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葛琳仪严谨治学，博采众长，临证六十余年，学验俱丰，医人无数。临床上以治疗呼吸系统疾病、消化系统疾病、老年病等慢性病及疑难病而著称。在六十余年的临床一线实践中，她积累了丰富的临床经验，在辨证施治、遣方用药上形成了自身独特的学术思想。
在临床实践中，葛琳仪倡导辨病、辨证、辨体“三位”一体的多元思辨模式。
辨病论治是根据不同疾病的各自临床特征，做出相应的疾病诊断，并采取对应的治疗。葛琳仪认为，一种疾病的发生、发展、转归等都有一定的规律性，从研究对象看，以“病”为研究对象，体现的是共性表现，辨病的过程可以帮助掌握某种疾病的特定规律，认识该种疾病特定的病位、病性、病势、邪正关系及疾病的进展变化过程，掌握疾病的根本病机，根据疾病的一般演变规律还可以判别常见的中医证型。
辨证论治是在中医整体观念理论的指导下，运用“四诊”方法对患者进行全面仔细的观察，获取临床症状和体征，结合患者的具体情况进行分析，找出该阶段疾病病机，以确定治则和遣方用药。
葛琳仪认为，以“证”为研究对象，体现的是致病因素影响下个体差异的表现，目的在于揭示疾病发展过程中某一阶段患者的个体特殊性，映射出这一阶段病机变化的实质，并将辨病与当时机体脏腑气血阴阳的变化结合起来，以明确治则治法、特异性药物、用药禁忌等，使治疗方案个体化。
辨体论治，即以个体的体质为认知对象，结合体质状态和不同体质类别的特点，把握健康和疾病的整体证素与个体差异，确立相应的治则治法。葛琳仪认为，体质参与并影响不同证候与病机的形成和演化，这也是证候形成的内在基础，一定程度上决定着疾病的证候类型。辨明患者的体质类型，有助于更好地掌握患者的基础状态，实现准确的辨病辨证。临床上，常有患者虽病有宿疾，但刻下症、证均不显，此时则更当从辨体结合辨病进行思辨，根据其病理体质特点，调体固本为要。
在具体的体质辨识过程中，葛琳仪常综合考虑患者年龄、性别、先天禀赋状况、饮食习惯、强弱胖瘦、工作特性等，还观察患者之神色、形态、行为举止、性格心理、舌脉等，最终判断出患者所属之体质类型，区分其阴虚、阳虚、痰湿、气滞、瘀血等体质差异。
临证之时，葛琳仪灵活应用三位一体的多元思辨模式，提倡以中为主，衷中参西。强调需将辨病、辨证与辨体相结合，即根据患者症和证的特点，引入现代医学检测方法，明确疾病的中医诊断与西医诊断，此谓辨病，目的在于掌握疾病演变全过程的中西医特征和规律。在辨病的基础上进一步进行中医传统辨证分型，把握患者在该阶段的病理变化本质。同时，葛琳仪强调，体质是中医“证”形成的内在因素之一，辨明患者的体质类型，有利于掌握个体对致病因素的易感性、对疾病的易罹性以及病势的演变规律。通过对体质的类别归属、病的个性判断和证的共性进行综合辨识，探明个体与疾病、阶段病症的关系，发挥中医多元思辨及其互补优势，为确立治则治法、精准施方布药奠定基础。三位一体的思辨模式充实和完善了中医辨证论治的内涵，强化了中医学治病求本、因人制宜的整体辨证观。
