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陕西省人民政府成立自贸试验区工作领导小组，负责研究自贸试验区法规政策、发展规划，研究决定自贸试验区发展重大问题，统筹指导改革试点任务。下设自贸试验区工作办公室，包括综合信息处、政策法规处、协调指导处。
西安市、杨凌示范区和西咸新区设立自贸试验区管理委员会（简称管委会），接受自贸试验区工作领导小组以及西安市人民政府、杨凌示范区管委会、西咸新区管委会的领导，协调推进片区综合发展，统筹片区改革创新试点和改善营商环境工作，承担片区的规划、建设、管理与服务等具体事务。具体如下：
中国（陕西）自由贸易试验区西安管理委员会。西安管委会与西安市商务局合署办公，主任由市商务局局长兼任，管委会下设综合信息处、政策研究处和指导联络处，包含西安高新区（管委会）、西安经开区（管委会）、浐灞生态区（管委会）、西安国际港务区（管委会）四个功能区。
中国（陕西）自由贸易试验区杨凌示范区管理委员会。该管理委员会与杨凌示范区管委会合署办公，领导小组办公室设在示范区经贸和安监局，下设综合协调组、制度创新组、方案规划组，包含杨凌示范区功能区。
中国（陕西）自由贸易试验区西咸新区管理委员会。该管理委员会与新区管委会合署办公。管委会下设自贸办，与改革创新发展局合署办公，包含空港新城、沣东新城、秦汉新城、能源金贸四个功能区。