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从16世纪中期出现的世界上第一个自由港——意大利热亚那的格雷亨港算起，世界自由贸易区近 400 年的发展历史大致可以分为四个阶段：
第一阶段是 16 世纪后半叶至 18 世纪初。随着资本主义手工业和航海业的发展，国际贸易快速得到提升，欧洲自由城市和自由港大量出现在地中海沿线，并逐渐向西欧沿海与波罗的海扩散。
第二阶段是 18 世纪中叶至 20 世纪 40 年代。随着两次工业革命的爆发，资本主义国家通过扩大殖民地来寻找新的销售市场和工业原材料来源地，因而在欧洲、加勒比群岛、亚洲和非洲等地建立了众多的自由贸易区，特别是第二次工业革命后，在欧洲大陆的德国汉堡出现了现代意义上的自由贸易区雏形。第一次世界大战之后，美国的自由贸易区开始兴起，1934 年美国议会通过的《对外贸易区法案》，准许在全国不同地区创建自由贸易区。
第三阶段是第二次世界大战后至 1960 年。随着第二次世界大战后经济的恢复与繁荣，欧洲的许多自由港与自由贸易区得到重建和新建，亚洲的中国香港、新加坡以及大批拉美和加勒比国家的自由贸易区得到方兴未艾的成长。此时，以商品贸易为主的自由贸易区已成为许多国家和地区促进经济增长、出口与就业的激励措施。
第四阶段是 20 世纪 60 年代至今。这一阶段中主要是以出口加工为主的工业型自贸区，率先出现在东南亚、中国台湾、美国、墨西哥以及爱尔兰等新兴经济体或发展中国家，自由贸易区成为它们实施工业化和出口导向发展战略的重要依托。随后在 20 世纪 70 年代后，开始出现由贸易物流型向生产型、服务型、科技型、金融型等复合功能拓展与提升的综合型自由贸易区，其范围几乎涉及世界上所有国家与地区，特别是东亚与中东地区的各类自由贸易区发展日渐成熟。