学又是小学的基础，治文字之学，清儒首先抓住东汉许慎的《说文解字》，产生了许多治《说文》的专著。由于治文字须从音韵始，所以清代音韵学有了重大突破，对古音学研究日益转精。到段玉裁、王念孙的十七部、二十一部已基本上符合古音实际。文字学、音韵学研究的深入，促进了训诂学的长足发展，出现了《方言疏证》（戴震）、《说文解字注》（段玉裁）、《尔雅义疏》（郝懿行）、《广雅疏证》（王念孙）、《经义述闻》（王引之）、《经籍纂诂》（阮元）等训诂学专著，且达到前所未有的高度。小学的发展促进了考据学的发展，清代的小学家几乎都是考据学家。
清代朴学家不但将小学、考据学运用于经、史、文的研究，而且运用于医学著作的研究。清初的顾炎武、姚际恒、杭世骏，乾嘉时期的戴震、段玉裁、王念孙、阮元、朱骏声、江有诰皆有精辟论述。
丹波父子继承了清儒以小学通经学这一重要方法。元坚曾说：“（先父）以为读古书必先明诂训。《素问》文辞雅奥，非浅学所能解。而明清诸注，往往望文生义、蹖驳不一，于是一以次注为粉本、博征史子，洽稽苍雅，句铢字两，凡文义之疑滞不通者，莫不可读焉。又以为诂训既明，理蕴可得而绎。”
丹波氏不仅认识到“读古书必先明诂训”“诂训既明，理蕴可得而绎”的道理，而且身体力行，做了不少实际工作，对医学古籍进行训诂、考据，取得不少成就。
他们在著作中，多处引用清人著作，而且各派兼收，既引用皖派戴震等人的著作，又引用吴派惠士奇、惠栋的《礼说》《易说》。吴派的学风是博而尊闻，不讲义理，信古尊汉，述而不作。皖派的特点是：通人情，致实用，断制谨严，条理密察。他们认为，欲明经义，必先考订文字、训诂。于是他们从文字、音韵、训诂入手，占有丰富的材料，以客观的态度和科学的方法作出判断。该派到戴震才奠定了坚实的基础，其重要人物有王念孙、王引之、段玉裁、孙诒让等人。丹波父子深受皖派影响，大量引用皖派的文字、训诂学著作，元坚几乎遍引段、王、郝、钱的巨著。
丹波氏精通训诂是以坚实的文字学、音韵学为基础的，丹波氏熟知《说文》及段注，尤其对被称为绝学的音韵学颇有研究，并熟练运用到医籍校刊、训诂中去。其著作中因声通义、以音韵说通假、以押韵校讹误的例子俯拾皆是。