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从结构上看，本书主体部分包括导论、正文四章和结语，共六部分。基本次序及体系结构如下：
导论部分首先介绍本书选题缘由及其研究意义。其次，对本选题的国内外研究现状做了简单介绍。此外，对本选题的基本框架及研究方法做了扼要说明。
第一章主要分析了中国在中亚地区的利益。本书认为，中国在中亚的利益主要包括反恐利益、能源利益和军事安全利益。反恐利益分三部分论述：一是“东突”恐怖势力在中亚地区的生存、发展与演变；二是“东突”恐怖势力对中国西北边疆经济与社会稳定的危害；三是中国与中亚联合打击地区恐怖主义。能源利益分两部分论述：首先分析了中国面临的能源安全困境；其次指出，兴建多条中亚—中国能源管道是中国在中亚的主要能源利益。军事安全利益分四个部分进行论述：首先分析了当前中国面临的军事安全环境；其次指出，中亚在中国军事安全环境中占据着十分重要的地位；最后两部分指出，实现与中亚国家和平友好的军事关系是中国在中亚的主要军事安全利益。
第二章主要分析了俄罗斯在中亚地区的利益。本书认为，俄罗斯在中亚的利益主要包括打击与车臣恐怖主义有关势力、确保俄罗斯在中亚的能源战略利益及能源主导地位和军事安全利益。打击与车臣恐怖主义有关势力分两部分进行论述：首先分析了恐怖主义对俄罗斯安全利益的威胁；其次分析了俄罗斯联合中亚国家共同打击地区恐怖主义。确保俄罗斯在中亚的能源战略利益及能源主导地位分三部分进行论述：一是分析了当前中亚能源格局现状，指出中亚地区的“一元”（俄）能源格局已经被打破，已逐步形成一超（俄）多强（美欧中）的中亚能源格局；二是分析了俄罗斯在中亚的能源战略利益，认为控制中亚能源外运通道是俄罗斯的中亚能源战略利益；三是分析了俄罗斯为巩固中亚能源主导地位所采取的措施。军事安全利益分三部分论述：首先分析了俄罗斯外部军事安全环境现状；其次分析了俄罗斯确保中亚安全屏障的利益；再次分析了俄罗斯确保集体安全体系能够有效运转的利益。
第三章主要分析了中俄在中亚地区的共同利益。笔者认为，中俄在中亚地区共同利益主要包括反恐共同利益、能源共同利益和军事安全共同利益。反恐共同利益分两部分论述：一是中亚恐怖主义及其危害；二是中亚恐怖主义对中俄两国利益的危害。能源共同利益分两部分进行论述：首先对中俄在中亚的能源利益进行比较；其次分析兴建多条能源管道是中俄在中亚的共同能源利益。军事安全共同利益也分为两部分进行论述：首先指出，美国在中亚的军事渗透威胁中俄两国安全利益；其次指出，中亚是中俄共同解困军事安全环境最易突破的环节。
第四章主要分析了中俄在中亚共同利益的实现机制问题。本章主要包括两方面内容：一是实现共同利益的理论基础及现实基础；二是共同利益的实现机制，即上海合作组织的组织机制。笔者认为，实现中俄中亚共同利益的理论基础是国际机制论和趋同的新国家安全观，现实基础是边界问题的解决及实现军事互信与裁军，上海合作组织是中俄在中亚共同利益的主要实现机制。
结语部分指出，中俄在中亚地区不仅有各自的利益，而且有诸多共同利益，上海合作组织则是实现中俄在中亚共同利益的主要机制。
文献分析法。文献分析法主要指搜集、鉴别、整理文献，并通过对文献的研究，形成对事实科学认识的方法。笔者根据所研究内容及目的查阅国内外相关文献资料，从而尽可能全面、正确地了解、掌握与本选题有关问题的历史和现状，对相关研究问题形成一个比较全面的认识。
比较分析法。比较分析法是对两个或多个事物进行对比研究的方法。本书通过对中国和俄罗斯在中亚的利益分析，发现中俄在中亚的利益异同，认为中俄在中亚地区尽管存在利益差异，但根本利益一致。通过比较分析本书认为中俄在中亚地区主要有三层共同利益：一是共同的反恐利益；二是共同的能源利益；三是共同的军事安全利益。
归纳分析法。归纳分析法是从个别性知识中引出一般性知识的分析方法，是由已知前提引出可能出现结果的方法。本书通过对中俄在中亚的各自能源利益中归纳出，中俄在中亚地区不只是能源竞争，而且也有能源合作。如兴建多条俄罗斯—中亚—中国—日韩能源管道就是双方的共同能源利益。