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因主张各个教堂独立自主并由其教会成员公众管理而得名，是清教徒中的激进派。他们坚持《圣经》的权威，但对个人理解上的差异，采取互相尊重的态度。主张教会虽然可以发表信纲，但不认为信纲有权威性。还特别强调个人信仰自由，并认为国家应对各种不同的信仰都采取宽容态度。在礼拜中注重讲道。在宗教礼仪方面仅保留洗礼和圣餐两项。在组织管理上，主张教徒凭自愿入会，不赞成设立统管各教会的上级领导机构，但允许建立由各教会自由参加的联谊性机构，反对国教观念和教区制。主张全体信徒在教务会议上对教会事务行使平等权利，聘任牧师由教务会议决定，执事由会众选出。由于该派主要是从教会的组织体制上来划分的，故它的一些教堂可能在别的方面又属其他派别。1620年首批移民普利茅斯殖民地的新教徒绝大多数都是公理会成员。
公理会起源于16世纪的英国，该教会在教会组织体制上主张各个教会独立于国教之外，会众实行自治（即公理制），强调信仰民主、个人自由，认为国家应该对各种不同的信仰采取宽容的态度。1572年，清教徒向国会提出改组教会的要求，主张废除主教制。勃朗
于1582年开始宣传要建立独立于国教的自治教会，他不赞成设立统管教会的上级宗教团体的机构，主张应设立各教会之间自由参加的联谊性的教区制度，而全体信徒在对待教会事务上，要持有平等的权利，民主选举执事，聘任牧师。当时的英国女王伊丽莎白一世迫害国教以外的其他宗教派别，勃朗也被处死。于是，在1620年，一些为逃避宗教迫害的清教徒乘坐“五月花”号帆船抵达北美新英格兰地区，此后，又有一些清教徒陆续来到北美。所以，最早移民马萨诸塞殖民地的人以清教徒为主体。尽管这些人都是清教徒，但宗教派别却不是统一的；尽管他们都追求信仰自由，但1630年到达北美的清教徒在马萨诸塞所建立的政治统治形式还是神权至上，公理会也成为马萨诸塞的官方教会。
1620年，第一批以公理会为主的清教徒乘“五月花”号从荷兰的莱顿（Leyden）出发，经英格兰前往北美。他们被认为是最早的清教移民始祖，被称为天路客或朝圣者（Pilgrims）。至查理一世统治时期，仍继续推行镇压清教徒的政策，迫害政策没有丝毫缓解，反而不断升级。正是在这种背景之下，大批清教徒被迫离开英国。1629年，在因信仰清教而被褫夺公职的约翰·温斯罗普的率领下，一支由1500人组成的大规模移民团体在马萨诸塞湾登陆。但1629年的这次移民和其后持续十多年的“大迁徙”到底多大程度是出于宗教的原因，或者说宗教在这次“大迁徙”中究竟起到了何种程度的作用？对这一问题的探讨必将有助于我们了解马萨诸塞殖民地教派关系发展变化的原因、过程及影响。
1629年，英王向马萨诸塞湾公司颁发了开拓殖民地的特许状。1630年春天，约翰·温斯罗普
率领第一批大约1000多移民搭乘着“阿贝拉”号来到马萨诸塞湾，建立了马萨诸塞殖民地。温斯罗普预言：“我们将如山巅之城（A City Upon A Hill），为万众瞻仰。因此，我们如果在已经营着手的事业中欺蒙我主，使主收回目前赐予我们的庇佑，我们就将成为世人笑柄，天下丑闻。”美国学者丹尼尔认为：事后三百年，没有人能够比他更好地表达美国的命运感。在叙述清教徒的经验时，我们将看到这种命运感怎样产生，并了解是什么防止它成为盲目的信念或乌托邦。
可见，“山巅之城”是早期移民到马萨诸塞殖民地这一新大陆以后，面对茫茫无际的荒野莽林而希望建立的一个理想小天堂的完美表达。
作为英国在北美的王室殖民地之一的马萨诸塞殖民地属于新英格兰地区，那里是清教徒比较集中的地方。
《宗教百科全书》中写道，1630年清教徒向北美大陆移民，并在当地建立清教徒式教会，后从清教徒中分化出长老会、公理会、浸礼会、贵格会等派别。
由于马萨诸塞殖民地的清教徒移民在本国曾经受到了压迫与迫害，在他们到达北美这块净土之后，害怕在这也出现宗教压迫与迫害，这是很正常的。所以，当他们到达以后，就强烈的要求建立一个按照他们所构想的模式来进行经营与管理的社会，但又无法完全摆脱母国政教合一体制思想的影响。因此，他们要自己掌管政权，自己控制教会，结果重新回到欧洲政教合一体制就在所难免了。