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系统是物质存在的普遍形式。我们周围存在各种各样的系统，一个人，一个家庭，一个学校，一个企业，一个城市，一个国家，都是系统。一个人体中，从基本粒子到细胞，到器官，直至生命体，都是以系统的方式存在；普遍的，世界其他物质都是以系统方式存在，只是各个事物以系统方式存在的形态和功能具有差异而已，但就一般的和普遍的存在方式而言都可以归结为是系统的。面对世界的系统普遍存在形式，历史上许多杰出人物都自觉或不自觉地拥有系统思维，比如：德谟克利特写过《大世界系统》和《小世界系统》；马克思和恩格斯在其著作中也经常用的系统这个概念，主要理解为集合体，恩格斯曾指出：“世界不是一成不变的事物的集合体，而是过程的集合体。”系统思维由来已久，但它作为一个科学概念进入科学领域却是20世纪30年代的事情。贝塔朗菲对此做出了开创性的贡献。1932年贝塔朗菲提出了开放系统理论，20世纪40年代末组织成立国际一般系统协会，使系统思想运动遍及世界，系统思维开始从自发的经验性思维转变成自觉的科学思维。
一般系统论是由贝塔朗菲提出来的。从历史来看，它是从有机论基础上创新发展而来的，是从生命本质问题的探讨开始的；因此，“一般系统论来自生物学的有机概念。”贝塔朗菲建立系统论的基本思想是试图把整体世界视为如生命物体那样的内部充满相互联系和相互作用、不断运动变化的组织化和有机化的整体。面对机械论与活力论的争论，贝塔朗菲认为生命的本质的活力论是错误，如果接受了活力论，就等于放弃了科学；而机械论解释生命现象存在加和的观点、机械的观点和被动反映观点的错误，有针对地提出了非加和的观点、相互作用的观点和主动性观点的系统论。贝塔郎菲说：“现在我们正在寻找关于世界的另一种根本的观点——世界是组织。这个概念如果能证实，它将确实改变科学思维的基本范畴，深刻地影响人们的实际态度。”
随着系统科学的发展，世界是组织的系统观点逐步被证明，也逐渐改变和影响着我们的生活。
系统论作为对世界认识的模型理论，对于整体世界的认识和对于具体对象事物的系统研究都具有积极意义。
（1）整体世界模型研究方面。从人类认识事物水平的不断发展的历史来看，人类认识水平只有到达一定阶段才能对“整体”与“部分之和”的神秘关系进行相应的有效揭示和研究，即系统科学认识揭示。人们对于世界的各种科学认识，自从现代系统科学的出现，使得经历了近两个世纪的各种科学材料，从原来互相孤立的不同领域相互联系起来，使科学描绘的自然界呈现出一个连续统一体的图式，如下图
：
现代科学所描绘的世界系统连续一体
世界系统连续统一体，可分为四个不同的基本领域：无机领域、有机领域、社会领域和文化领域。这四个领域在19世纪时的科学理论界中还被视为是决然割裂的、互不联系的，而20世纪飞速发展的科学材料把各个领域之间的鸿沟填补并使它们共同显现出了不同领域、不同层次事物的系统统一性。现代科学所描述的世界系统连续统一整体，展现了系统科学研究的无限生机和强大生命力。然而，要从系统科学庞杂的体系中建立类似物理学基础的系统科学基础（系统学），形成科学明证化、体系化发展，系统科学还有很长的路要走。
（2）具体对象事物系统方面。系统科学分支在比如物理领域、化学领域、生物学领域等各个领域的蓬勃发展，正说明着系统论思想对各个领域的工作性指导意义的显现。对于具体系统实践应用方面，《美国科学教育标准》就是一个明证。《美国科学教育标准》提到：
“自然界和人工界是复杂的，它们过于庞大，过于复杂，不可能一下子研究和领会。为了便于调查研究，科学家和学生要学会定义一些小的的部分进行研究。研究的单位称作“系统”。系统是相关物或构成整体的各个部分的有组织集合。例如生命体、基本粒子、星系、概念、数、运输和教育等都可以构成系统。系统具有边界、构件、资源流（输入和输出）及反馈……秩序是宇宙中的物质、物体、生命和事件单位的行为，它可以通过统计学的方法进行描述。在科学中，物体、生命体、系统或事物会受到很多因素的影响，随着有关这些因素的知识的增长，随着更多、更好的观察结果的出现，随着更好的解释模型的开发，可以减少不确定性的发生……组织的烈性和水平提供了对世界进行思维的有用途径。组织的类型包括元素周期表和生命体的力量。生命系统也有不同的组织水平，例如细胞、组织、器官、生命体、群体和社会。基本单元的复杂性和数量随组织的层次而变化。在这些系统内部，各个组成部分之间会发生相互作用。此外，系统在不同的组织水平上可以表现出不同的性质和功能。”
