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无论是高等教育发展还是高等教育学科发展，都需要高等教育理论有新的突破和创新。因此，高等教育理论创新，不仅有重大的现实意义，也具有十分重要的学科意义。高等教育理论创新有两种趋势：一是通过高等教育学科知识的不断分化，建立高等教育分支学科体系，从而实现高等教育理论创新；二是引入不同学科的理论和方法解决高等教育问题，并从中实现高等教育的理论创新。
高等教育作为一门独立的学科已经建立起了比较完整的学科体系，在理论研究方面已经取得了令人瞩目的研究成果，但其理论创新跟不上迅速发展的高等教育实践，这里所说的高等教育理论创新，是指在解决高等教育新问题的过程中不断抽象出新的系统化了的理性认识。由于高等教育与社会经济、政治、文化之间的关系出现了新的变化，原有的高等教育理论已不能适应新时代高等教育改革实践中产生的新问题。所以，要求高等教育在解决新问题的过程中提升理论品质，抽象出新的系统化的理性认识，即高等教育理论的不断创新，以有效地指导高等教育的改革实践。这也是世界范围内高等教育理论研究遇到的一个共同问题。
高等教育改革难以取得具有说服力的突破性进展，众多问题长期得不到解决，一个重要原因就是缺乏有效的高等教育理论指导，一些改革措施因为在设计中缺乏理论支持，在改革实践中往往会遇到一些难以克服的障碍，半途而废的情况时有发生，错误的改革做法也有出现。高等教育改革确实需要理论支持，缺乏理论指导的高等教育改革是十分盲目的。造成目前高等教育理论与实践脱节的一个重要原因是，高等教育研究在完善自身学科体系的同时，没有将学科体系涉及的内容同解决高等教育改革的现实问题很好结合起来，真正将理论与实践结合起来的理论创新研究成果还不多，高等教育研究还停留在较低层面，一般意义上的议论多，真正有指导作用的理论创新少。
与许多学科一样，高等教育理论的发展主要有两种趋势：一是高等教育学科的不断分化。这是学科新知识积累到一定阶段后的必然要求。新知识的积累过程，必然是在解决高等教育问题过程中理论创新的过程。这种新知识积累到能够围绕着高等教育中某个特定现象进行理论创新，且其成果构成体系时，就形成了一门新的分支学科。二是学科的不断综合。这是在解决高等教育改革与发展遇到的现实问题中，需要使用不同学科的理论和方法，由此导致学科的交叉综合，为新知识的形成奠定了基础。这种新知识的形成，同样是在解决高等教育现象问题过程中进行理论创新的过程，不过在解决问题的方式上是不同的。这里是采用多学科的理论与方法，其知识的形成往往带有综合性。若新知识积累到构成理论体系时，一般表现为综合学科。这样两种趋势使得高等教育理论得到不断突破和发展。
高等教育理论创新研究以此为逻辑基础，通过高等教育学科知识的不断分化及引入不同学科的理论与方法解决高等教育问题，并从中实现高等教育理论创新。为此，创新研究主要集中在两个方面：
一是研究并建立高等教育的分支学科体系。高等教育越来越成为一个复杂的大系统，高等教育学科理论不进行新的分化，就难以深入研究探讨现实的复杂的改革问题。随着高等教育改革与发展遇到的问题越来越多、越来越复杂，需要更多、更加专门的知识指导高等教育改革，现实已经提出了学科分化发展的需要。
二是吸纳其他学科的知识，借鉴其他学科的理论和方法研究高等教育问题。高等教育理论就是在借鉴和引进其他已有的学科知识、理论和方法用于研究高等教育问题的过程中形成和发展起来的。在社会主义新时代，只有及时吸收不同学科研究的最新成果，用于解决高等教育问题、充实高等教育理论，才能实现高等教育学科的突破，这是高等教育理论创新的重要源泉。