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本研究的“区域”基于法律上的“区域”涵义，宪法行政法意义上的“区域”主要是指为了实现国家政治统治、行政管理和公共服务而划定的地理和人文单元，通常是行政区划的结果，即“行政区域”：根据政治统治与行政管理的需要，遵循有关法律规定，综合考虑自然地理条件、经济联系、历史与文化、民族分布、人口密度等因素，将国家领土划分为若干层级的行政单元，并分别设置相应的政府机构，实施分级分区管理。《中华人民共和国宪法》第 30 条规定：“中华人民共和国的行政区域划分如下：（一）全国分为省、自治区、直辖市；（二）省、自治区分为自治州、县、自治县、市；（三）县、自治县分为乡、民族乡、镇。直辖市和较大的市分为区、县。自治州分为县、自治县、市。自治区、自治州、自治县都是民族自治地方。”第 31 条规定：“国家在必要时得设立特别行政区。”可见，我国的行政区域基本上划分为三级，即省（自治区、直辖市）、县（自治县、市）、乡（民族乡、镇）。但随着改革开放和经济的发展，行政区划经过数次调整，尤其是省级以下的行政区划调整较多，事实上，这就使中国现行行政区划和地方行政建制层次形成了三级和四级（即在三级体制中普遍增加市一级，形成市管县体制）并存的体制。
对政府主体而言，其行政权的运行必须限于一定的管辖区域之内。《宪法》第 99 条、《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第 7 条都规定地方各级人民代表大会“在本行政区域内”保证宪法、法律、行政法规的遵守和执行；依法通过和发布决议，审查和决定地方事务。《宪法》第 107 条，《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第 55 条、第 59 条则规定县级以上地方各级人民政府依法“管理”“本行政区域内”行政工作。显然这里的“区域”指行政区域。《中华人民共和国民族区域自治法》规定“民族区域自治是在国家统一领导下，各少数民族聚居的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权”。可见，民族区域自治制度主要针对少数民族的人文地理分布的“聚居”性而进行行政区划设置的。
其他部门法中的“区域”存在与行政区划不一致的情形，如 2008年的《中华人民共和国城乡规划法》中的区域特指规划区，“是指城市、镇和村庄的建成区以及因城乡建设和发展需要，必须实行规划控制的区域”（第 2 条）。这种与行政区划不一致的现象在环境与资源保护法的规定中更为常见，《环境保护法》（1989 年）明确涉及“区域”的规定有第 2 条、第 7 条、第 10 条、第 15 条、第 17 条、第 18 条，但是其中仅有两条是直接基于行政区划的规定，即第 7 条关于县级以上政府环境保护行政主管部门对“本辖区”的环境保护工作实施统一监督管理规定、第 15 条关于“跨行政区”的环境污染和环境破坏的防治工作的规定。第 17 条对“具有代表性的各种类型的自然生态系统区域，珍稀、濒危的野生动植物自然分布区域，重要的水源涵养区域，具有重大科学文化价值的地质构造、著名溶洞和化石分布区、冰川、火山、温泉等自然遗迹，以及人文遗迹”等的规定，第 18 条关于“风景名胜区、自然保护区和其他需要特别保护的区域”的规定，第 10 条关于“向已有地方污染物排放标准的区域排放污染物的，应当执行地方污染物排放标准”的规定，甚至就是第 15 条都不是直接基于行政区划而是基于自然地理分区或者说基于环境的区域整体性特征。尤其是第 2 条对“环境”的规定，“包括大气、水、海洋、土地、矿藏、森林、草原、野生生物、自然遗迹、人文遗迹、自然保护区、风景名胜区、城市和乡村等”，即使是其中的“城市和乡村”也不是直接基于行政区划，而是基于该区域环境的综合性特征和结构。我国环境法中规定特殊环境区域还有森林公园、地质公园、海洋保护区（包括海洋自然保护区和海洋特别保护区等）、基本农田保护区、禁猎区、禁渔区、饮用水源保护区等。此外，我国《大气污染防治法》关于大气功能分区的规定以及关于“酸雨控制区或者二氧化硫污染控制区”的规定、《噪声污染防治法》关于噪声功能分区的规定、《水法》《环境影响评价法》关于流域或区域规划及其环境影响评价的规定，主要也是基于对自然环境区域性的考虑。