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为从理论与实践的层面深入探究公共资源管理问题，本书采用的主要研究方法包括四种。
通过Web of Science、JSTOR、Wiley、CNKI、谷歌学术、百度学术等网络平台查阅有关公共资源管理的文献资料，对国内外文献进行梳理，准确把握公共资源管理与配置理论研究的学科分布、新进展、新观点与新方法，从而掌握公共资源管理的理论发展路径。此外，通过政府网站、报纸杂志、会议报告等相关文献资料和统计资料收集、整理各地区公共资源管理的法律规章文本、政策文件、调研报告、领导人讲话、批示与著作等文献资料，对其内容进行研究和分类，梳理出我国公共资源管理的实践进展。
采取单案例研究与多案例研究相结合的方法。多案例研究主要通过观察不同地区公共资源管理的基本情况、改革措施以及政策效果，总结和提炼公共资源管理的一般性实践经验。单案例研究主要通过选择具有代表性的个案（厦门）作为研究对象，因为在中国投资协会创新投融资专业委员会、新华社《环球》杂志、中国人民大学生态金融研究中心和第三方绿色评级机构联合出品的《走向绿色生态大国——2020中国绿色城市指数TOP50报告》中，厦门以94.8的绿色指数在生态环境部重点监测的169个城市当中摘得桂冠。通过对厦门市公共资源管理案例进行深入剖析与思考，有助于总结与吸取公共资源管理与配置的有益经验。
深入公共资源管理实践的制度、文化、习俗情境，围绕公共资源分布的重点领域、管理方式、管理结果等内容，对相关管理部门进行调研，具体通过与职能部门负责人和工作人员开展座谈、深度访谈、问卷调查等方法，充分了解公共资源管理与配置的现状。此外，综合公共资源管理相关核心利益主体的迫切诉求，分析当前公共资源管理模式存在的主要问题。在此基础上融合理论与实践，探讨公共资源管理的有效策略，提出公共资源管理创新的核心要素。
本书的核心问题是“如何管理好公共资源”，研究目标是探讨如何创新公共资源治理模式并构建适应性的公共资源管理机制，这需要从整体上分析公共资源管理的理论与实践脉络、现实困境以及系统的治理机制完善路径。本研究遵循系统分析的逻辑思路和方法，从理论困境和实践问题两条路径揭示公共资源管理存在的不足，在总结实践经验的基础上，从制度规则、交易平台、产权市场、主体网络以及配套改革等不同角度，构建公共资源管理的治理模式和治理机制。