在错综复杂的临床疾病诊治中，葛琳仪秉承“正本清源”的治则理念，善用“和”法论治。葛琳仪认为，狭义“和”法是指和解少阳，专治邪在半表半里的少阳证，症见寒热往来，胸胁苦满，默默不欲饮食，心烦喜呕，口苦咽干，目眩，舌苔薄白，脉弦等，以小柴胡汤为选方代表。广义“和”法包括“和其不和”“致其中和”之法，不仅和解少阳，还代指通过调和阴阳、虚实、寒热、表里、升降等对立矛盾的病机关系，纠正人体病态之偏，通调机体内外、上下，平其寒热、燥湿，调其升降、开阖，使人体阴阳、脏腑气血津液复归其位，和谐运作。葛琳仪指出，在治疗疾病时需充分重视机体的自和能力，但也要清晰地认识到，当人体偏离稳态轴不能自我恢复时，必须及时施以治疗。以药物寒、热、温、凉、升、降、浮、沉之特性，纠正病理状态下人体之偏性，从而使机体恢复内稳态，回到阴阳协调的平衡状态。
葛琳仪以善治脾胃病、肺系病、慢性病、老年病及疑难杂症等而著称。她认为在现代医学方兴未艾之今日，求治于中医者，往往是西医疗效不佳的慢性病、老年病和疑难杂症，多属中医病机复杂多变的内伤疾病范畴。从中医病因病机角度审度，以因病致虚、由虚挟实之本虚标实、虚实错杂的病理状态为多见。治疗上既不专于祛邪，也不独顾扶正，往往需要兼顾病体之阴阳、表里、寒热、虚实、气血、脏腑等全方位的病理状态，再予以纠偏。因此，葛琳仪临证中常以和法为治，以平为期。
在脾胃病的诊治中，葛琳仪极为重视调和气机，认为脾升胃降，居于人体中焦，为全身气机升降之枢纽。唯有脾胃健旺，升降相因，才能纳运致用，发挥脾胃“后天之本”之用。若脾虚升清失司或胃失和降，致气机不和，可出现纳呆、便溏、腹胀、消瘦、痞满、泄泻、恶心、呕吐、呃逆、胃脘胀满或疼痛、大便秘结等症。故葛琳仪论治脾胃病证时，十分强调脾胃是机体气机升降的重要枢纽，脾升胃降，斡旋有序，则清阳得升，浊阴得降。脾运胃纳致用，则气血化生有源，糟粕排泄有度，肌骸得养，正气得充。因而临证立法时，以顾护中焦脾胃气机的升降协调为要。遣方用药时，亦常投以调拨气机之品，使气机之升降出入有度而取效。
葛琳仪指出，临证中除顾护脾胃气机之外，临床亦常见肝胃不和、肝脾不和以及脾胃寒热失调诸证。脾气健运，水谷精微充足，才能养肝，此“木赖土以培之”。脾得肝之疏泄，则升降协调，运化功能健旺，此“土得木而达”“木能疏土而脾滞以行”。肝脾生理上相互协同，病理上也相互影响，或为肝病传脾，或为脾病及肝，故治当疏运兼顾，肝脾（胃）、寒热同治以“和”法论之。方选柴胡疏肝散、良附丸等加减，常用太子参、茯苓、炒白术等以运之，用柴胡、香附、枳壳、玫瑰花、娑罗子等以疏之，用高良姜、乌药、肉豆蔻、姜半夏等以温之，用蒲公英、黄芩、川楝子等以清之。此外，葛琳仪在接诊时，常循循善诱，对患者心理加以疏导，和其情志，缓解患者紧张、焦虑、抑郁等情绪，从而辅助药物获得更理想的治疗效果。
在肺系病的诊治中，葛琳仪认为“咳嗽”“喘证”“肺胀”等慢性肺系病证，在慢性迁延期，多属虚实错杂证。正虚以肺、脾、肾气虚为主，邪实则以痰热内壅为患，故治当补气扶正、豁痰祛邪以和其正虚、痰壅之邪正关系。临床常以金银花、连翘、金荞麦、黄芩、半夏、浙贝母、陈皮等清热化痰，加入党参、黄芪、炒白术等健脾益气、淡渗利水。同时又重视以补骨脂、蛤蚧、枸杞子等补肾纳气以定喘。清热化痰与健脾益肾，看似矛盾，但只要紧扣病机合理配伍用药，实则“治病求本”的根本所在，亦是“和”法之体现。
