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在研读马克思《博士论文》文本的过程中，本书始终是以一种阐释性的方法来进行解读，而非一种结论性导向的研究，由此本书拟采用如下研究方法进行探讨：
1.文本诠释法
本书是基于《马克思恩格斯全集》（第40卷）中的内容，对马克思的《博士论文》的主要内容进行了逐章逐节的分析和阐释，在考察了《博士论文》各个章节的内容之后通过整个历史时代背景和上下文语境的分析得出了青年时期的马克思关于自由如何“现实”获取的问题解答，并试图在整体性和历史性的逻辑框架之中对青年时期的马克思的《博士论文》在马克思整个思想过程中和整个西方哲学史中的地位进行了说明。
2.双重解读法
在阅读马克思的经典著作过程中，不仅是逐字逐句地理解原文意思更是努力将文本中所缺失的部分解读出来。本书在研究马克思的《博士论文》文本过程中始终坚持这一研究方法，不仅仅只是在文本上加以详尽的解释更是紧密结合马克思当时所处的时代背景和现实环境，因为只有这样才能真正理解马克思创作《博士论文》时的情境和心境，才能更好地理解马克思早期思想的形成过程。
3.历史与逻辑结合法
马克思《博士论文》中的理论思想形成与其所处的时代有着密不可分的联系。事实上，不论何种理论，其之所以能够成为一种科学理论，就是因为它们都有着现实感和历史感。对于马克思早期思想中的自由观来说更是如此。本文始终坚持理论研究与历史现实相结合的研究方法，只有这样才能实现真正的历史与逻辑统一、理论与实践统一、继承与创新统一，也只有不断联系当今实际才能使得马克思的自由观理论始终拥有强大的感召力和生命力。
本书主体部分共分为四章，从《博士论文》基调——“普罗米修斯情结”、《博士论文》研究方法——辩证法和“显微镜”式的分析方法、《博士论文》内容——德谟克利特自然哲学和伊壁鸠鲁自然哲学的比较以及《博士论文》意义——“现实”自由的获得这样四个切入点对马克思的早期著作《博士论文》进行了逐层分析阐释，以期对青年时期的马克思创作的《博士论文》进行一次完整而又深入的梳理。下面我将分别对全书各个章节的主要思想和内在逻辑进路加以简要的概述：
第一部分是绪论部分，分别阐述了关于马克思《博士论文》的国内和国际研究现状以及存在的相关问题和研究马克思《博士论文》的理论意义和现实意义。事实上，目前国内关于马克思《博士论文》的研究有这样几个主要观点。首先，是从当时青年时期的马克思如何理解自由观的角度对其加以阐释，此种观点认为青年时期的马克思认为以人为目的才是崇高的观点，正因为如此，弘扬人的主体地位与自由的伊壁鸠鲁博得了青年时期的马克思的精神共鸣，进而其观点得到马克思的充分赞同，马克思在其《博士论文》中充分研究伊壁鸠鲁自然哲学的意义也就在于此，即高扬人的“自我意识”；其次，是从自然哲学，即原子论的生发之立场对其《博士论文》展开解读，此种观点认为马克思的《博士论文》是一部关于自然哲学的著作，而马克思在其《博士论文》中所阐述的辩证自然观，尤其是对于原子内部复杂结构以及必然性和偶然性的相互关系论述更是超出了那个时代所具备的科学思想。在对马克思《博士论文》的研究成果中，从理解自由观的角度到阐释原子论的视角都是在对马克思的早期哲学思想进行的一系列的论述，围绕这些角度对马克思早期思想展开一个全方位的解读。
但是，国内学者对于马克思《博士论文》中所提到的普罗米修斯问题却重视不够，没有将其作为影响马克思早期思想形成的一个重要因素，这也可以说是目前国内对于马克思《博士论文》研究的一个理论不足之处。