类似的基于自然环境区域性的规定在环境法中还非常丰富，但是这并不影响环境法治整体上服从国家的行政区划制度。相反，这些“区域”中所有制度的实施都是基于有关行政区划而设计的，因为行政区划是现代国家政府运行的基本结构，即使是跨行政区划的区域环境法律机制健全的国家，区域环境法律机制也是辅助性的，并且是以行政区环境法治为基础的，绝大多数环境问题还是在行政区划内解决。然而，行政区划制度在区域环境法律制度设计中的基础性并不能否定行政区划和区域环境整体性之间的内在张力，这种张力往往在行政边界区域汇聚并爆发，这也正是行政区划制度自身痼疾的必然结果，从这个意义上来说，区域环境法治正是行政区环境法治的修正和补充。
综上所述，法律意义上的“区域”与区域科学中所有“区域”概念一样都立基于自然地理区域，即以一定的自然地理范围为依托。但又不限于此，其中宪法行政法规定的是国家政治结构和国家公共权力的运行规范，其采用的是政治学意义上的区域概念。民族区域自治法等则采用社会学的区域概念，对语言、信仰、民族特征具有同质性且具有独特社会功能的人类社会聚落实行自治予以规范；而环境法的“区域”则比较复杂，自然地理的区域概念在环境法中无疑更显其基础性，但是环境法对“人文遗迹”“城市和乡村”甚至“风景名胜区”的规定更主要在于实现这些区域的社会功能，具有社会学“区域”内涵。而关于大气、水等环境要素以及自然保护区、流域、“两控区”“生活水源保护区”等的规定则主要是“自然生态系统”意义上的“区域”，是生态学意义上的“区域”概念的延伸，其目的在于保障和实现区域的生态功能。但是，在科层制体制下，根本改造当前的环境要素法而构造主要基于生态系统的区域功能性的环境法
，是难以想象的，除非能对科层制进行彻底的“生态化”改造。因此，总体上看，因为当前的环境法是在科层制架构中建构的，其中的“区域”主要是宪法行政法上规设的政治学意义的“区域”概念，即行政区域，但同时也包含了社会学、生态学甚至经济学的区域概念，因为区域环境具有生态系统的完整性、生态要素的关联性尤其是其功能的多元性，上述分区往往在空间上是重合的。因而，环境法中的“区域”是一个复杂多元内涵的概念，很难确定单一、明确的标准，需要根据所要讨论的具体问题而确定“区域”概念的内涵。“区域环境法治”中的区域具有明显的问题导向性质。
可以说，行政边界区域环境法治中的“区域”是在宪法行政法规定的行政区域框架中纳入区域生态系统功能的整体性考量而形成的，我国当前体制下，在单一县级行政辖区内，如“水源保护区”“工业园区”、风景名胜区乃至“城市和乡村”等“区域”的环境法治，生态功能区域与行政区域基本一致或处于该行政区域之内，其可能产生冲突的主体相对单一且完全在科层制法律规制内，也就几乎不存在本文将讨论的问题；但是，生态功能区域如流域等往往超越一个甚至多个县级、省级行政区域，甚至与大型经济区域或经济带相表里，则同一个自然地理区域中生态区功能、经济区功能以及行政区的政治功能会相冲突，尤其是在该自然地理区域内不同行政辖区之间，这种冲突会长期存在并随时可能尖锐化，引发环境群体性事件。而冲突最为常态化和最能引发环境纠纷的便是行政边界两侧一定范围的自然地理或生态区域。
因此，具体说来，“行政边界区域环境法治”中的“区域”不是现行环境法中的“需要特别保护的区域”，而是指存在行政区划分割的具有生态功能整体性的自然地理区域。在实践中，这种被行政区划所分割的环境区域可能是“长三角”“泛珠三角”、湘渝黔“锰三角”以及晋陕蒙宁边界“黑三角”等跨省级行政区的区域，也可能是“珠三角”、长株潭、武汉城市圈、辽宁中部城市群等处于省域范围之内的跨县、市的区域。近年来这两类跨行政区的区域环境保护合作实践都不少，并可以预见会以更快的速度增加。因为行政边界区域的各种冲突更为集中，尤其是省级行政边界区域的冲突更具代表性，所以，为了使论题更为集中，也为了论证的便利，本文的“区域”专指行政边界线两侧一定范围的自然地理区域，“行政边界区域”尤其是省级行政边界区域，对“长三角”“泛珠三角”等较宏观的经济区域内的环境保护合作的探讨，也化繁就简将视角集中在其省级行政边界区域。任何省级行政区边界区域同样是更小行政区如市县甚至乡镇行政区的边界区域，只是这些更小的行政区分属于不同省份而已，所以，省级行政边界区域环境法治对省级行政区内的县市级行政边界区域环境法治具有指导性意义。因此，对相关的县市级行政边界区域的环境保护协作也不同程度地纳入研究的视野。