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明代闽粤东部沿海区域经济发展的根基一直是农业。不管工商经济如何发展，粮食种植业都是最重要的。深入解剖晚明闽粤东部的农业，可以了解白银时代闽粤商人发展的背景，也可知道白银流入给当地经济带来的变化。
人口压力迫使民众尽量地开发可耕地，唐宋时期，福建沿海流行围海造田。许多大工程震惊一时。福建东南沿海平原的形成，主要是那一时代围海造田的功劳。福建沿海有许多滩涂，但适于围海造田的滩涂并不是很多。其中决定因素是水源。例如，兴化府沿海的农户不断围垦海涂，“渐开渐广，有一埭、二埭、三埭之名，外复为堤，以障海浪……埭田低于洋田，亦复不等，或二三尺，或三四尺，为埭愈多，其地愈下”。这些埭田在开发之后，便与原有的洋田争水，由于其地势较低，容易得水，造成上游许多良田缺水灌溉，这样一得一失，对农业的发展已没有实际意义。
郑岳评说木兰陂：“是陂关一郡之水利，可无籍乎？然近闻陂多渗漉，诸沟填淤，受水颇浅。而东山石涵，荡无禁闭，民之为埭田者，私设涵窦，且什伯于旧，故雨止则水落，天旱则沟涸，而长者之泽日以耗矣。农家作苦，岁比不登，莆之患，宜无急于是者。”
因此，当地士绅商量后，决定禁止围垦埭田。这一事件说明明代福建沿海的老开发区——福州、兴化、泉州，因受到地理条件的限制，已不可能新增大量田地。翻阅福建方志的水利志，可以发现这一时期福建沿海的福州、泉州、兴化等老开发区没有什么大的围海造田工程，其原因在此。
南部漳州和潮州的情况不同。明代是漳潮二府大开发的时代。以漳州来说，明代初年，陈炯筑鹿石陂，使近海潮田一十万亩化为良田。又有曾氏“开三闸水利，灌三千顷田，惠洽三都，增万家产业，活万人躯命，功垂万世”。
漳州月港著名的姜公陂，由漳州知府姜谅于成化年间主持修造，“开山伐石，日运百船，填而筑之……横亘千三百尺，基广三十丈，上广五丈，高六丈。陂成，限川回流，溉田五万亩”。
在九龙江流域之外，明永乐间，平和县筑“湖潭陂”，“灌田千余亩”，诏安县在洪武时筑溪东陂，“溉田千余顷”。
这些工程标志着漳州南部的开发。总的来说，明代漳州增加了许多海田。
漳州的山区农民尽力开垦田地。“山非沙石，自麓至巅，尽耕治为陇亩。”
然而，山地能否开发为良田，受到地理环境的制约。当地的农田有五种，如龙岩县，“田之在野，其名有五，其等不一。一曰洋田，平畴沃衍，厥土多白壤，得水最先者其值上上；二曰泷田，岩人以评田下陷者曰泷，厥土惟涂泥，下流不壅者其直上次；三曰山田，高原峻垄，凿山通圳，厥土多赤，埴而忧旱，得活水者中中；四曰坑田，山径之间，因泉垦地而种，厥土多坟庐，而忧潦，过涝不决者中；五曰塘田，野水所钟，曰筑之以备旱。厥土涂泥，或青黎，旱涝之患兼焉，斯为下。若有源之塘则亚于泷。在坊多洋田，塘与泷居十三，在里则多山田、坑田云”。
以上将山区的田地分为五等，所谓洋田即是山谷中的河流冲积平原，这些冲积平原上面覆盖着河流带来的腐朽质，若能修好水利，便能成为上好的“洋田”；而灌溉不能保证的，在这里称为泷田。如果拥有较多的洋田与泷田，这个县的粮食生产便十分可观了。不过，总的来说，漳州山区诸县可耕地不是太多。
潮州平原的开发主要在明代。各个新县的建立，都伴随着农田开发的热潮。万历年间的《粤剑编》记载：“余初入粤，问其乡岁事，云高、雷之间岁三熟，惠、潮之间岁二熟。……及行部，从田间走，始知粤农之不讲于农也殊甚。初以牛耕，下种后，悉听之于天。农夫只问刈获已耳。如此，岁收安得不薄也。”不过，由于潮州田地多而人口适当，潮州多县成为粮食产区。“潮之粟多以食闽人。”
可见，当时潮州可以输出粮食。
水利。东南沿海主要粮食作物是水稻，种植水稻，一定要良好的水利。承唐宋以来数百年的开发，明代福建多数地方已形成了网络状的水利系统。据《八闽通志》水利志的记载，仅闽县即有 258 处水利，而浦城一县达 600 多处。但是，这些水利工程大多始创于唐宋，明代福建的老开发区，所谓水利工程，大多是修复、改善唐宋以来的水利枢纽。例如莆田的斗门陂在明代的洪武、永乐、弘治年间三次整修，
