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患者处健侧卧位，采用头侧及尾侧向下、腰部凸起的“折刀位”，将双上肢置于患者头枕前方，通过固定腰部来维持手术体位。主刀医师与扶镜手位于患者腹侧，扶镜手位于主刀医师的尾侧，一助位于患者背侧。
经典的三孔胸腔镜切口设计原则，符合“棒球场”的整体布局方式，位置相对固定。常见的副操作孔通常较大，一般可以置入腔镜切割缝合器及卵圆钳以方便操作。我们认为该切口对于肋间神经的损伤较大，因此采用5mm的Trocar取代。主要操作完全通过主操作孔实现，类似单孔腔镜的操作，副操作孔仅用来吸引、牵拉和显露，既保留了良好的视野，又避免了器械“打架”。
胸腔镜观察孔位于术侧第7或8肋间约10mm，植入10mm的Trocar。右侧手术时，切口选择腋中线与腋前线之间，靠近腋前线。左侧手术时，由于心脏的位置关系，通常切口会偏后靠近腋中线。对于肥胖患者，建议镜孔位置稍高，以避免由于膈肌抬高而误入腹腔。
主操作孔位于腋前线第4肋间（上叶或中叶切除）或第5肋间（下叶切除），切口长约2~3cm，沿下肋上缘切开全层胸壁，通常置入切口保护套，将切口及周围肌肉组织撑开，便于器械进出。主刀医师左手持卵圆钳或“粽子”牵拉推挡，右手持电凝钩或超声刀解剖分离。
副操作孔位于术侧腋后线与肩胛下角线之间的第8或9肋间，切口长约5mm，置入5mm的Trocar。助手主要持吸引器和腔镜抓钳，协助进行吸引、牵拉、暴露。
手术路径包括经肺裂操作模式和经肺根解剖（单向式）操作模式。在经肺裂操作模式中首先处理肺裂，通过“隧道式”的肺裂分离方法显露肺门结构，与传统的开胸手术方式类似，为多数胸外科医师所熟悉。该方法容易掌握操作习惯，安全性相对高，适合肺裂发育或部分发育的患者，容易为初学者所掌握。经肺根解剖（单向式）操作模式有别于传统的经肺裂操作模式，其核心思路为“单点、单向、层次推进”。该方法始终在肺根部解剖，不需要事先处理肺裂，不进入肺实质；始终在一个方向上推进，由表及里，层次推进，术中翻动少；上叶和中叶切除采用由前向后推进，下叶切除采用由下向上推进。该方法的操作步骤流程化，比较易于学习和掌握，学习曲线短，适合肺裂发育不全或无肺裂患者。
不同手术路径的选择往往根据不同患者的具体情况和外科医师的操作习惯来选择。我们推荐对于肺裂发育良好或部分发育的患者可以采用经肺裂操作模式；肺裂发育不全时可以采用经肺根解剖（单向式）操作模式。对于胸外科初学者，我们更推荐采用经肺裂操作模式，该模式可以更好地熟悉和掌握相关解剖，为复杂困难手术打好解剖基础。在熟练掌握经典手术流程基础上再开展单向式手术，更能体现单向式操作的简便性和流畅性。
分化不全肺裂的处理是胸腔镜肺叶手术的难点之一。遇到肺裂发育不全时，用血管钳利用正常解剖标志在肺动脉鞘外建立人工隧道，使用内镜切割缝合器穿过建立的人工隧道切开发育不全的肺裂。技术要点包括：①前后肺门分离；②肺裂层面解剖出肺动脉；③打开动脉鞘，向前或后分离，建立动脉浅面的“隧道”。
各个肺裂隧道的建立方法如下：
●将右肺向前方牵拉，打开肺门后方纵隔胸膜，显露右上、下叶支气管分叉。
●从斜裂中游离显露肺动脉鞘，沿鞘内显露右肺下叶背段及上叶后升支动脉。
●血管钳从右肺下叶背段及上叶后升支动脉的浅面向后至右上、下叶支气管分叉，可以建立隧道。
●将右肺上叶向上方牵拉，打开斜裂，显露下叶基底段动脉。
●将肺向后方牵拉，游离肺门前方纵隔胸膜，打开上中肺静脉间隙至显露肺动脉前缘。
●血管钳从上中肺静脉间隙，沿肺动脉上缘浅面至斜裂基底段动脉之间建立隧道。
●将右肺下叶向下方牵拉，打开斜裂，显露下叶基底段动脉。
●将右中肺向后上方牵拉，游离肺门前方纵隔胸膜，打开中下肺静脉间隙至显露下肺基底段动脉前缘。
●直角钳从中下肺静脉间沿斜裂向上至下叶基底段动脉上缘浅面间建立隧道。
●将左肺向前方牵拉，打开后肺门后方纵隔胸膜。
●游离左肺动脉主干后方，显露左肺上叶后段动脉与背段动脉之间的间隙。
●将左下肺牵向下方，沿斜裂找到肺动脉，血管鞘内显露背段动脉前外侧缘。
●血管钳从左肺下叶背段动脉前外侧缘至打开的肺门后方建立隧道。
●从斜裂打开肺动脉鞘，显露舌段动脉和下叶基底段动脉，游离两者之间的间隙，舌段动脉的下缘可见左下肺支气管侧壁。
●将肺向后方牵拉，打开前纵隔胸膜，游离上下肺静脉间隙，显露深面的左下肺支气管侧壁。
●直角钳从上下肺静脉间隙入手，在左下肺支气管前方，经舌段动脉和下叶基底段动脉间隙分离出隧道。