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本研究将按照“概念界定——理论工具阐释——主体与主体间性分析——主体行为路径选择（多元协作机制）——主体纠纷解决机制优化”的逻辑理路展开研究。首先，对有关基本概念和内涵进行界定，确定本研究的基本论域，并探究行政边界区域环境法治现实问题的本质，如区域环境决策中多元利益主体缺位和行政权力的封闭行使等；基于对这些本质的认识，进而选择以开放、多元协作为内核的区域治理理论作为理论平台，并予以法律解读，力图构建区域环境法治的理论分析框架。然后，运用该理论架构展开对行政边界区域环境法治中多元主体及其主体间性的分析，进而探讨其多元协作的主要机制，以保障区域环境多元主体通过开放有序的行为规则，实现其发展权和环境权的区域均衡价值目标。为保障协作的持续开展和环境权益区域均衡的实现，需要建构灵活有效的行政边界区域环境纠纷诉讼和非诉讼解决机制，最后，对全书进行总结并对区域环境法治研究的未来发展做出展望。
比较借鉴有关区域环境法治的经验和教训，也对国内中西部和东部地方的区域环境法律与政策，比较学术界与实务部门提出的不同方案，力求综合各家所长并有所发现和创新。
运用法学、政治学、管理学、社会学、经济学以及人文地理学等学科的相关原理和分析工具，尤其是对这些学科已进行的大量实证研究予以借鉴和法律解读，综合性研究区域环境法治理论和现实问题。
“社会不是个人的简单相加，由特殊的结构联系起来的社会整体规定了个人的属性，决定着个体生存和发展的空间，思维的出发点不应当是抽象的个人，而是现实的处于社会联系中的个人。人是处在社会的整体联系中的，是多种规定性的有机统一。”
整体主义研究方法既见森林（整体或集体），也见树木（元素或个体），有利于将中央和地方以及地方之间、其他公私主体之间的权力和权利及其互动结构置于整体的相互联系中思考，避免将其单纯看作一个个的因素，而更多地考虑要素之间的关系，并基于此而将视角着重于区域环境法治的结果或区域环境公平正义与秩序的实现，便利摆脱形式（如僵化的行政区划）的束缚而从功能的角度，运用区域治理理论的分析工具，构建区域环境法治的理论和基本机制。