泉州的晋江下游也有不少类似的工程，晋江著名的海岸长桥，共有桥门 770 余个，在成化、弘治年间两次大修。
这些工程的修建，其规模都不亚于重建，但它只是保持过去的规模，从总体上说，并未改善福建的粮食生产。完全新建的水利工程主要在福建南部，例如，明初，陈炯筑鹿石陂，使近海潮田十万亩化为良田。又有曾氏“开三闸水利，灌三千顷田，惠洽三都，增万家产业，活万人躯命，功垂万世”。
这些工程标志着漳州南部的开发。
水稻是福建的主要粮食作物，明代福建种植的水稻有双季稻与单季稻。其中双季稻对中国的农业生产产生较大的影响，以下首先考证福建双季稻的种植范围。
福州府。《福州府志》记载：“厥土黑壤，厥田中下，宜稻，亩岁再获。”
《福清县志续略》叙述当地的水稻，“香粇，米粒长，色如碧玉，味甘而香……六月收。晚粇，六月早稻收完，即种，十月又收。比早稻每亩少收一石”。
相似的记载亦见于《长乐县志》：“长邑之田，一岁再熟。晚禾所得，实不如前。”
《闽大记》说得更为明确：“环闽皆山……夏种冬获，惟一收。平地之农为洋田，早晚二收，早稻春种夏获，黄石最佳。晚稻季夏种，仲冬获，利仅早稻之半。”
福州的晚稻产量较少，其原因在于福州的无霜期较短，稻子一定要在霜降前收割，因此，造成晚稻的日照时间较短，稻子灌浆不够充分，产量也就下降了。其次，明代福州能生产双季稻的仍是沿海的罗源、连江、长乐、福清与福州府倚郭的两县——闽县、侯官。但是，位于山区的闽清、古田、永福，看来都是以单季稻为主，例如与福州相邻的山区县古田“田岁一获”，
看来在古田县以北、以西的山区县，都是不能种双季稻的。这一规律，不仅适用于福州府，显然也适用于福宁州的靠山的地区。
兴化府。兴化府位于福州之南，但是，该地种稻的情况亦类似于福州。明代的弘治《兴化府志》记载：“稻，有粇，有糯，有一年一收者，有一年二收。一收者谓之大冬，其米颗粒大。莆人种之广，两收者春种夏熟，为早稻。秋种冬熟为晚稻，其米亚于大冬。莆人种之少。盖莆地瘠，凡种田用粪多，较之两收者为利与一收同。”
该府只有二县，莆田情况如上所述，另见《仙溪志》的记载：“稻，种类非一，有一岁二收者，春种夏熟，曰早谷。……既获再插，至十月熟，曰樜。有夏种秋熟者，曰晚稻。”“仙游依山之处，水冷，只宜种晚稻，不宜早稻。必于广洋中种之。濒海地方与莆一般。”
由此可见，兴化府虽然可以种双季稻，但因为气候的因素，种双季并不见得可以获高产，以故，农民多种单季晚稻。这一情况类似于福州。
泉州府。泉州一带的“早稻，有赤白二种，晋江春种夏收，南安等县稍迟。德化有早仔，师姑早。晚稻，有赤白二种，秋种冬收，七邑俱有”。
以上早稻与晚稻，一种是春种夏收，一种是夏种秋收，当然是构成复种的双季稻。泉州的山区县也可以种双季稻，例如安溪县，“洋田种二季”。
所谓“洋田”即是河流冲积平原上的田地，这类地在山区较少，在沿海较多，安溪地属山区，所以，当地双季稻种植不多。另一个原因是：山区种双季稻比单季不一定合算，如永春县志记载，“其最佳者岁二熟，春曰早谷，六月收，晚曰早藁，十月收。其米皆赤，本地种之少。按二熟之谷，较之一熟所获亦相当，但二熟之谷少怕亢旱，故种之广”。
漳州府。明人咏漳州：“田稻春秋种。”
《漳州府志》记载：“早稻春种夏收，晚稻则早稻既获，再插至十月收者。”
由于漳州位于福建最南部，已接近北回归线，所以，漳州府的山区也可以种双季稻，漳州的南靖县“其地气候多燠，田一岁两熟”。
又如漳平县，“早稻熟于六月，晚稻熟于九月”。
又如《龙岩县志》记载：“其米咸有白赤，其获咸有早晚，岁咸再登。”
可见，漳州府附近的山区普遍种双季稻。至于漳州的沿海，由于气候条件极好，形成了稻－稻－麦的三熟制，如龙溪县：“麦有大麦、小麦，海方多莳大麦，早者仲春即熟。大抵冬稻不登，春多艰食，故预种早麦以济之；谓岁获三稔者，冬治田种早麦，仲春又种早稻，秋又种冬稻，粪多力勤，亦可无饥。其颇足之家，多种小麦。”
一岁三收的难点在于肥料、人工的投入三倍于普通田地，所以，不是富裕人家，是无法种三季稻的。但若能种三季，其亩产也是普通田地所无法比的。古代中国一年可种三季稻麦的地方唯有福建与广东，广东地域辽阔，农田数量比福建多几倍，一般不需要种三季粮食，所以，以上有关一年种稻麦三季的记载，是中国最早的。
