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人们对于自然世界的系统的认识，从亚里士多德的“整体大于部分之和”就彰显了哲学的神秘色彩和复杂信息。“一般来说，人类的认识由浅入深，由简单到复杂，由有组织（有序）到无组织（无序），由决定性到几率性，由确定性到模糊性，由线性到非线性……与此相适应而形成的许多科学门类，从各个不同的角度揭示客观事物的运动规律。”
贝塔朗菲最先把涌现概念引入系统科学，提出了“涌现的特征”，借用亚里士多德的命题“整体大于部分之和”来直观地表述这种涌现性，并获得广泛认可。它简化的说法可以是：1＋1＞2（传统的数学思维或者机械论还原论思维1＋1＝2）。苗东升认为，这种直观形象的理论是不严谨的，整体涌现性固然有定量描述，但它首先是指定性特征，整体具有组分之和没有的新质，即新的定性特征。如何探讨这种定量描述背后的定性问题？又如何将它们逻辑连贯呢？
科学研究可区分传统科学研究和系统科学研究，传统科学是机械论和还原论研究，则有：
系统科学研究是非线性的，可用1＋1＞2简单表示，将“1＋1＞2”的这个结果用2 S 表示，且为了将“1＋1＞2”与“1＋1＝2”的“1＋1”区别，将“1＋1＞2”中的“1＋1”表示为“1+X+1”，则有：
综上可见，传统科学的机械论和还原论描述，与系统科学的描述，其区别可用X表示。
我们用（1.2）式进行分析，如果事物是可还原的，是机械的，X＝0，则（1.2）变为：1＋0＋1＝2 S ＝2。如果，X ＞0，直观的我们可以获得，1+X+1＝2 S ＞2。系统是世界的普遍存在性，则，X是一定存在的。从存在上来讲，X是大于0的，任何存在都大于0；如果X存在的作用对传统科学划分的可还原的秩点的影响是减小的，1+X+1＝2 S ＜2，反之，1+X+1＝2 S ＞2。
X是什么？很显然，从系统科学看来，它就是具有层次结构和关系的流承载的涌现机能或功能。假定承载该涌现的事物为涌生事物，则系统将出现“1＋1构成——X涌现生成”涌生系统解释模型。
立足“1＋1构成——X涌现生成”系统模型，提出如下问题：从系统2到系统2 S 是如何产生的呢？它的动力是什么？ X在系统2 S 中的意义是什么？系统2到系统2 S 到新系统2 S 不断发展的整体链条在否定之否定规律下该如何描述？ X的发现对物质的研究又有什么意义……
带着这些问题，于是展开了系统涌生的哲学原理探讨如下：
自然世界的辩证唯物主义认为：世界是物质的、物质是运动的、物质是联系的。这是世界系统研究的共同基础。在自然世界关于涌现生成的研究中，主要包括：分形原理、整形原理和超循环螺旋原理，它们对应着世界系统的运动的、联系的和联系规律的研究，成为自然世界系统涌生原理的主要内容。分形原理的分形力将揭示世界的内在动因；整形原理的整形力主要研究世界内部的相互作用与相互联系的描述，即揭示系统生成的内因；超循环螺旋描述的是一般事物的以系统形式的存在和发展的连贯形式；它们综合起来，就是以系统的形式，从系统的角度，揭示世界的一般存在、联系、发展和演化规律，为人们描绘一幅系统科学思想下的世界画卷。
1.关于分形原理。在当前分形理论研究的基础上，透过各种分形现象，探讨分形作为世界的普遍现象——它就是分形规律。分形的动力是分形力，这是世界物质运动的内在的根本动力（物质的自分形力）。分形力，是从分形理论提炼并引入自然世界的哲学研究的普遍研究概念。其在系统科学研究中是指：任何物质作为一个系统，其内部（信息牵引物质能量）具有参照与整体相似的方式展开以获得事物系统整体最大开显性而普遍存在的内部自相互作用。在分形力讨论的基础上形成自然世界的分形原理，对从系统角度描述自然世界运动的根本原因具有积极意义。
2.关于整形原理。唯物辩证法认为，整个世界是由万事万物相互联系构成的统一体，每一事物都是统一联系之网上的部分或环节，都体现着整体的联系；同物质世界的存在和运动一样，物质世界中的联系也是无限的、永恒的。
对于自然世界事物而言，事物与事物是相互联系的，意味着事物既联系别事物也被别事物联系着，该事物作用和影响着别的事物，别的事物也作用和影响着该事物。如果把这种联系作用在系统科学下描述，这种事物与事物之间的“相互作用和影响”可以用系统的“层次结构和关系”来描述表现（根据系统学秩边流模型可把其称为流）；同时，把这种具有“非整体非部分、亦整体亦部分”特性的、具有层次结构和关系具体形态的综合流，假定为涌生事物。在秩边流模型和涌生事物假说下，开展系统涌现的生成问题研究，发现：涌生事物是涌现的直接承载者。把世界看作一个系统，涌生事物是“万事万物相互联系构成的统一体”整理因素（涌生物整理和支配万事万物的相互作用），相关研究形成自然世界的整形原理，对从系统角度描述世界的相互作用和普遍联系具有积极意义。
3.关于超循环否定之否定螺旋原理。系统科学认为世界是系统的，系统是世界的普遍存在形态。鲁宾在《论自然》一书中说：“在石头和植物中，可以找到同样的生命的主要原则，和在人类机体所找到的一样；一切差别是在于这些形质的组合，在于各种器官的数量、比例、排列和形状。”《辩证唯物主义原理》一书中认为：鲁宾的观点“这是完全否认了不同事物之间的质的差别，否认生物和非生物、植物和动物、动物和人类之间的质的差别，这同时也就否认了事物有发展和变化的可能。”姑且不讨论鲁宾的观点问题，试问：“石头、植物和人类”都是系统，这些系统有没有同样的“主要原则”——既使它们区分了不同的质，同时又使它们联缀在永恒发展的“物质”大链条上？如果存在这么一个“主要原则”，质变量变规律或者否定之否定规律能够完成这个使命？系统科学的超循环在这个“主要原则”中又扮演着什么角色……把超循环理论与辩证法的否定之否定规律交融研究，将获得超循环否定之否定螺旋原理，对从系统角度描述自然世界的普遍联系和相互作用的运动形式具有积极意义。
当然，在研究自然世界系统涌生原理的过程中，对系统秩边流模型、系统涌生事物假说模型、涌生系统观点及其物质观、系统博弈动力原理等都有探讨，它们共同构成系统涌生原理。