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材料与方法部分通常是比较好写的，就是用一般过去时简要叙述实验的设计（处理设置和重复的情况等）、采用的材料（如植物、动物、微生物、化学试剂或材料等）、采样过程、测定方法，以及所用仪器的型号和产地等。若涉及田间试验或野外采样调查，就需要叙述试验地或采样地（包括详细的经纬度）和生态环境要素等。这些细节是为了让读者了解研究结果是在什么实验条件下获得的，并可以借鉴你的研究方法。描述材料与方法所需要的细致程度是让有科研经验的人可以重复实验。
这里强调一下实验设计的要求：①实验设计要能回答你想回答的问题；②实验设计要符合统计分析的要求，包括对照的设置（有时需要同时设置阴性和阳性对照），重复的合理设置，随机区组分布的采用等；③设置的处理剂量或浓度要合理，经常看到有些论文采用了远大于现实环境中可能存在的剂量或浓度，使得实验结果脱离实际，这一点对于环境科学研究尤其重要。
实验中所采用的分析测试方法均需要有具体的出处（参考文献），如有修改，也需要讲清楚。如果是自己发展的新方法，那么需要具体描述方法过程，并有可靠性和重演性的相关数据，以证明你的方法是可行和可靠的。对于一些环境样品中新型或微量污染物的定量分析，通常需要描述分析的检出限、分析精度和标准样品的回收率。在分子生物学或分子生态学研究中，需要列出引物的信息，通常放在在线发表的附件材料中(Supplementary Materials)，也需要描述生物信息的分析方法。材料与方法的最后部分通常描述统计分析方法，并对非常规的统计方法加以解释。
材料与方法的写作中有一个特别值得关注的问题，那就是你本人在同一主题下发表的多篇文章，材料与方法的描述比较雷同。在查重软件中，如果简单照抄自己之前发表论文的材料与方法，也会被认为是抄袭。