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司马谈在建元、元封之间，做了太史公。根据朱希祖先生的考证，太史公是官名，正名应该是太史令，称公者是楚制之别名，司马迁是追慕楚文化的，所以也就用楚制来称呼其父，后来并且自称了。
太史公之秩是六百石，和下大夫之秩相当。
司马谈之做太史公大概在司马迁生下不久以前。他前后在职约有三十年的光景。司马谈重新收拾起远祖的事业来了，他有满腔的抱负，做一个职业的历史家和星卜式的天文家。不过他这抱负并没有在自身上实现，最后却热切地交付了自己天才的儿子。
现在唯一可以看出司马谈的全部学问和锐敏而正确的眼光的是他那不朽的论文——《论六家要旨》。这是对上古学术的总结算和总评价。他首先把上古的学术分而为六派，这就是：阴阳、儒、墨、名、法、道德。以下的文字便分为两段，前一段先提结论，对各家的得失，予以确切中肯的批评，后一段则对于这结论又一一加以证明。这叙述方法已经见出有科学头脑。
最可惊异的是他对于古代学术整理出的系统，但尤可惊异的则是他对于古代学术的不同派系都还它一个入木三分的得失俱论的真评价。中国学者向来的大病是求同而不求异，是只概括而不分析，是只想一笔抹煞或一味尊奉，很少有这样缜密而锋锐的！
他首先说阴阳家的好处是“序四时之大顺，不可失也”，因为秋收冬藏，春生夏长，原是应当遵循的天道。然而四时、八位、十二度、二十四节，各有禁令，也一定要人必须服从，就“未必然”了，所以毛病是“使人拘而多畏”。这态度多么明达！这比专讲灾异的董仲舒，岂不高去万倍！
他次说儒家的好处是“序君臣父子之礼，列夫妇长幼之别”，这是“不可易”的方面，然而六艺经传的数量太大了，事情太繁琐了，闹得一个政治领袖事必躬亲，精疲力竭，毛病便是“博而寡要，劳而少功”。也真中肯！
他再次说墨家的好处是“强本节用”，这是“人给家足之道”，“虽百家弗能废”的，然而墨家每每要过原始的生活，却是不合乎进化的原理的，“世异时移，事业不必同”，而且社会上既有尊卑的分别，自然而然在生活上有差异，所以毛病乃是“俭而难遵”。这隐约间恐怕是指的汉文帝。因为汉文帝就是俭得不近人情的，他曾经想建筑一个露台，让工人来估价了一番，说是要百金，他就说这可以够中产之家的十倍了，于是中止。他的衣服向来是很粗糙的，就是他所喜爱的慎夫人，也不让她的衣服长得拖在地上。帐子上连绣花都不许有。他临死的时候，并且下诏，禁止人为他厚葬和重服。这都近乎墨家的作风。天下究竟有几个汉文帝？可见是俭而难遵了。
至于名家和法家，司马谈说一个是“专决于名，而失人情”，这是短处，可是“控名责实，参伍不失”，却也是有可取的；一个则是只讲法，不讲亲疏，“严而少恩”，所以只能行一时之计，不能长久，这也是短处，然而定出尊卑，定出职分，却就又是“虽百家弗能改”了。
把这五家的短长都一一指出，这便是司马谈的识力过人和代表批评精神处。然而司马谈不是没有自己的立场的（没有立场就不配是一个思想家了！），他的立场乃是道家，所以他对道家就全然赞许。各家的毛病是在只执一隅，而不能灵活地运用，在灵活运用上见长的，只有道家。道家的好处，首先是富有综合性，所谓“因阴阳之大顺，采儒墨之善，撮名法之要”，可说把各家的长处都采取来了；其次是富有弹性，所谓“与时迁移，应物变化”，不死钉在一点上；而且，道家能够让人的身体和精神都常常处在一种从容有余的地步，于是无施而不可。一般人都以为道家很虚玄，司马谈却了解得极为正确，他说是“其辞难知”，但却是“其实易行”的。他的眼光总较普通人透过一层！
他所说的道家，其中实含有一种很智慧，却也很实际的政治哲学。西汉本来是盛行黄老的，文帝和景帝之际，尤其是能运用黄老的精义的时代。能为这个时代留一个精神上的写照的，当推司马谈这篇重要文献了。这篇文章，也绝不是一篇纯粹的学术论文，其中有很中肯的对当代政治的批评在。一般神神道道的今文学家，就是他指的阴阳；一般琐琐碎碎的定朝仪的经生，就是他所谓的儒；那像晁错主张削弱诸侯力量的人，就正是他所指的申商名法之学。他眼见那些实际上的得失，又看到汉武帝慢慢失掉了文景时代对于黄老精神的运用，政治上实已快走入窒碍不通之地了，所以才写了这篇重要政论。司马迁说他父亲作这文的动机是“愍学者之不达其意而师悖”，正可见有一番苦心在内的。
司马谈作这篇文章的确切年代虽不可考，但就时代背景看去，一定是在黄老之学的势力已经式微，而董仲舒的罢黜百家的计划次第实现之际。这事当以窦太后之死为关键。窦太后是专门作弄儒家的，例如她听说辕固生批评《老子》是家人言，便罚他去杀猪，假若不是景帝给他一把快刀，不能把猪一刺就死，说不定还有其他奇特的花样呢。窦太后死于公元前135年，也就是司马迁生的那年。过了十二年，公孙弘就请求设博士弟子五十人，高第的人可以为郎中，“自此以来，公卿大夫士吏斌斌多文学之士矣”！所以司马谈《论六家要旨》一文，应该不出这十二年之间。
司马谈的精神面貌处处范铸了他的天才爱儿司马迁。司马迁对于任何家的学问能欣赏，并能批评；他书中所记载的“黄老派”，也都与司马谈所论的相符合；直然是司马谈的精神的副本呵！