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1978年中国进行经济体制改革以来，中央和地方政府的财政分配关系经历了1980年、1985年、1988年和1994年四次重大变革。其中前三次具有一定的共性，简单说来，都是中央政府对地方政府的放权让利，本质上仍是财政包干的一种形式，实际上仍未跳出计划经济财政框架；1994年的分税制改革，是财政体制为适应市场经济机制而做出的重大改革，终于向市场经济体制跨出了由行政性分权向经济性分权转变的这一带有决定性和革命性的一步，但实践中在很多方面还存在不足。
这一体制设计对地方的吸引力很明显：地方“交够中央”就能“超收多留”。承包制的好处在于，既可确保中央财政收入的稳定增长，又可将中央对地方和社会的支出责任改为由地方、企业和居民自行负责。既减轻了中央的负担，又给地方许多自主权，调动地方的积极性和主动性，完成各项公共事业建设，更好地提供公共物品。
实行财政大包干体制以来取得的主要成就是，地方政府具有一定的相对独立性和主动性，扩大了地方政府在组织收入和安排支出方面的自主权，强化了其利益主体的意识，在一定程度上调动了其发展当地经济、政治、文化等的积极性，促进了地方财力的增长和社会各项事业的发展。同时，这种体制与当时的经济改革的方向是比较吻合的。
但是，财政包干体制是在特殊情况下采取的一种“应急型”体制，是一种过渡型的财政体制，这也产生了许多问题。一是国家财政收入增长速度日渐放缓，中央财政汲取能力严重下降，“两个比例”下降迅速，例如，1978年国家财政收入占国内生产总值的比重是31.1％，1993年该比例则下降至12.3％，财政赤字不断增加，而中央财政由1984年占整个财政收入的40.5％下降至1993年的22％；
二是由于放权的制度设计的缺陷，对于放权的范围，放权的程度问题等没有准确的界定，再加上体制的频繁变动，导致地方政府的短期行为，例如各种预算外收入、体制外收入等五花八门，乱收乱罚、坐收坐支、以费挤税、以罚代征等现象普遍存在，官场腐败频发，严重影响了党和政府在群众中的形象，信用度急剧下滑；三是由于片面追求收入的增长，忽视了财政的横向均衡，地方保护主义严重，地方之间的财力差距不断扩大，各地税负悬殊、苦乐不均；四是由于“确保上交、超收多留、欠收自补”原则，各地纷纷隐瞒税源和收入，各级政府为了少交多留、少支多收而各自为政、层层设防、处处设卡、瞒上欺下，财经秩序一片混乱。
具体说来，主要存在以下几个方面：1.一对一讨价还价的财政包干体制缺乏公开性。1980 ～ 1993年间，中央与省政府的财政分配关系同时并存多种体制形式。不同体制形式对地方财政收入的增长弹性不一致，体制形式的选择也存在机会不均等，以及信息不对称和决策不透明等因素，都导致财力分配不合理。更重要的是财政体制的决策程序采用一对一谈判方式，中央政府对地方的财政收支行为也缺乏监督和控制手段。
2.基数核定方法不科学。基数核定指每一次体制调整都用地方政府以往的既得财力为基数。由于不同的财政体制形式对既得利益的形成作用程度存在差别，因此既得利益并非公正。同时，在税法相对统一，税收征管权力相对集中的背景下，经济发展水平差异决定着各地方政府的税基规模，因此，既得利益中含有非主观努力的成分。这种保既得利益的做法将这些因素固定化、合法化了。
3.注重既得利益导致财政包干体制缺乏横向公平性。保证既得利益一直是贯穿财政体制改革的主线，使政府间财政分配关系始终围绕财力的切割、财权的集散而展开，较少考虑横向财政分配关系，没有完整的横向财政调节机制，调节地区间不平等和实现公共服务均等化的功能没有成为体制设计的政策目标。
