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《金匮》对病因病机的论述表明，杂病的发生发展以正气的亏虚为基础。如历节病的发生，是基于患者或肝肾不足，或阴血不足，或气虚湿盛，或过食酸咸内伤肝肾，或胃有蕴热等正虚因素，风、寒、湿邪等外邪作为诱因尽管关键，但脱离了以上正气虚损的内因则不足以发病。同样，痉病、湿病、血痹病等原文中明确有外邪侵袭的疾病也具有外感病误治、迁延，或平素饮食起居失宜导致的脏腑虚衰、气血不足的病因病机特点。其他内伤杂病则更以正气虚损为主，其病因中的邪气也多由正虚而内生。而在首篇论述疾病的发病途径时，《金匮》更明确提出主导疾病发展方向的是内因，即正气的盛衰：“千般疢难，不越三条：一者，经络受邪，入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”因此，正气虚损在《金匮》病因病机学说中占有重要地位。
另外，在《金匮》治疗疾病的过程中，尽管会因病情的急重而暂以攻邪为主要治法，或使用存在弊端的药物以达到特殊疗效，但会运用炮制法或配伍佐制法去性取用，用煎服法、调护法监控并减少药物对正气的损伤。如百合地黄汤中，生地黄汁易寒凉伤胃，则“中病，勿更服”；治疗肺痿病痰浊壅肺证的皂荚丸，运用酥炙、和蜜、枣膏调汤送服等方法减轻皂荚的燥性以防伤中；十枣汤虽用甘遂、大戟、芫花等峻下逐水药攻逐难去之饮邪，但要以大枣汤送服，并依患者体质灵活调整用量，要在平旦阳气健旺时服药，从小剂量试服，不效再逐渐加量，邪去后应服糜粥滋养正气；运用大青龙汤治疗溢饮时，为防过汗伤正，当以“温粉粉之”等。可见，《金匮》重视正气的思想并非一味滋补扶正，而是根据病证灵活施治，但无论用何治法，都要时时顾护正气，审慎用药，提示后人不可为祛邪贪效而伤及正气。
综上，正气作为疾病发生、发展的根本，是《金匮》发病观及治疗观中的基本要点，故言《金匮》重视正气。
《金匮》中共有143条原文论及脉象，多为以脉论理。如以脉象阐述胸痹心痛的病因病机：“夫脉当取太过不及，阳微阴弦，即胸痹而痛”；以脉象阐述历节病病因病机：“寸口脉沉而弱，沉即主骨，弱即主筋，沉即为肾，弱即为肝”；以脉象诊断虚劳病：“夫男子平人，脉大为劳，极虚亦为劳”；以脉象确定病位深浅：“病人脉浮者在前，其病在表；浮者在后，其病在里”；以脉象鉴别疾病：“脉数虚者为肺痿，数实者为肺痈”；以脉象指导疟病治疗：“弦小紧者下之差，弦迟者可温之，弦紧者可发汗、针灸也，浮大者可吐之”；以脉象推测水气病预后：“水病脉出者，死”。可见，脉象作为一种相对客观且能反映患者内在状态的体征，被《金匮》作为判断患者脏腑功能状态、气血盛衰、正邪状态的主要依据。
而在《金匮》具体病证的论治中，其辨证依据多为问诊得出的症状描述及望诊得出的体征表现，少有仅以脉象为凭者。加之《金匮》首篇第三至第七条原文举例说明四诊合参的技巧和意义，充分体现出作者临诊时对四诊细致入微的综合运用，可见《金匮》对疾病的诊疗以四诊合参为重，并非独恃脉诊。