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本书在研究中主要采用以下几种方法：
一是文献研究法。查阅国内外研究相关文献，总结当前研究成果，把握环境政策与环境污染治理研究的最新动态，找到研究的切入点。
二是规范分析与实证分析相结合。利用规范分析方法分析财税政策对环境治理的作用机制，挖掘各省财税政策与环境治理效果差异的背后制约因素。运用一般面板线性分析、面板门限效应、PVAR模型、空间面板杜宾模型与数据包络分析等实证分析方法检验财税政策对环境治理的直接效应、间接效应、总效应、门限效应、长期影响、空间溢出效应以及效率。运用的软件主要有Stata13. 1、Matlab R2016a、ArcGIS 10. 2、Deap2. 1等。
三是历史分析与比较分析相结合。利用历史分析方法，从纵向角度展现中国20多年来环境污染状况（包括工业废水排放、工业废气排放、工业二氧化硫排放、工业烟粉尘排放以及工业固体废弃物排放等）、环境治理的财税政策（包括财政政策与环境相关税费政策）实施现状。通过比较分析方法对全国三大经济区域（东、中、西部地区）、38个工业行业环境污染物排放及环境治理现状，利用省级面板数据构建环保财政支出的环境治理效应系数并按系数值域把中国30个省份分成两个不同区域，根据所分的区域检验环保财政支出的环境治理效应。同时对比美国、欧盟各国以及日本等发达国家环境治理财税政策实施状况，得出对中国环境财政体制改革的启示。