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高等学校是我国科技创新治理体系中的重要治理主体，在我国建设世界主要科学中心和创新高地过程中发挥着不可替代的作用。我国颁布的《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020）》指出，要“充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用，鼓励高校在知识创新、技术创新、国防科技创新和区域创新中作出贡献”。
科技创新加速区域经济社会发展。在区域创新治理中，高等学校、科研院所、高新企业、地方政府等都是必要的参与主体，通过它们之间的分工协作，各种新知识、新技术和新信息将在整个区域内得到高效传播与应用。卢为民（2014）指出，“高等学校集聚区域范围内的软硬件设施、政策制度和资源条件是区域创新环境”，“城市的创新能力提升，依赖于高等学校与城市的相互作用”。
也就是说，创新型城市建设实际上离不开高等学校在技术创新与人才培养方面的有力驱动。
由于科研组织和人才集聚优势显著，高等学校在国家科技创新治理体系中的主导性地位正在不断提高。国际上，许多城市已将高等学校置于科技创新治理体系的主导核心位置。例如，著名的“硅谷”模式、“剑桥现象”等，都充分证明了高等学校的能量。“城市孕育了大学，大学滋养了城市”，高等学校要充分发挥知识密集和智力优势，主动服务于城市和区域经济社会发展，要在服务中谋得自身发展，在科技创新的贡献中增强自身的治理主体功能。
高等学校的创新活动是以科技创新为中心，以知识创新、技术创新、人才创新和文化创新为延展的。首先，知识创新是科技创新的根本基础。厚实的知识创新基础可以提升一个国家的科技创新水平，而高等学校就是知识创新的重要策源地。其次，高等学校的技术创新是国家自主创新能力的重要基础。高等学校的技术创新与国家自主创新能力的关系，主要通过企业的创新来体现。王瑞文、张嘉、盛刚（2011）指出：“我国企业科研能力普遍薄弱，需要寻求外部的技术来源，而高等学校的技术创新就成为了支持企业创新基础能力建设的重要来源。”
再次，高等学校聚集了大量的创新人才，可以为高新企业技术创新提供重要的人力资源。人力资源是创新型国家建设重要的资源之一，提升国家自主创新能力需要具有创新精神的人力资本，而高等学校对经济社会发展的最根本贡献就是培养各种创新人才。
最后，高等学校的文化创新是国家科技创新文化环境的重要构成。高等学校不仅向全社会传播高层次文化知识，而且能够有效汇聚人文科学、社会科学和自然科学等领域的专家名人，从而促进创新思想的交融与碰撞。