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医学的发展是一个漫长的过程，是人类在长期与疾病斗争的实践中产生和发展起来的，是人类集体智慧和经验的积累。追溯医学起源与其所在地域的哲学思想有密切关系，例如中国的医学受“阴阳五行”（木、火、土、金、水）思想的影响，希腊的医学受“四元素”（火、土、水、气）思想的影响等。基础医学的发展与自然科学关系密切。16世纪末17世纪初，文艺复兴运动的扩展促进了人的思想解放，对科学研究产生了重要影响，促进了自然科学的解放；与此同时，自然科学的发展对基础医学的发展也产生了巨大的推动作用。
基础医学的建立是起源于16世纪的解剖学基础上，经过17世纪的生理学，18世纪的病理解剖学，19世纪的细胞学、细菌学、免疫学的发展，到20世纪与现代科学技术紧密结合。总之，随着解剖学、组织学、生理学、病理学、细胞学、分子生物学、微生物学及药理学的相继建立，基础医学学科逐步建立与完善。