狭义的看，系统在实践中，是为了工作而定义或划分的一些小的部分——这些部分直接的目的是为了更好的工作，更好地认识和研究身边的自然界和人工事物。
从认识论上说，任何对客观世界研究获得的有价值的理论都包含着对世界的某些正确反映，但同时，由于任何指导或解释实践的认识都是一定时代条件下的认识所形成的理论，难以摆脱时代的各种局限。贝塔朗菲在提出一般系统论时曾清醒的指出：“一般系统论是一种实际工作用的假设。”
他说：“‘系统’是总的自然界的模型，是模拟被考察实体的某些比较普遍性质的概念方面的东西。使用模型或模拟结构是科学的一般做法（甚至是一般生活的做法）。”
因此，贝塔朗菲的一般系统论经历了从假说模型到科学发展的过程，而就当时而言具有时代的局限性，同时带有猜测性和假说性。模型假说的方法和思维，在系统科学研究中具有重要的指导意义，这也是本文重点贯彻执行的思维方式。因此，当谈及“世界是组织”的时候，我们应当注意到人的思维模型特点和科学的工作假说特点及猜测模型意义；在发展系统科学时，可以充分运用模型方法和思维，推动系统科学相关认识的不断发展。
系统论是一种世界模型，是一种工作假说，不仅在提出之初对于实际工作应用具有积极意义，比如解决机械论与活力论的争论；而且随着系统科学的发展，系统论逐步成为科学理论。上世纪，科学技术发展迅速，社会物质生产日益丰富，尤其表现在产业结构发生巨大变革；人们的系统认识对象，在技术系统中（比如自动化技术、计算机技术、信息技术等）、在物质生产系统中（比如自动控制技术、计算机和信息技术等）、在科学研究系统中（各种研究共同体的出现以及大科学的趋势）、在社会系统中（人与人、人与环境以及各种经济、政治和社会关系）发生了巨大改变，表现出多样性、复杂性、整体性和组织性，系统科学理论成为人类认识世界和改变世界的一种有效工具被普遍承认和广泛应用。
人的认识活动不是简单地、零散地、被动地接受和记录外部刺激的过程，而是一个有选择地与环境相互作用的过程。由于所认识的事物内部联系的多样性和复杂性，同一事物可能有多种不同的认识模型，每一种认识模型对应相应的认识坐标（人的认识符合系统效用认识论中的“坐标法”）。系统科学认识论，要从实际工作应用认识，升华到对一般世界系统的认识，不仅包括了具有实际工作用的所谓规定的“认识范围”，也包括对无边际的世界的认识。因而，系统科学的基础科学要具有对普遍世界的解释能力，能够展开为系统科学体系，实现系统科学哲学与其对应系统科学应用学科的逻辑贯通与理论自洽。
一般系统论，从刚开始的一种工作假说向现在的科学真理完善，这是系统科学发展的一种必然。通常，人们在认识“世界是系统”观点的时候，侧重指向系统论的工作假说特点和猜测模型特点，也侧重停留在“实际工作”的针对性方面——因此要把人们利用系统论对实践的推动作用并获得有益价值的这一“真理”同真正的真理区别开来，这样做的目的是防止系统科学的研究退回到旧的科学方法论和认识论的水平。因为，把系统论压缩在一个实际工作的假说范畴内是不科学的。为此，贝塔朗菲提出了系统论向哲学的发展，填补系统科学的哲学空白领域。拉兹洛等人展开系统哲学的研究，中国学者也展开了相应的研究，钱学森提出了系统科学框架体系，并指出了基础层次科学（系统学）的空白。
苗东升认为系统科学经历了三个里程碑式的发展阶段，分别为贝塔朗菲的一般系统论、哈肯的协同学、钱学森的系统学（尚未建立）。系统科学理论要经历一个逐步发展完善的过程，一方面，系统论要向哲学汲取丰硕的资料、资源和营养，实现系统论同哲学的有机融合；另一方面要使系统论成为科学并获得统一的科学化规范，同时又获得区别于传统科学的认识论和方法论。综合起来，就是要研究系统科学一般原理，向哲学表现为系统哲学原理，向科学表现为系统科学基础原理（系统学）。
