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随着基础医学研究的逐步深入和迅速发展，基础医学已形成了许多分支学科。各学科之间既有明显的区别，又有内容的交叉重叠，体现了现代医学的发展方向。
1.人体解剖学（human anatomy） 是一门研究正常人体形态结构、位置关系及其功能的学科，属于形态学的范畴。
2.组织学（histology）与胚胎学（embryology） 组织学是研究机体微细结构及其相关功能的学科，主要借助于显微镜观察正常人体微细结构。胚胎学是研究人体出生前发生发育规律的学科，主要研究受精卵发生发育为新个体的过程。
3.生理学（physiology） 是研究机体正常生命活动规律的学科。
4.生物化学（biochemistry） 是研究生命物质的化学组成、结构及生命过程中各种化学变化的学科。
5.遗传学（genetics） 是研究生物的遗传与变异的一门学科。
6.病原生物学（pathogen biology） 是研究与疾病相关的微生物（包括细菌、病毒、真菌、衣原体等）和寄生虫（包括原虫、蠕虫、医学节肢动物等）的生物学规律、致病机理及其与宿主之间相互作用的学科。
7.免疫学（immunology） 是研究机体免疫系统组织结构和生理功能的一门新兴学科。
8.病理学（pathology） 是研究人体疾病发生原因、发生机制、发展规律以及疾病过程中机体的形态结构、功能代谢变化和病变转归的一门学科。它是基础医学与临床医学之间的“桥梁学科”。
9.细胞生物学（cell biology） 是在显微、亚显微和分子水平三个层次上，研究细胞的结构、功能和各种生命活动规律的一门学科。
10.分子生物学（molecular biology） 是从分子水平研究生物大分子的结构与功能，从而阐明生命现象本质的学科。
11.药理学（pharmacology） 主要是研究药物与机体（含病原体）之间相互作用及其作用规律的学科。