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这时，二十六岁的司马迁，正奉使巴蜀，到了昆明等地，归来复命，却看见父亲病危了！
他父亲见了司马迁，热切地把着他的手，泪流下来，告诉他了自己的心事，告诉他了那不得参加封禅的懊丧，并告诉他了如何尽孝道，善继父志。那话是断断续续着：“余先周室之太史也。自上世尝显功名于虞夏，典天官事。后世中衰，绝于予乎！汝复为太史，则续吾祖矣。”这是告诉他自己原有意要恢复祖上的专业的，可是不幸未能完成，这使命便只有由他儿子去继承着。
又说：“今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫！命也夫！”一代的大典，不得参与，原是一个历史家所最放心不下的。
司马谈未尝不晓得他的儿子可以继续做太史公的官，可是事业的完成与否，却是不一定的，于是又很殷切地勉励道：“余死，汝必为太史，为太史，无忘吾所欲论著矣。且夫孝始于事亲，中于事君，终于立身，扬名于后世，以显父母，此孝之大者。夫天下称诵周公，言其能论歌文武之德，宣周召之风，达太王、王季之思虑，爰及公刘，以尊后稷也。幽厉之后，王道缺，礼乐衰，孔子修旧起废，论《诗》《书》，作《春秋》，则学者至今则之。自获麟以来，四百有余岁，而诸侯相兼，史记放绝。今汉兴，海内一统，明主贤君，忠臣死义之士，余为太史而弗论载，废天下之史文，余甚惧焉！汝其念哉！”
司马迁听了，低下头，便哭了，他在感动之中，给他父亲以安慰：“小子不敏，请悉论先人所次旧闻，弗敢阙！”
汉武帝之东巡海上及封禅泰山，过辽西而归甘泉，司马迁以职务之故，是扈从了的。不知道司马谈在他儿子出发以前就诀别了呢，还是他儿子走了以后才自己寂寞地死去的，总之，是这一年，司马迁失掉了父亲，在怀念与哀思中，接承了做一个大历史家的使命。
此后，父亲的遗命时常在他脑海里回旋着：“先人有言：‘自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正《易传》，继《春秋》，本《诗》《书》《礼》《乐》之际。’意在斯乎！意在斯乎！”每当思念到这些话时，他就觉得自己的使命，简直应该是当仁不让了。
司马迁也很意识到，他的事业应该有大部分归功于他父亲。他父亲不唯是有批评精神，而且是善于欣赏的人物，这印象也给他十分深。所以他有一次对壶遂就说：“余闻之先人曰：‘伏羲至纯厚，作《易》八卦。尧舜之盛，《尚书》载之，礼乐作焉。汤武之隆，诗人歌之。《春秋》采善贬恶，推三代之德，褒周室，非独刺讥而已也。’汉兴以来，至明天子，获符瑞，封禅，改正朔，易服色，受命于穆清，泽流罔极。海外殊俗，重译款塞，请来献见者，不可胜道。臣下百官，力诵圣德，犹不能宣尽其意。且士贤能而不用，有国者之耻；主上明圣而德不布闻，有司之过也。且余尝掌其官，废明圣盛德不载，灭功臣世家贤大夫之业不述，堕先人所言，罪莫大焉！余所谓述故事，整齐其世传，非所谓作也。而君比之于《春秋》，谬矣！”
欣赏和批评原是一事，因为批评也无非是把最有价值的东西宣传出去。司马迁在他的书里，对各种人物都深具同情，在同情之中而复很深入地论其短长，其中确有司马谈的影子在！