国外对于马克思早期思想特别是其《博士论文》的研究者们始终认为，马克思在完成其《博士论文》的过程中治学态度严谨，问题导向明确，研究思路可行，可以说马克思的七本《关于伊壁鸠鲁哲学的笔记》就是明证，因此研究马克思的《博士论文》也是走进马克思的一个重要途径。首先是从希腊神话元素为切入点理解马克思《博士论文》文本，也就是阐述普罗米修斯神话的隐喻。在此种意义上，有学者认为，“被束缚的普罗米修斯即是工人阶级的根本隐喻，而最终解放了的普罗米修斯就是共产主义的最终实现”。事实上，持这种观点的学者曾指出，普罗米修斯反抗以宙斯为中心的诸神的斗争在马克思看来代表了历史的必然要求，由此可以说，普罗米修斯是顺应历史潮流的悲剧英雄。但马克思同时又进一步指出，希腊神话中的诸神命运同样是具有悲剧色彩的，例如那些受到普罗米修斯的诘责和反抗而受到重伤的诸神，事实上，所有这些悲剧的命运的产生都是由于陈旧的制度。从这里可以看出，马克思在高度赞扬普罗米修斯的英雄行为的同时又从另一个角度对以主神——宙斯为中心的奥林匹亚山上希腊诸神的历史悲剧性加以确认，在此，就完全展现了马克思日后思想成熟中的辩证统一这一历史唯物主义方法的萌芽。其次是从古代原子论哲学视角出发，由此可以解读“马克思是在尽力解释古代原子论哲学的过程中提出了自己的哲学预设”，即自由的诸种可能性。马克思可以说是在古代原子论的“原子偏斜”的理论处指证自由，他并没有沿袭当时流行的关于德谟克利特与伊壁鸠鲁自然哲学关系的论点而是客观冷静地分析了两者的差异。正如马克思自己曾经指出的那样，如果每个人都把古代人著作中他所不能理解的地方删掉，那么我们很快就会得到一张白板。由此，马克思没有顺从大部分人对于伊壁鸠鲁哲学的看法，而是在自己的博士论文中展开了关于德谟克利特与伊壁鸠鲁自然哲学的比较，在这种比较中，马克思采取了一种不同的哲学的概念化方法，这种本质性的方法就是他不再仅仅是关注相似性，而是去发现两种哲学的差别和例外。马克思研究伊壁鸠鲁派是看重了其中的可能性，即自由。最后是从哲学史角度去理解马克思的《博士论文》，通过这一视角，学者有了新的理论发现，比如，将亚里士多德的思想当作了进入马克思思想的一个“隐藏的内部结构”的入口来理解马克思的早期思想，由此看出青年时期的马克思是如何通过伊壁鸠鲁理解亚里士多德的哲学。事实上，青年时期的马克思认为亚里士多德之后的哲学与黑格尔之后的哲学有着相似之处，而研究亚里士多德之后的哲学对于处于历史相似性中的黑格尔之后的哲学，即“青年黑格尔派”有着重要的理论意义和现实价值，这也是青年时期的马克思重视亚里士多德哲学的一个重要原因。由此可以更进一步地说，马克思在考察伊壁鸠鲁哲学、德谟克利特哲学与亚里士多德哲学的关系过程中也是在反身考察自己与黑格尔哲学及其追随者——“青年黑格尔派”的关系。
第二部分是关于马克思《博士论文》的基调，即普罗米修斯情结。此部分通过为马克思早期思想中的救赎情结的发掘阐释了在其中隐藏的普罗米修斯精神要素。众所周知，埃斯库罗斯创造的悲剧英雄普罗米修斯是对人类充满感情并为人类造福的英雄，宙斯将普罗米修斯困在高加索山上使其失去了自由，可以说，高加索山上的困住普罗米修斯的岩石就是这个世界的“必然性”存在，它使得人类失去了自由的可能性从而深陷在“命运”的旋涡里。但是普罗米修斯并不会屈服这必然的命运，这也正是马克思对待“必然性”所持有的态度，马克思在被缚在高加索山上的普罗米修斯的不肯屈服的精神里看到了一种争取自由的激情和取得自由的可能性。