魏宏森和曾国屏编著的《系统论——系统科学哲学》（广义系统论），不同于贝塔郎菲的一般系统论。广义系统论，“提出了辩证系统观是关于自然界的存在方式和深化的一般图景，是从辩证的、系统的角度对于自然界的总的看法。是对包括人工自然在内的整个自然界的基本形式，本质特征，发展规律等问题的一种根本观点。……从中抽象出认识该类系统一般特征的八大基本原理。……描绘出组织性、复杂性、非线性系统发展的辨证途径。为系统科学通向辩证唯物主义构建了桥梁，填补了系统科学和哲学之间的空白。”
广义系统论是从哲学上推进系统科学的发展，而侧重科学的推进系统科学发展的工作，必然是要以创建系统学为标志的——这是钱学森提出的美好而伟大的具有深远意义的目标。
“系统”这个词在希腊语中即为部分组成整体的意思，在拉丁语表示群体、集合等的抽象名词，英文中具有体系、系统、体制、秩序、机构、组织等含义。撇开各种具体系统的形态和性质，可以发现一个系统必须具备这样一些条件和性质：一是要有两个以上的要素（组分），表现出多元性或多组分性，单个要素不能构成系统；即，只有一个组分的事物，或者说不能划分为不同组分的事物是非系统。二是各要素之间具有某种关联，存在着一定的相互作用，表现出相关性和整体性；即，多元性是系统的必要条件，相关性是整体系统的充分条件，它们造就了系统的一体性。三是系统赖以存在的环境，表现出开放性。多组分是系统存在的前提和物质基础，多个组分必定相互关联才能形成系统，系统作为一个统一体与其他事物发生关系，它对外环境体现为“一”。
贝塔朗菲提出科学的系统概念后，由于科学家们从不同领域考察系统，因而系统概念的定义也是众说纷纭。贝塔朗菲在1971年认为，系统可定义为处于相互关系中并与环境有相互关系的诸要素的集合。韦氏大辞典把系统解释为“有组织的或被组织化的全体”。中国学者钱学森认为系统就是“由相互作用和相互联系的若干组成部分结合而成的具有特定功能的整体，而且这个系统本身又是它所从属的一个更大系统的组成部分”。苗东升在《系统科学大学讲稿》中以贝塔朗菲的系统说法为基础，提出系统的基本定义：两个以上事物或对象相互关联而形成的统一体；因相互关联而被包含在系统中的那些事物或对象，叫作系统的组成部分，简称组分（其中，事物、对象、统一体是不加定义的元概念）。
系统定义的争论，使系统科学的基础科学缺乏了一个共同认可的有效研究展开的对象源，即缺乏系统科学基础研究的公认的逻辑第一起点。钱学森提出系统科学的基础科学（系统学）30多年过去还没有建立，苗东升等认为具有内在的困难性和复杂性原因，但同时认为系统科学的一部分内容可以进入系统学比如非线性动力学和自组织理论等，并认为“涌现”是系统科学的内在逻辑连贯一体的核心。浅以为，“涌现”成为了系统学基础研究有效展开的一个共同认可的概念，但是：涌现仅仅是一种机能现象，它不能直接的作为系统学的研究对象。假定：标志系统特征的专门直接承载涌现的一类事物，称为“涌生物”，而直接承载涌生物的称为“组分物”（所谓的一般事物）。它们是一般系统的两大基本成分。这样，我们可以获得系统科学抽象的共同逻辑第一起点，即，系统可描述性定义为：
由两个或两个以上“组分物构成——涌生物生成”的整体。
该定义以涌生物假说解释系统涌现，并将其与组分事物连贯起来，揭示涌生物承载涌现，组分物承载涌生物的整体行为。系统定义中包含组分物和涌生物两大基本成分，这两个概念都是一般抽象的。组分物容易理解，它可以在系统中分离出来，甚至还原出来。涌生物，是组分与组分之间的相互联系相互作用的、具有层次结构和关系具体形态的涌生物，它不能以组分物的方式存在，不能被还原。系统中的组分与组分具有物理学的构成关系，系统中的涌生物一定是组分与组分相互作用生成的；因此，系统中的涌生物与涌生物之间“不具备构成关系”——不能直接以构成关系进行研究。比如，文章是由一个个汉字组分构成的，而文章思想是透过汉字组分相互作用生成的。
