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1962年7月，经过6年的刻苦学习，葛琳仪以优异的成绩从上海中医学院毕业，同年8月，她被分配至浙江省中医院中医内科工作。当时，浙江省中医院汇集了来自江浙各地的中医名家，如叶熙春、魏长春、吴士元、裘笑梅、吴颂康等，各位先生均以高尚的医德医风、深厚的学术造诣、丰富的临床经验而著称，形成了浙江省中医院的中医基石和各大学术流派的渊薮。
在此，葛琳仪遇到了独立行医生涯中的第一位导师，即全国第一批老中医药专家学术经验继承工作指导老师、浙江省名医吴士元先生。
吴士元先生1929年考取兰溪中医专门学校，毕业后侍诊叔父吴荫堂，凭借精湛的医技，名驰浙西。1956年，吴士元先生调入浙江省中医院，任中医内科副主任。先生德艺双馨，强调望、闻、问、切四诊合参，尤重望、问二诊，且精于脉学。临床上，他擅长呼吸系统疾病、脾胃病、肝胆病、肾病、老年病，以及疑难杂症的论治。
吴士元先生临证非常重视后天脾胃，强调治病应时时顾护胃中津液。他认为胃阴之虚，多系火盛伤津，或土薄力弱，津难自生，且两者互为影响，以致胃伤津亏。就胃脘痛而言，多以饮食、情志为主要致病因素，进而使得脾失健运，胃失和降，脾胃失其斡旋之职，气机滞而不畅。气机郁滞日久，可化火化热，而成胃热之证。脾胃病论治时，脾为病者，宜甘温升提，胃为病者，宜甘润通降，总以运脾和胃为原则。吴士元先生诊治脾胃病的学术思想对葛琳仪日后“脾胃论和法”“脾胃宜清拨气机”，用药宜“甘润清灵”“宜柔忌刚”等学术观点的形成产生了深远的影响。
在老年病的论治中，吴士元先生认为老年病往往病机虚实错杂，且以虚为本，因“虚”易感受外邪，因“虚”气化失司，易生痰、湿、瘀等“内邪”，故治疗当以缓中补虚、行气导滞为原则。吴士元先生在老年病证中精准辨证，视邪正消长盛衰而施以先后缓急的治则治法，这对葛琳仪的临床思维产生了重大影响，进而形成了老年之体以“肾精为基，癸水为象”“易虚易实”的基本病机以及“病起隐匿，数病相兼”的病证特点等学术观点。
此外，吴士元先生还提倡中医脉案书写的完整性，特别强调年轻医师要掌握中医脉案处方的书写规范及技巧，加深中医基础理论的研习。受先生影响至深，葛琳仪如今耄耋之年书写医案依然一丝不苟，四诊归纳、理法方药均详尽精确。
1971年，中医临床大家杨继荪先生担任浙江省中医院中医内科主任。杨老的指导对葛琳仪行医生涯学术思想、学术风格的形成也起到至关重要的引领作用。
杨继荪先生生于国医世家，师从名医徐康寿先生，是“浙派中医”之“钱塘医派”的现代传承人物之一，以善治各种急性病症、肺系病、脾胃病、心系病、肝胆病、老年病、疑难杂症等以及养生调摄而著称。其“熔伤寒、温病于一炉”的治学理念、“审症求因，治病求本”的辨证思想、“集各家之长而活用”的论治特点、“师古不泥古，创新不离宗”的创新精神，以及“厚德仁术”的医门戒训，都深深地影响了葛琳仪学术思想和大医风格的形成。杨继荪先生临证思路开阔，非常重视中医辨证思维能力的强化和拓展，倡导“博采众长，衷中参西”，中西医互补、病证结合，进行多角度的临床思辨。这些学术思想都深深地影响着葛琳仪。葛琳仪日后学术思想中“三位合一、多元思辨”的辨证思路和模式正是在此基础上发展而来的。