第四，财力分散，中央政府缺乏必要的宏观调节能力。财政包干体制包死了上交中央的数额，导致中央财政在新增收入中的份额逐步下降，宏观调控能力弱化。同时财政包干体制还对产业政策产生逆向调节，地方政府受利益驱动支持高税率产业发展，导致长线更长、短线瓶颈制约更明显、地区间产业结构趋同。
1.实行财政包干体制改变了计划经济体制下财政统收统支的过度集中管理模式，中央各职能部门不再下达指标，地方政府由原来被动安排财政收支转变为主动参与经济管理，体现了“统一领导、分级管理”的原则。
2.历次的财政体制改革都是对原有体制某种程度的完善，在经济持续稳定发展方面显示出一定的作用。地方政府财力的不断增强使其有能力增加对本地区的重点建设项目，以及教育、科学、卫生等各项事业的投入，促进了地方经济建设和社会事业的发展。
3.财政体制改革支持和配合了其他领域的体制改革。财政体制改革激发出地方政府的经济活力，带动财政收入增长，为其他改革提供了财力支持。包干体制注重政府间收入在所有制关系下的划分，缺乏合理依据，是政府间财政分配关系不稳定的重要原因之一。
因此，从本质上看，财政大一统体制并未摆脱集权型的财政分配模式，没有从根本上解决中央与地方政府之间财权、事权之间的分配问题。
分税制存在的主要问题。
1.中国的分税制只涉及了中央与地方财税关系的一个方面，即税收收入的重新分配，而完全没有涉及整个体系的另一方面——支出责任的重新分配。在未建立起有效运转的转移支付体系的情况下，地方政府仍然负担高达70％以上的财政支出。中央与地方的财政处境的不同，是公共服务和社会福利成为改革的牺牲品，如中央政府文教卫生支出的比例在分税制实行后持续下降，从1994年占各级政府支出的22.1％降至2000年的17.2％，此后虽又缓慢回升，但迄今仍未恢复到税制改革之前的最高水平。
2.县乡政府负债已成为普遍现象，其风险压力日益明显，尤其是在贫穷落后的地区，基层政府已经负债累累，“吃饭”仍难以维持，更不用说提供最低标准的基础教育和最基本的公共服务了。县、乡两级财政承担了基础教育经费的70％、公共卫生经费的60％左右；2004年的一项调查表明，农村小学的成本负担比例如下：乡镇财政负担78％、县财政负担9％、省地两级财政负担11％、中央财政只负担2％。
中国现行的分税制具有按经济发达程度累退征税的性质（即越穷困的地区征税越多），不但不能有效地调剂余缺、维护均衡，反而加剧了中国的贫富差距和地区差距，导致权力越小的低层级政府负担越重。占共享税绝大部分份额的是增值税（75；25）、企业所得税和个人所得税（60；40），但它们都按照固定不变的比例在中央与地方间分成，并未对贫富不同的地区加以任何区分。所以，在那些富裕的地区，地方税的收入较多，共享税的收入同样较多，又因为具有投资环境、发展程度方面的优势，如土地出让金、行政事业性收费等预算外、制度外的收入也就相应更多。而贫困地区则出现完全相反的情形：地方税收与共享税少，税外的其他收入更相形见绌。为了维持“吃饭财政”和最低水准的公共服务，贫困地区的居民也就必须忍受比富裕地区更高的综合税负。越贫困的地方，不仅公共服务的数量越少、质量越次、水平越低，而且当地政府还凭借这些低水准的公共服务向居民榨取比富裕地区更高比例的行政收费。以最富裕的上海市与最贫穷的贵州省为例，分税制前人均财政支出最高相差5.8倍；分税制后差距扩大至9.3倍；此后，经“科学发展观”和“构建和谐社会”的政策微调，这一差距仍然维持在8倍以上。
这样悬殊的地区人均财政支出差距在国际上实属罕见。