在老年病的诊治中，葛琳仪认为，老年人肾气已亏，五脏六腑虚损，功能日益衰退，故抗邪之力减弱，易外感风、寒、暑、湿、燥、火之邪，或内生痰饮、瘀血等积滞。临床多见以肝、脾、肾三脏虚损为病之本，痰浊、瘀血、气滞等为病之标，治疗时须标本兼顾，虚实同治而“和”其本虚标实，常取法健脾补肾、祛痰通络以和之，方剂常选六味地黄丸、金匮肾气丸、四君子汤等合血府逐瘀汤、瓜蒌薤白半夏汤等，又随症酌加黄芪、党参、怀牛膝、桑寄生等健脾补肾，红花、桃仁、莪术、三棱、地龙等活血化瘀，胆南星、姜半夏、全蝎、僵蚕等祛痰通络。
对于老年患者中相对多见之癌病，葛琳仪认为其正气内虚、脏腑精气累损及气滞、血瘀、痰湿、蕴毒等本虚标实之病理基础更为突出，因此治疗时须攻补兼施、虚实兼顾以“和”之。常常在清热解毒散结的基础上，合以养阴润肺，或益气健脾，或柔肝理气之法。
葛琳仪临证处方以用药精简、轻重合宜、衷中参西为特点，力求法捷效速、直达病所。其遣方布药之精髓，主要体现在辨证用药、辨病用药和经验用药三个方面。
在辨证用药方面，葛琳仪常强调，辨证论治是认识疾病和解除疾病的过程，辨证是论治的前提，论治是辨证的目的，方药则是治病的利器。葛琳仪通过传承《黄帝内经》《伤寒杂病论》等经典理论，学习历代医家经年累月的经验，进一步发展总结，在辨证用药时审证求因，重视疾病的动态变化和三因制宜，提倡传统中医经典的辨证论治方式，即辨证立法、方证相对、据方遣药。
在辨病用药方面，葛琳仪认为，在现代医学蓬勃发展的今天，中医人在辨病论治时要重视衷中参西，掌握辨明中医病证的同时，参以诊断西学之病。中医、西医辨病分别从宏观、微观两个不同的角度和层面认识疾病，各有专长。因此，她主张辨病用药时亦衷中参西，宏、微观结合，寓“理”于方地运用中药，以更精准、高效地诊治疾病。如葛琳仪在治疗脾胃系疾病“胃脘痛”（胃炎）时，认为应结合患者胃镜镜像表现，采用分型分期辨证论治。治疗糜烂性胃炎时，常配以清热化湿之品，如黄芩、蒲公英、白花蛇舌草等，既取其清热、化湿、解毒之传统功效，又发挥其现代药理学研究证明的抗炎作用。治疗萎缩性胃炎时，常配伍健脾益气之列，如太子参、茯苓、白术等，既取其健脾、益气、助运之能，又发挥调节免疫的药理作用，以达到用药精准而疗效佳的目的。
除辨证用药和辨病用药之外，葛琳仪还重视经验用药，强调医者临证时要具备儒家思想中的参悟之性、灵活化裁之技。在辨证、辨病用药的基础上，博见多闻，广罗古今中医名家及民间的经验用药，结合自己的临床实践加以总结、升华，并擅用药对，取其相须相使之功，以求用药简练而效捷。葛琳仪在六十余年的临床经验中，总结凝练出许多针对某一病证或症状具有独特疗效的经验用药和药对。如六神曲一味，具有消食、和中、健脾攻毒、暖胃的作用，是治疗食积或脾虚痞满泻痢很好的药味。在药对方面，如乌药配豆蔻。乌药气雄性温，快气宣通、疏散凝滞，无处不达；豆蔻化湿和胃、行气宽中，两药相配共奏行气化湿、燥湿运脾之效，常用于胃痞、泄泻等气滞湿阻之证。又如黄芩配蒲公英，黄芩清热泻火，蒲公英利尿散结，两者合用有泻热化湿、伏火坚阴之效。现代药理学研究证明，此两药还有抗炎抑菌的作用，常用于幽门螺杆菌感染或其他湿热证脾胃病。
葛琳仪临床用药简练的特色还体现在她每一处方药味简练，从不开具大方。而且她时刻为患者着想，以疗效施药，从不开不切实际的名贵中药。用药简练既体现了葛琳仪精湛的医术和扎实的功底，也反映了她高尚的医德，实乃吾辈学习之楷模！