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分税制虽然形式上一改财政包干那种地方承包形式下的中央与地方间的财力配置欠规范方式，但不能忽略我国行政高度集权与分税制的推行是在中央财力严重不足背景下推出的这一特定事实，因此，我国的分税制只能算是一种相对规范化的财政分权，实质仍是高度行政集权下的、中央对地方“放权让利”的一种修正或“权利的回收”。总之，分税制仍是在行政高度集权下，主要是依据中央的需要同时适当考虑地方的积极性所做的财权收放，远非中央与地方规范的财政分权，具体的评价与总结可以有以下几点。
1.分税体制改革使政府间财政分配关系相对规范化。分税体制改变了原来的财政包干下多种体制形式并存的格局，使得中央和省级政府间的财政分配关系相对规范化。
2.中央政府财政收入比重明显提高。新体制对各级政府组织财政收入的激励作用较为明显。全国财政收入增长较快，特别是中央收入比重，以及中央在新增收入中所得份额都有明显提高，形成了较为合理的纵向财力分配机制。
3.形成了普遍补助格局，初步建立了过渡期转移支付办法，为建立较为规范的横向财力均衡制度打下了基础。但同时还存在着收入划分仍不尽合理，地区间受益状况苦乐不均等问题。因此，在财政纵向和横向两方面都存在不公平问题。政府间转移支付制度尚需完善，一方面是转移支付的构成不合理，另一方面转移支付数额也存在问题，因此，地区均衡效果（财政横向不公平）不理想。分税制财政体制改革只是财政改革的一个起点，它的意义在于改变了财政在整个国民经济分配中的机制，相对稳定了财政分配在GDP中的份额，同时改革了中央财政在整个财政中的地位。但是，从制度上讲，财政中的问题并没有根本解决。中国财政体制不仅需要在政府间财政关系方面进行规范，还要进行预算管理体制和税收制度的进一步改革，才能有效地适应市场机制的运行。
由此决定了税权设置不可能不存在问题。西方国家分税制的成功经验说明，对事权的科学界定，是分税制建立的前提条件，在此基础上再据以划分财权，使两者统一起来。我国建国以来，财政体制不断反复、频繁更迭也证明了这一点。由于事权划分不清，导致中央政府与地方政府在一些事务上权责不明，形成真空地带，实际运作中央集权与强烈的地方倾向含混其中互为消长，财政分割一直沿着“集权—分权—再集权—再分权”的轨迹变更。
此外，目前的税收分权模式，有悖公共财政理论。公共财政理论认为，公共产品具有层次性，按其受益范围的大小，可以分为全国性公共产品和地方性公共产品。公共产品的提供由中央和地方之间的分工制度确定，是一种经济机制设计，有必要由中央政府提供全国性的公共产品，地方政府提供地方性公共产品。税收是公共财政的主要来源，税收作为公共产品的价格，各级财政支出所提供的公共产品的范围大体与本级政府辖区界限相一致。所以，中央和地方在公共产品的提供上，应具有相对的独立性，相应地中央和地方应拥有各自的税权。只有中央和地方政府拥有各自的税权，才能保证各级政府支出的基本需要，才能有效地提高政府机构的效率。而我国现行分税制的税权划分不清晰，不符合公共财政理论的要求。
4.现行分税制对省级以下的税权和事权的分配，更缺乏明确规范。省以下地方各级政府之间、同级政权机关之间财政权力的分配。迄今为止，中央与地方仍存在既分税又分企业的现象。如《国务院关于实行分税制财政管理体制的决定》中规定，中央企业所得税，铁道部门、各银行总行、各保险总公司等集中缴纳的税收为中央收入；地方分税制财政体制中，按企业隶属关系划分收入则更成为通例。按企业隶属关系划分税收，首先在理论上是说不通的。一个企业坐落在一个地方，占用当地的公共资源，并享受地方政府提供的公共产品，就需要分担一定的费用，就需要缴纳税收。这也是政府提供公共产品最主要的成本补偿来源。地方政府提供了大量的地方公共产品，如治安警察、城市管理和维护、环境卫生、基础教育等，因此，它参与辖区企业税收的分成是不言而喻的。税收的划分取决于某级政府是否向企业提供了公共产品，而与企业的所有制没有关系。
因此，按隶属关系划分税收，在计划经济条件下存在合理性。那时，每个人都是“单位人”，单位包揽了每个社会成员从摇篮到坟墓的一切需求。所以严格讲，那时的公共产品是由企业，而不是政府提供的。政府不提供公共产品，企业当然不用交税，国家税收是否有存在的必要都值得怀疑。各级政府本身就是企业的经营管理者，它的各项职能也是通过这些企业完成的。但在市场经济条件下，情况发生了根本变化，企业成为盈利组织，把社会职能剥离给了政府，而政府在辖区内为企业和居民提供普遍、均等的公共服务，这时如仍以隶属关系划分税收，势必造成公共产品生产过程中收支的不对等状态。
同时，按隶属关系划分税收这一体制下，外来企业一般按由何级政府引进来确定隶属关系。以杭州市为例，
如区政府引进企业，可得该企业全部地方财政收入的60％，市财政得20％；如市政府引进企业，分成就由20％上升到80％，而区政府则失去60％分成。无论对市、区政府来说，取得还是失去隶属权，都是一个企业60％的地方财政收入。巨大的利益驱动一方面诱使上下级政府间、同级政府间相互“挖墙脚”，“拉企业”损害了政府法治、公正的形象；另一方面，也助长了一些企业的浮躁心理，哪里给好处就往哪里搬。甚至培养了少数“奸商”，向政府要价施压，动辄以撤资相要挟。而改按属地分税，则不仅起到定分止争的作用，也给地方政府一种正确的导向，促使它实现职能的归位，专注于投资环境建设，而不是把大量精力、财力浪费在内部的纷争上。