杨继荪先生在脾胃病论治中颇有造诣，认为脾胃病的发病多与饮食失节、起居失宜、劳倦过度、湿邪内蕴、七情失调等因素密切相关，常常诸因相兼而致病，导致脾气不升、胃失和降、中焦气机不利，而发为胃痞、胃痛、泄泻、泛酸及嘈杂等病证。在杨继荪先生学术思想的影响下，葛琳仪对脾胃病的诊治也逐渐积累了诸多心得，形成了自己的独特学术风格，指出脾胃以“太阴湿土，阳明燥土”为特点，主张治脾当立法于健脾益气燥湿，治胃则立足于和胃养阴润燥，治则立法、遣方选药须顾护脾胃气机的升降协调。
此外，杨继荪先生还以善治咳喘顽疾等肺系病症而著称。他认为以“咳、喘、痰”为主症的肺系病证，其病机可归纳为“痰”“热”“虚”“瘀”四者，其中“痰”与“热”是肺系咳喘病证中“实性病机”的主因，“虚”“瘀”者则多见于咳喘病证中以“虚性病机”为主的“虚实错杂”之病理状态。在论治中，杨继荪先生指出咳喘顽疾有急性发作期和慢性缓解期之分，临证之时应根据不同阶段采取相应的治则治法。如早期或急性发作期，以咳嗽、咳痰为主症，多属外感新发或外邪诱发宿疾，其证多属“实”证，当以清热化痰为主，其中黄芩、野荞麦根、鱼腥草是先生清肺泄热的代表药物；在咳喘缓解期，症见咳嗽、咳痰并伴有胸闷气促，以“虚”“瘀”为基本病机，治以扶正为要，常予健脾益肾、培补肺肾以及补肾纳气。因久病必瘀，咳喘顽疾常“虚”“瘀”并行，故在慢性缓解期论治中往往兼以活血化瘀。
葛琳仪在先生“清肺”为治的学术思想引领下，结合自身临床经验和感悟，后续进一步完善了“清肺”法的内涵和法则。她认为慢性咳喘迁延难愈，虚实夹杂是其基本病机，肺、脾、肾三脏亏虚为其本，痰、热、瘀病理产物滋生为其标。临床立“正本清源、补虚泻实”为治疗原则。因肺为娇脏，其性恶邪，最畏风、火（热）阳邪，故临床治标之法以“清”为要，立清补、清润、清化、清宣、清降五法贯穿于肺系病治疗全程。
对于老年病，杨继荪先生认为老年人脏腑功能衰退，运化失司，气滞、气虚而血瘀，故以多虚、多瘀为病理特点，主张以“调达理瘀、疏补并施”为治疗大法。“补虚”为治，以滋补肝肾、培补脾肾立法；“理瘀”为治，常以逐瘀汤类加减。先生诊治老年病的学术思想，深刻影响着葛琳仪，使葛琳仪在日后六十余年的临证中进一步深化了对老年病“虚”“瘀”理论的认识和处理，进而提出了“正本清源”的学术观点，主张标本兼治、攻补活用的治疗原则。以补肾填精、健脾和胃为要，常加入活血行气之品以行气通络。
杨继荪先生根据四时摄生的原理，强调春夏养生当顺其“生长之气”而养阳，秋冬养生应顺其“收藏之气”而养阴，积极将“冬令膏方”和“冬病夏治”的调摄手段应用于临床，对老年人群及慢性疾病、虚损体质者进行调摄。葛琳仪至今仍不断完善养生调摄的理论和临床运用，强调“冬令膏方”的治则立法不应囿于“补”，应根据阴虚、阳虚、痰湿、气滞、瘀血等多种病理性体质，辅以化痰祛湿、行气活血等治法，“补”中寓“调治”，调补兼施。同时，也提出夏季需避免阳气不得宣泄，针对易于受凉郁闭于内及慢性虚寒型疾患，可以加强“三伏贴”“三伏膏”等“冬病夏治”治疗方法。