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母题是各个异文间的重复性叙述，因此母题研究的基本方法“不是分解个别故事的整体所得，而是通过对比各种故事，从中发现重复部分所得”。
普洛普也特别强调了故事的研究方法：“故事研究应该严格按照推导的方式进行……即从材料到结果。但在叙述时却可以倒过来：因为假如读者事先了解一般原理的话，就较为容易跟随着叙述的展开过程。”
这种从客观材料到结果、从若干故事文本的比对进行重复元素推导，并对结果进行一般性原理阐述的方法，是本项研究所运用的核心方法和思路。美日动画电影母题研究首先必须以一定数量的文本为研究基础。回到研究起点，这又面临一个问题，即用哪些材料才可能进行这项研究；鉴于研究的可行性与研究规模的可操作性，必须限定一定数量的材料。普洛普进行故事形态学研究时专门列出《方法与材料》一章来回答这一问题：“如果重复性很高，就可以采用有限的材料；如果很弱，就不可如此。”
研究过程中肯定了“基本组成成分的重复性大大超过预期”，由此得出“限于少量材料在理论上是可行的”观点。
美日动画电影的故事基本组成成分是否也具有这种高度重复性？这个问题在研究过程中得到了肯定的答案。美国电影史上百余部经典动画电影，有相当大一部分的题材来自世界各地优秀民间童话和民间故事，也有一部分集合了天才创作者的原创智慧。从取材自民间故事的《白雪公主》《小飞象》《小鹿斑比》等一批早期迪士尼动画，到 20 世纪 90 年代《玩具总动员 1》《狮子王》《埃及王子》所造就的耳目一新和波澜壮阔，再到 21 世纪哥特式风格定格动画《僵尸新娘》、极具颠覆美学特质的《怪物史莱克》、持续温情路线的《海底总动员》，以及近几年掀起追捧热潮的《冰雪奇缘》《疯狂动物城》等，我们总可以在多变的形式奇观下窥探出趋同化的基本形态。不论角色特性、情节单元和情境设置都具有某种同质性。日本动画电影的格局相对复杂，主要由两部分构成：一类是将电视动画或录影带动画作品中的人物和人物关系按照影院片的长度进行重新编写并在影院进行公映的动画影片，例如，《海贼王》剧场版、《哆啦A梦》剧场版、《名侦探柯南》剧场版等都是以每年一部的频率上映，是日本动画的一种特殊传播方式；另一类则是严格与电影的创作规律相统一的动画电影创作，其题材来源有民间传说、经典小说、漫画连载或原创作品，这部分影片呈现出较强的“作者论”特点。尽管其结构相对美国动画电影更为复杂，但类型化特征依然明显，且每一位导演自身作品叙事元素和视听风格的重复性相当高。
基于上述基础，也限于研究规模的可操作性，本项研究选择在动画电影史上具有较大影响力的 100 部美国动画电影和 100 部日本动画电影作为研究对象
。通过对材料进行解构，概括具有重复性特点的叙事质素，关注传统母题对人类精神的继承和固守，关注民族意识对母题构成的影响。
在研究和行文过程中，将涉及叙事、母题、形象母题、情节母题、情境母题、类型等基础概念。其中，部分概念在文学理论、艺术理论占据重要地位，但也经常会呈现不同程度的误读和曲解。例如，作为重要研究范畴的“母题”首先就是一个需要辨析和界定的概念；通过对母题的辨析，美日动画电影的母题分析分为形象母题、情节母题、情境母题三大构成部分进行研究，那么对这三个概念的界定也成为研究的重要基础。形象、情节、情境是古往今来的文艺理论研究者津津乐道、乐此不疲的话题，同时需要立足于前辈的研究视点并建立符合本项研究的定义。“作为文化符号”的形象母题、以“仪式化行为”进行限定的情节母题以及“作为社会化场域”的情境母题等，都是需要深度辨析的概念。只有在此基础之上，才能做具体母题分析的实践操作，有关“美日动画电影母题研究”基本框架的建构才有立论之本。
母题研究同时要考察其本身的意义及在不同文化文本中的差异，与时代和媒介形态互动而形成的概观。关于母题的剖析不应该一味从美学史、人类史的海量资料中去寻求答案，那将是一项无比繁杂且难以操作的庞大工程，而是应该通过分析物化了的审美关系去寻找恢复历史本来面目的线索和踪迹。剖析母题所包含的真正信息，需要从不同文化形态的比较中进行研究，还应该从不同媒体和不同技术基础的比较中对问题做出更为全面具体的研究。
比较研究是进行母题研究最常采用的路径，在本项研究中也有多层面的运用。这种比较是建立在美学观与历史观相统一的基础之上的。在“从材料到结果的推导”中也谈到，母题的研究需要在一定量材料基础上进行横向和纵向的考察，通过比较推导出在文本中反复予以表现的行为、精神现象、普遍性规律，以及其不变元素和变化的趋势。
将美国和日本动画电影置于同一研究议题之下，正是意识到它们的各异与相通：通过比较，寻求跨越两个国家的艺术表现的共同规律；它们在各自文化语境下所寻求的独特母题叙事。通过对同一母题或主题的不同诠释和表现方式，可以透析出美国和日本两个国家审美意识上的差异；比较二者在叙事结构、人物功能深层结构上的相对稳定性以及二者结构单一性和复杂性的差异，反映出不同文化语境下的创作机制和民族集体意识的反应。比较研究法的应用可以通过对内容形式的研究贯穿到文化研究领域，建立形态研究、文化研究与叙事研究的深层关联。