可以说，这位对人类充满了恩德和挚爱的神是古希腊人崇尚勇敢，追求正义的完美体现，普罗米修斯身上所具有的仇视专政，敢于牺牲的精神也正是马克思所向往和崇拜的，也正因为此，马克思在其《博士论文》中称赞普罗米修斯为“殉道者”。可以说，正是马克思青年时期的这种情结才使得他许下了为人类谋取自由的宏愿。因为马克思是研究哲学的博士，所以在马克思的《博士论文》中他始终是在进行着哲学的一种陈述，由此可以看出，马克思是将普罗米修斯的那种反叛精神归结到了哲学要完成的任务中，对于求学时期的马克思来说，人的“自我意识”早已成为自己所拥有的神性象征并且成为可以改变世界的绝对力量，所以在写作《博士论文》之时，马克思更加强调人的“自我意识”。哲学在此种意义上就是要反叛众神以回到自我意识本身之中，这样一种对于普罗米修斯的情结也就构成了马克思《博士论文》的基调。
第三部分是关于马克思《博士论文》研究方法的理解，即辩证法和“显微镜”式的分析方法的阐述。对于辩证法，马克思在其《博士论文》之所以运用了这一方法正是因为其曾一度参加过“青年黑格尔派”运动，而“青年黑格尔派”非常注重黑格尔的辩证法并力图在其中得到无神论和革命的结论。由此，马克思在其《博士论文》中充分应用了黑格尔的辩证法对古希腊时期的原子论进行解读。他表示：伊壁鸠鲁的观点代表了人类知识水平的进步以及人类自我意识过程中更高级的阶段，这里就是运用了黑格尔的辩证法。马克思在《博士论文》序言中就指出了黑格尔由于他的哲学史的庞大使得他不能够深入研究个别细节。因此，在进一步对德谟克利特的原子论与伊壁鸠鲁的原子论进行比较之时，马克思则运用了他所谓的“显微镜”式的分析方法，也正因为如此他才能较为清晰地看出两者之间的细微差别从而得出伊壁鸠鲁哲学是创新之说的结论。事实上，在马克思看来，伊壁鸠鲁哲学中的“原子偏斜论”可以说是古代原子理论的一种最高表达，这也就进一步表明了德谟克利特的自然哲学与伊壁鸠鲁的自然哲学的原则性差别。
第四部分是关于马克思《博士论文》主要内容的解读，即古希腊自然哲学家德谟克利特和晚期希腊自然哲学家伊壁鸠鲁之间的差别。马克思在其《博士论文》序言中开篇就提出：“我认为在这篇论文里我已经解决了一个在希腊哲学史上至今未解决的问题。”马克思当时作为“青年黑格尔派”的最不拘一格的成员，其最明显的态度就是推翻经典，他在其《博士论文》中试图发展出一套新的、不同的解释并以此推翻长期以来建立起来的学术观点。以往的学术观点认为：亚里士多德之后的希腊哲学家都是微不足道的，而伊壁鸠鲁的原子论就仅仅是对德谟克利特原子论的抄袭。马克思想要证明的观点恰恰与此相反，他认为，伊壁鸠鲁的哲学具有深刻的创新性，其重要性远远超过了德谟克利特。在其《博士论文》中，马克思首先指出了那些认为伊壁鸠鲁的哲学观点仅仅是简单的剽窃德谟克利特的观点的说法是不足取的，然后又对伊壁鸠鲁的哲学进行了细致的分析，从原子的三种运动方式看到了“偏斜”运动的意义之所在，同时通过对原子排斥的论述引出了自由意识的思想，伊壁鸠鲁不仅仅重视原子的质也重视原子的个别性。马克思就此指出：正如点在线中被扬弃一样，每一个下坠的物体也在它描绘的直线中被扬弃。事实上，每一个处于下落过程中的物体也就是一个运动着的点而已，与此同时，这还是一个完全失去了独立性的点，也就是说，这是一个在一定的存在之中失去了自身独有的个体性的点。在此，对于直线运动的否定形式就是除此之外的另一种运动——偏离直线的运动。