福建的南部地区已接近北回归线，无霜期长，如漳州每年的无霜期长达 322天，
几乎没有冬天。所以当地不仅种双季稻，而且还发展了稻－稻－麦三季复种，其产量很高。林俊的《江公陂记》说：当地的江公陂筑成后，“可田十万亩，亩收谷一钟而余”。
“一钟”相当于六斛四斗，也就是 6.4 石。福建省种三季的还有泉州沿海，如惠安县“邑之种植有岁获三稔者，冬治田种早麦，仲春获，又种早稻，秋后又种冬稻，粪多力勤，亦自倍收”。
总的来说，东南沿海双季稻种植发达，保证了东南区域基本的粮食供应。可惜福建东南一带水田有限。以海澄县来说，“澄田尽斥卤地，不产谷”。
类似的地方不少，这些地方的稻米生产无法大发展。
麦是明代福建沿海又一项主要粮食作物，如福州，“其高田间种麦”。
《永春县志》记载：“麦之属，种有大小，大麦唯饭，小麦面饭。北方多小麦，南方多大麦。按，北麦粒小而坚，面□，南麦粒大而松，面少；北人仕南，都不食南面，云饱胀难消，盖有毒也。麦怕露雾，永春山多雾露，邑人种之少。”“按，永春少旱田，又地弗宜黍、稷，谷止此四者（指稻、麦、麻、豆），然麻、豆、麦又十百之一二耳。”
据此，福建一些地区因气候的关系主要种大麦，而且种植量不多。
此外，“泉南滨海，土地瘠卤，所树艺惟麦牟、麦、黍、菽、瓜、果之属，绝少粳稻”。
这是因为福建沿海多旱地，不适宜种稻，以之种麦，收成更好。《惠安县志》说：“麦有二种，有大麦、小麦，邑人多莳大麦，绝早者，仲春即熟。芒粒稀松，收入不甚多。大抵冬稻若不登，及春多艰食，故预种早麦以济之。以所入不多，故种之亦少。其常种者为松蕾麦，又以节间五叶，谓之五叶麦，长穗颗稠密，有赤白二种，白者名秫麦，麦根入地最深，善耐风寒，宜亢爽地。”
从以上记载来看，当地既有生长期较短的早麦，可在仲春时收获，也有生长期较长的松蕾麦，可获较高的产量。可见，麦作在经济中占相当的比例。此外，在闽南地区，稻麦可以构成复种，农民收获一季水稻后，还有充裕的时间种一季麦，如前述漳州地区出现了稻—稻—麦的三熟制；既然有稻麦三熟制，稻麦二熟制的存在自然是无疑的。由于闽南气候暖和，无霜期短，不论稻麦都可以充分灌浆，所以，稻麦二熟制肯定带来高产。
福建农民广种麦子的一个重要原因是麦子的收成多在春夏之际。李世熊说：“方夏，旧谷已没，新谷未升，二麦先熟，为接绝续乏之谷。”
一旦麦子歉收，对粮食生产的影响也很大，莆田“丙戌（年），大无禾麦，灾沴频仍，川谷腾涌，万姓嗷嗷”。
同安县在明末“荒旱频仍，去秋迄今，七月不雨，二麦失种，民益惶惶”。
可见，麦子在明代福建部分地区的粮食生产中，扮演了重要角色。
明代福建的杂粮有高粱、黄豆、荞麦等品种。高粱又称蜀秫，或秫秫，在福建各部府志中都有记载。黄豆的种植也很广泛。至于玉米的种植，学术界有争论，万国鼎先生认为明代中叶中国即有玉米，称作御麦、玉麦等；但曹树基认为这是对古文字的错误解释，实际上，查福建方志，明代福建并无玉米。按，明代福建方志记载高粱十分详细，从叶、茎到穗，都有很细致的描写。玉米的茎秆与高粱相似，如果明代福建有玉米，一定会有同样的描述，但在明代福建方志中找不到类似记载，所以，明代福建是否有玉米，尚待新的发现。
关于稻、麦、杂粮在福建粮食中的地位，张岳说：“吾邑论五谷重稻，论岁丰歉亦唯视稻，往岁稻弗登矣，民食且急。已而麦大熟，黍、稷、梁、豆之属皆熟。一岁之蓄沛乎，亦有余计也。特其本在稻耳。”
总之，福建粮食种植业以稻米为主，其他都是辅助性粮食作物。不过，由于季节上的原因和地域性的原因，福建许多地方都种一些杂粮，以作为主食的辅助。尤其是在沿海干旱区域，种植麦子与高粱等旱作物较多。如同安县：“地多高原，而雨旸不时，若则农伤。”
以上记载表明，晚明的福建沿海的经济还是以种粮业为其基础，沿海各地的水稻种植有双季稻和单季的大冬早，也有小麦及其他旱地作物的种植。因为地狭人稠，闽人对空间的利用达到时代的顶点，他们围海造田，种植国内独一无二的双季稻，在引水不到的旱地种植麦子等旱作物，可是，他们依然无法保证自己的生活，只好转向其他行业。