系统的直接基础是组分物，间接基础是涌生物。对组分物的研究，可以有构成关系，也可以有生成关系，当然这两种关系有条件下可以相互转化，在系统中占据的比例不同而呈现出系统科学的构成论和生成论的区别，比如受精卵从无到有侧重生成，房屋系统侧重构成。“组分构成”和“涌生物生成”是一体的，没有不生产“涌生物”的组分与组分，同样没有“组分”的“涌生物”是不存在的。任何两个或两个以上的组分都一定生产出相应的“涌生物”，任何涌生物都必须依托组分且以组分为载体，“涌生物和组分物”是一个整体——“组分物构成”和“涌生物生成”是一个整体，是同一系统的两个方面。认识系统的核心就是“组分物构成——涌生物生成”的一体性和整体性，如下图。
“组分物构成-涌生物生成”的系统说明图
任何一个系统都具有组分物的参数、涌生物的参数、组分物和涌生物相互参数，这三者共同构成了普遍系统的描述。这将成为系统科学基础研究的共同的“第一出发点”基础，即可以展开的逻辑第一出发点。任一确定的系统，其必定只有唯一的组分事物集合（包括组分的数量和组分的质料等），同时也必定只有唯一对应的涌生事物（组分之间相互联系相互作用的具有层次结构和关系具体形态的流）。
另外，根据人类研究的目的性需求和辩证法的要求可把系统的定义作一些改变为：系统是由相互联系、相互作用的若干组分要素构成具有特定功能的组分事物要素和涌生事物要素的对立统一体。这个定义照顾了人类研究的目的性，也具有了辩证意义。一是系统的特定功能牵引，使人类认识、研究和调控改造系统具有目的性；二是系统的要素，体现为两大类基本要素，即组分物要素和涌生物要素，由原来的传统事物（组分要素）“一者独大”，发展为组分事物（传统事物）与涌生事物两者平等，共同构建系统的基本认识格局；三是两大类基本要素的关系，以前把系统科学的涌生物忽略，仅作为系统的组分要素的“关系”（相互联系和相互作用关系），忽略了它作为系统的主人翁，现在不仅把其确立为系统的根本特性事物，并把组分事物与涌生事物的关系，确立为“辩证关系”（表现为对立统一关系）。
认识系统，核心在于把握涌生物在系统中的显现及产生涌现的意义。涌生物，在人类的感官和研究尺度中常常容易忽略，一方面，涌生物的存在方式及在研究中的隐蔽性决定了容易被忽略；另一方面，为了研究方便，当涌生物存在的效应不强的时候（对研究而言效应微弱，甚至微弱到可以忽略不计的时候），在特定研究尺度进行机械论和还原论的认识和处理，人们把涌生物划归为了组分的属性，或者还原给了组分。按照系统科学批判还原论和机械论的观点来看，系统科学本质上是由于涌生物的存在并且不可忽略（涌生物就是标志系统特性事物的承载者），使系统出现涌现机能，才使系统成为系统。因此，涌生物是涌现系统效应特性的根本事物。
任何系统都存在涌生物，但区分强涌生物效能和弱涌生物效能，强涌生物效能的研究，我们常常接触，那就是比较典型的系统，而弱涌生物效能系统，就是机械论的“堆”。弱涌生物效能的系统，即非系统主要包括两类，一是没有组分的囫囵整体，二是组分之间没有关联性的多元集合，即没有涌生物的多元集合，没有标志系统的特性显现。但，世界上不存在绝对的非系统。认识事物，从一个角度看不是系统，从别的角度看或许是系统，因为没有绝对不存在组分的事物，也没有绝对不相互作用的组分（没有绝对不生产“涌生物”的组分），我们通常做一种“适可而止”的处理：相对于系统的组分性（组分效能）明显、组分关联性（涌生物效能）明显的系统，组分性（组分效能）微弱的甚至可以忽略的“囫囵整体”和组分关联性（涌生物效能）微弱甚至可以忽略的“堆”，我们称之为非系统。系统科学承认系统是事物普遍的存在形式，又承认世界上也存在非系统，这是辩证的。非系统与系统是相比较而区分的，人们需要在与非系统的比较中认识系统。系统科学基础层次的“系统”定义，根据涌生物效能显现的强弱、忽略与否，相对区别划分传统机械论科学和典型系统科学；这种区分是相对，因为它们是相互联系且不可分割的，这里涌生事物使“传统科学和系统科学”在辩证中获得完美统一。