第五部分是关于马克思《博士论文》的意义的深层解读，即“现实”自由的获得。马克思《博士论文》的完成使得他对古希腊哲学史进行了一次深入而又翔实的研究，对其今后的思想发展之路有着重大的理论意义和现实意义。马克思在其《博士论文》中的阐述只是借助于对晚期希腊时期几个哲学人物的思想评点展开的，其中就有对伊壁鸠鲁的理解以及对自然运动的解释，还有其对“偏斜”运动的理解，这里虽然是有着自由和突破决定论的思想意蕴但是此时的哲学观点还都仅仅是在《博士论文》的内部进行着，似乎与外界现实无关。事实上，马克思青年时期那些对现实的批判仅仅是在《博士论文》中进行的并且是在其理论研究中展开的，因此可以说还远没有达到真正的批判的深度。但是，马克思对自由的追求和渴望构成了其一生的事业追求，关于如何获得自由的思考也始终存在于马克思的思想理论之中，可以说，正是马克思对自由的追寻才使得他的哲学超越了以往的思辨哲学从而达到了一个新的高度。由此，马克思在其《博士论文》中探讨的自由问题也对其今后的思想发展有了极大的现实意义。
事实上，马克思的早期著作充满了可挖掘的丰富性和细腻性，只有通过详尽的分析才能揭示出那些隐藏在古希腊思想中的伦理根基对于马克思思想形成的影响。作为古希腊文学作品中的神话人物普罗米修斯一直是马克思所尊崇的偶像，这对马克思精神气质和志业追求的形成也产生了深远的影响，古希腊哲学家德谟克利特作为朴素唯物主义的代表人物对马克思后来形成的唯物主义立场也有着长足的影响，晚期希腊哲学家伊壁鸠鲁强调“个体自由”的思想对马克思的影响也是不容小觑的。正如乔纳森·斯珀伯所言：马克思不是我们同时代的人，也不是预知今时的先知，而是一个历史人物。尽管其所处的19世纪已经离我们远去了，但是这段历史仍然是十分有趣并值得研究的，只有注意到那个时代与现代的差别才能使得后者具有自己的特色，也只有从马克思所生活的时代背景去看待马克思才真正有助于确实看清楚我们当今社会的种种现实。
本书对马克思的《博士论文》进行了一次全面而完整的梳理，并试图以此寻得一种理解马克思早期思想形成的新视角和新思路。之所以说是一次全面而完整的梳理是因为以往对马克思《博士论文》的研究大多注重伊壁鸠鲁的“原子偏斜”论证而忽视了马克思《博士论文》中的另外三个论证，即“原子的质”“时间”和“天体现象”的研究。与此同时，也轻视了普罗米修斯对马克思《博士论文》思想形成的影响力。事实上，马克思的《博士论文》中有三个人物对其早期思想形成起到了重要作用，即，古希腊文学作品中的神话人物普罗米修斯，他一直是马克思所尊崇的精神偶像并对青年时期的马克思精神气质和志业追求的形成产生了深远的影响；古希腊自然哲学家德谟克利特，他作为朴素唯物主义的代表人物对马克思后来所形成的唯物主义立场也有着长足的影响；晚期希腊自然哲学家伊壁鸠鲁，他高扬“自我意识”和强调个体自由的思想对马克思最终思想形成的影响也是不容小觑的。
由此本书着重从普罗米修斯、德谟克利特和伊壁鸠鲁三个人物出发来理解马克思的《博士论文》，通过对马克思《博士论文》的研究基调即青年时期的马克思的“普罗米修斯情结”的阐释，对《博士论文》主要内容，即德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学之间差别的解读，进一步论述马克思《博士论文》的意义，也就是关于自由如何获得的问题，并试图以此寻得一种对马克思早期思想形成的新思路和新视角。