3.中央政府与地方政府之间的转移支付力度有限。我国的转移支付体系包括体制补助（上解）、结算补助（上解）、专项补助、税收返还以及均等化（过渡期）转移支付等多种类型，各种转移支付形式各自为政，缺乏统一的协调机制。转移支付的目标就是要使地方政府在一个大体一致的水平上提供公共产品和服务，但是“税收返还”的绝大部分回流到富裕地区，而且明显偏向于大中城市，因为农业税仅区区300多亿，是没有“返还”余地的，那些最需要获得转移支付的贫困地区、尤其是贫困的农村地区，因为对中央政府的税收贡献太少，几乎完全得不到来自中央政府的财政支持，完全丧失了统筹兼顾、综合平衡的积极功能。按中央与地方的收支比例来看，地方财政有将近一半的支出缺口需要依靠中央财政的转移支付。当初，中央政府为了说服地方政府接受分税制，承诺对地方实施大规模的“税收返还”，结果，中央的所谓“转移支付”便一直以中央税收向税源发生地回流为主体——刚实施分税制时，“税收返还”占“转移支付”的75％左右，目前仍占到40％以上。这样，“转移支付”大体上就成了“不转移支付”。
4.省以下分税制财政体制不够完善。1994年的分税制改革，使中央与省级的财政体制实现了大致统一，但省以下的财政体制总体上沿袭了财政大包干体制的部分做法，没有完全按照分税制的要求做相应调整。省以下各级政府的收入划分更多的是采用企业的行政隶属关系和行业作为标准，即哪一级政府的企业上缴的税收除了按照分税制体制要求缴入中央的以外，其余的按隶属关系缴库；部分地区仍然延用旧体制的“总额分成”、“增长分成”或递增上解体制；财政困难逐级向下转嫁，中央政府从地方集中了较多的财力，省级政府将主体税种划归省级，这样一级压一级，把财政困难最终转嫁到基层的乡镇政府，使乡镇政府负债累累；税种少与级次多的矛盾导致无税可分。地方政府的收入项目相对较少，这样越往基层，税种越少，级次越多，分税的难度越大。
5.财政体制的法制化程度不高。我国的财政体制经历了多次的反复变动，从1950年财政体制的初建到2002年所得税体制改革的52年间，财政体制至少变动了19次，平均不到三年就变动一次，一直到现在也没有形成稳定的中央与地方的财政关系。为了避免在财政体制调整过程中受损，地方政府可能会采取各种手段，比如私自减免税、故意增支减收、加大赤字等，利用体制的漏洞和规则的空隙实现自身利益的最大化，而中央政府可随意变动各种规则，把公共责任转嫁给地方政府，两者的零和博弈，最终会阻碍我国财政体制的完善和经济、政治、社会的发展和稳定。因此，无论是中央政府还是地方政府，都应该用法律的形式固定各自相应的权利和责任，并保持相对稳定。
6.财税机构间协调难度加大。我国的税收收入征管机构分别是国家税务局、地方税务局、农业税征收管理局、预算外资金（非税收入）管理局，征收成本增长迅猛，机构协调的难度进一步加大。根据国务院的有关规定，2002年所得税体制改革后，“现行国家税务局、地方税务局征管企业所得税、个人所得税（包括储蓄存款利息所得个人所得税）的范围暂不作变动。自改革方案实施之日起新登记注册的企事业单位的所得税，由国家税务局征收管理”。也就是说，国税局和地税局都是既要为中央征税，也要为地方征税，这有悖于我们分设机构的初衷。国税实行全国的垂直管理，地税实行省以下的垂直管理，市、县、乡三级政府没有自己的征管机构，这不符合分税制的要求；纵向管理的税务行政体制同财政体制上的“分级管理”相冲突，按照预算法的规定，本级人大通过的预算具有法律效力，但在纵向管理的税务体制下，收入任务层层下达，人大通过的预算对税务部门不具约束力。