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葛琳仪临证中主张的“重土思想”，强调了中医脾胃在疾病发生发展、养生中的重要地位。在脾胃病的论治中，葛琳仪亦非常注重脾胃升降之气的协调，以顾护脾升胃降、气机协调为论治核心。
精气学说（气化学说）、阴阳学说、五行学说都是祖国医学最重要的思维方法，而“气”更是对生命本原的阐述。古代哲学思想认为“气”是宇宙万物的本原，是构成和维持人体生命活动的基本物质，正如《洛书原理》所阐述“太极一气产阴阳，阴阳化合生五行，五行既萌，遂生万物”。其中，太极即元气，因此由元气、阴阳、五行等要素构出了生命的萌芽及演化规律。这既是宇宙的秘密，也是人类生命的奥妙。
借此，《黄帝内经》构建了人体以气化为主导的主要生理模型。气化主要指气的运动变化，是人体生命活动的本原。《素问·举痛论》云“百病皆生于气也”，其中所指的“气”为异常之气。正如后世医家总结：所谓异常之气，指气虚和气机失常，气机失常又包括气逆、气陷、气滞、气脱、气闭等。
回顾中医学历史长河，中医脾胃病理论的发展，其核心是“脾胃为气血生化之源”“脾升胃降”等思想理论的发展。葛琳仪指出，将“百病皆生于气”引入人体常见脾胃病的日常诊治中具有重要的意义，即从整体出发，调畅五脏气机。五脏气机生理上互相关联，病理上相互影响，是有机自稳的控制系统。五脏气机不失其常，则机体内安。而其中，脾胃为气机升降枢纽，恢复“脾升胃降”为重中之重。
葛琳仪常言：脾胃乃人身之中土，中气所出，疾病发生，气血化源所在，脾胃疾病发生，究其病因，不外乎以下几方面：一是如饮食不节、外邪内侵、肝失疏泄、情志所伤，直接损伤脾胃。二是病理产物作用于脾胃而重伤脾胃功能，包括痰湿、水饮、血瘀、食积等。以上病因，不论饮食积聚、外感内伤、七情所致，甚者病理产物痰湿、水瘀等，侵犯人体时，首先伤及的是气机。脾胃同居中焦，斡旋有序，脾升胃降，则清升浊降，升降有序，不失其常则五脏安和。气机升降失调，清气不升反降，浊气不降反升，则在临床上常常表现为泄泻、腹胀、胃胀、呕吐、便秘等症状。而这些气机升降失调所致的症状，与现代医学胃肠动力异常所致的临床表现极为相似。葛琳仪衷中参西，结合现代医学，通过回顾文献，指出以上症状，反映在胃肠动力学研究上，如胃张力下降，胃排空延缓，引起腹胀；向下蠕动减弱，引起反酸、恶心、呕吐。有学者也以中药单药、配伍、复方等为研究对象，探索了升清降浊药物与胃肠动力间的密切联系。葛琳仪还提出，类比胃肠的平滑肌扩张和收缩，此也属于中医阴阳的具体体现。
“重土思想”“致中和”“从气思想”是葛琳仪治疗脾胃系疾病的总体学术思想。在临床中，葛琳仪综合以上思想，指出人体疾病繁杂万千，内伤杂病病因病机复杂，她将以上思想综合引入脾胃病治疗。葛琳仪认为，在脾胃病中，“气”的异常主要包括脾气虚、肝气郁滞、肝胃气逆。治土需治气，治气调阴阳，主要从恢复“脾升胃降”入手，时时关注五脏气机运行，按三个层面治气恢复中土功能，确保阴阳平和。
清代著名医家黄元御在其著作《四圣心源》中指出：“风木者，五脏之贼，百病之长。凡病之起，无不因木气之郁。”厥阴风木，乃生生之气，五脏六腑之病的发生都与肝之疏泄有关，指出肝为“五脏之贼”“百病之长”。在快节奏、高压力的现代社会生活中，情志因素已逐渐成为脾胃病最常见的病因或诱因，这类患者在临床上常有较为典型的症状：脘腹胀满为甚，疼痛连及胸胁，或情志抑郁，善太息，急躁易怒，舌质红，苔薄或腻，脉弦，常因情志因素致病或加重病情。葛琳仪指出：此类患者中医辨证为肝气郁滞、肝胃不和。其中，肝主疏泄，肝气条达，疏泄正常，则可使气运行通而不滞；气畅而不郁，调达全身气机运行，才能使脾胃升降有序，五脏气机升降安和，水谷精微运化输布正常，则脏和人精。若肝失疏泄，气机不畅，郁而化热，可横逆犯胃克脾，而致肝胃不和、肝脾失调。若脾失健运，胃气壅滞，肝木之气相乘，亦影响肝的疏泄功能。临证常采用疏肝解郁、理气和胃法治疗。药常选用柴胡、郁金、制香附、广木香、佛手、玫瑰花等配伍使用。同时，耐心予以情志调节，缓解其紧张、抑郁、焦虑等状态，起到辅助治疗的作用。
腑以通为用，胃以降为和，胃不降则逆，患者主要表现为烧心、泛酸、呃逆、恶心、呕吐、腹胀，或烦躁，舌红，苔薄或腻，脉弦、滑。葛琳仪指出：此类患者中医辨证为肝气上逆，胃失和降，病或由情志不舒，肝气横逆犯胃；或由饮食不节，损伤脾胃，脾胃升降失常，运化失职。胃失和降、胃气上逆为其基本病机，治法当重在疏肝解郁，和胃降逆。按照不同病机侧重，临床上常采用清疏、清利、清化之法，分别治疗肝郁、积热、湿浊所致胃气上逆表现。清疏是葛琳仪最常用的治疗方法，此法在运用柴胡疏肝散的基础上配伍玫瑰花、娑罗子和木香疏肝行气解郁，生白芍、佛手健脾理气和胃；清利之法常选用健脾行气药对如佛手和白芍、娑罗子和玫瑰花、木香和枳壳的基础上加蒲公英和黄芩；清化常选用药对蒲公英和黄芩的基础上加藿香、佩兰与苏梗等化湿理气药。
脾胃为后天之本，脾胃虚弱，则气血生化乏源，中气生成不足，脾运胃纳失常，患者主要表现为疲劳乏力、四肢酸软、腹胀、便溏或便秘、纳差等症状，舌淡红或边有齿痕，苔薄或腻，脉细软无力或细滑。葛琳仪指出：此类患者中医辨证为脾气亏虚；脾主运化，气血生化之源，为后天之本，饮食、情志、劳累、久病等皆可耗伤脾胃，脾气不足，运化无力，气机升降失调。治疗当以补脾益气为法，临床上常以四君子汤为基础方，加黄精、炒白扁豆健脾化湿；若有中气下陷的表现，则加黄芪、升麻、柴胡、葛根以升阳升提；若脾阳不足，则加乌药、豆蔻温中燥湿，阳虚者予草果、厚朴温中燥湿行气。
综上，葛琳仪将“百病皆生于气”引入功能性胃肠疾病的诊治中，患者不论外感内伤，饮食积聚，七情所伤，病理产物等侵犯人体，首先伤及的是气机，病机为中焦气机逆乱，致使气血不调、升降失常、清浊相干，病位在大肠，涉及肝、脾等脏腑，治则为“乱则平之”。其中最具有代表性的就是葛氏平气汤，具体详述于第三章。