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国际谱系命名法规（The International Code of Phylogenetic Nomenclature，简称PhyloCode，也可译成国际系统发生法规）是生物界非常热门的话题之一，《自然》《科学》等杂志都有专题讨论。
谱系法规，意思是依据系统发生对生物体进行命名的法规。它是针对现存的林奈生物命名体系的缺点而提出的新体系，目前还没有完全建立起来，其主要倡导者为动物学家德奎洛兹（K. de Queiroz）和植物系统学家坎迪诺（P.D.Cantino）。
新的命名体系考虑的重点是生命体之间的系统发育关系，林奈体系是一种多少有主观性的命法体系（需要注意的是，并非完全的主观性，它同样有相当的客观性），它不能令人满意地命名进化枝（clades）和物种（species），而这两个概念理应客观地、不含糊地指向生命树的实体（entities），而且要有相当的稳定性。林奈体系又是一个有着多种等级阶元的生物命名体系，处于等级体系中的物种名实际上并不能很好地反映系统发生关系，与专门的进化枝也不能很好地对应起来。
支持谱系法规者，目前的动机并非立即取代现存的命名体系，并且希望尽可能少地损害现有的命名遗产。为了稳定性与连续性，在林奈体系中的大多数名字会被沿用，但将被赋予新的含义。在林奈命名体系中被保留下来的种、属、科、目、纲、门、界等阶层名字，在谱系法规中被重新定义后，不再具有等级含义。
系统发生命名法的主要特点是：（1）体系无等级。尽管分类群（taxa）与等级有关，但等级的指定并不是命名过程的一部分。（2）新的规则是为命名“进化枝”提供的，最终将命名“物种”。在这一体系中，类型“物种”和“进化枝”是没有等级的，只是不同的生物实体（entities）的种类。两者都是进化的产物，而非分类学家或者系统学家创造的东西（当然，理论上是如此，在实际操作中它们依然是由人创造的、可更改的），两者的“所指”（reference）都是客观存在的，理论上与如何命名没有关系。（3）与现有的命名法规相对照的是，超种名（supraspecific names）不再具有现在法规中的那种类型的含义。
PhyloCode的理论基础是由Queiroz和Gauthier（1990，1992，1994）的一系列论文建立的，强调了分类群可以通过系统发育树来建立的思想。PhyloCode的文本从1997年秋季开始准备，后来加入的学者越来越多，也召开过多次学术讨论会。目前反对与支持者都大有人在。有人认为它将埋葬使用了两百多年的林奈体系。
不过，也有人指出，谱系命名操作起来很困难。谱系法规中分类单元的名称是以其所属谱系内部各成员之间的相互关系来定义的，要求系统分类学家在命名前必须预先掌握系统发生的假说。事情也许不像其倡导者宣称的那样使生物的命名和分类更加明晰，可能产生更多混乱。有人干脆说，应该摈弃的是谱系法规，而非林奈系统。
目前，总体发展趋势是有利于谱系法规的，这主要得益于达尔文的生命演化思想在信息时代强有力的技术支持，比如分子测序的便捷性。重要的进展在于，越来越多的人在使用新的分类方案。宏观搞不定的情况下，便借助于微观，分子测序结果成为可以参考的重要指标。这是时代发展使然。提醒读者注意的是，分类命名是集体积累性的事业。做出优秀的分类工作，需要野外博物调查、标本采集、测序、综合直觉与洞察力几个方面相结合。
大家不妨看一看。持续了200多年的林奈双词命名法会就从此终结吗？大概不可能。但是新的体系有自己的长处，现在正在争取生存权。新体系的动机是很好的，试图通过命名直接反映生物之间的演化关系，但是近期看优势并不明显，不如林奈体系简明适用，长远看倒可能代表着一种趋势。
需要明确的一点是，林奈体系或者传统意义上的多种分类体系，绝对不只是单纯的“人为系统”，以分子测序为依据的新分类方案也绝对不是单纯的“自然系统”，它们都是自然与人为的混合物，多多少少罢了。许多科学史家在评论传统分类方案时，过分指责其“人为性”，是不公正、不符合实际的。同样，赞成新方案时，鼓吹其“自然性”也要适当，要注意其内在的人为构造。
[1] 威尔逊：《大自然的猎人》（ Naturalist ），杨玉龄译，上海科学技术出版社，2000年，第217页。威尔逊的这部自传在中国出版了多个大同小异的版本。作为当代知名科学家，他自称为“博物学家”。但长期以来中译本的书名均未直译。2021年威尔逊去世前不久，中信出版社终于将此自传书名改为《博物学家》重新出版。
[2] 转引自William T. Stearn. Botanical Latin . Portland：Timber Press，2004。