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目前详细病因仍不明，可能与下列因素有关。
（1）遗传因素：本病患者近亲中的患病风险较一般人群高数倍，血缘关系越密切，患病率越高。通过孪生子的研究发现，单卵双生子（同卵双生子）的同病率为40%～50%，比双卵双生子（异卵双生子）高4～6倍，表明本病受遗传因素影响。
（2）神经生化异常：研究表明，某些中枢神经递质在调节和保持正常精神活动中起着重要作用，其中多巴胺功能在本病患者不同脑区出现紊乱。近年来，我们认为精神分裂症也与5-羟色胺的功能异常有关。
（3）大脑结构异常：精神分裂症患者脑CT和核磁共振研究发现，约1/4的患者有轻度脑萎缩的现象，脑室扩大、脑沟增宽等。
（4）炎性反应：某些证据表明，感染和免疫功能异常与精神分裂症的发生、发展有一定关系，抗炎药物有时会改善精神分裂症的部分症状。
（5）肠道微生态功能紊乱：有研究显示精神分裂症患者的肠道菌群及其代谢产物异常。
（6）心理及社会环境因素：大多数精神分裂症患者的病前性格为内向、孤僻、敏感多疑等。许多患者在发病前有某些生活事件，如离异、失恋、重大财产损失、升学受挫等。
另外，国内外的许多研究表明贫困阶层的患病率较高，可能与这部分人群的生活和精神压力较大有关。