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任何一个认识活动，都包括了链段法、作用法和坐标法，它们构成了一个整体，统称为整体格物法。格物认识的对象，可能不是一个事物，而是多个相互联系的事物（这多个相互联系的事物可能是系统，也可能是序链条事物系统，也可能是它们相互胶合的事物系统）；可能不是一个事物的一个方面，而是一个事物的多个相互联系的方面（这同一事物的多个方面，在时间上和空间上可能存在区别）。这时，我们简单地用链段格物法、作用格物法、坐标格物法将难以有效掌控。在这些方法的基础上，有效把握认识对象的多事物及其联系、多方面及其联系，这就要采用整体格物法。
整体格物法重在于整体战略把握。整体格物法的整体战略把握，包括分析形势、分析当前的现状和环境、分析它们的走向。一个系统具有多个内部组分和子系统，它们之间的层次结构关系构成了整体序，整体序内有不同的子序，如果不需要按序，不需要选择，不需要导向这些序，没有一个系统整体战略下的大序来规范和指导这些子序，则系统是难以把握的。时间是不可逆转的，在任何一个固定的时间点上，系统的空间维度所展开的方面、要素是比较确定的。虽然有预见的系统整体战略之序，但总会在未来出现落在预见之外的一些不确定性因素，主要体现为信息的不确定性。我们对于未来信息的把握确定性的不同程度可分无知、可预见、可观察、可确证等，因此，不管如何努力，对于未来我们总有一定的局限性，把握未来事物存在概率问题。随着时间的推移，系统内部的确定的东西变得不确定，不确定的东西变得确定，系统整体战略之大序，要在小序的变化和改变中调整，要在环境变化中作适应性调整。
整体格物的重点在于大序驾驭。大序驾驭，要从全局的角度，以宏观的视野，从整体上驾驭大序。大序驾驭，一方面要确实认识和把握大序，要有宏观思维，要有囊括横看成岭侧成峰、远近高低各不同的庐山思维，要有囊括药农见药、猎人见猎、樵夫见木的森林思维，从宏观上把庐山看得更全，把森林看得更全，把握大序更全更准确。另一方面，要把宏观和微观有机结合起来，要把森林同森林中的药物、猎物、樵木、矿物等微观的局部联系起来，把握组成要素之间与森林整体的不可分割的关系；要把庐山同不同角度看到的庐山形态、状态的局部联系起来，把握不同部分、不同角度与整体的不可分割的关系和联系。系统宏观思维，加上系统宏观与微观的有机结合，才能确实认识和把握大序，为大序驾驭提供良好的平台基础。大序驾驭，是驾驭系统整体通过阶段目标之序向整体目标之序生成，从而达成整体战略目的。在大序驾驭中，要处理好阶段目标与最终目标、核心目标与多目标的关系，掌握重点优先驾驭，兼顾全面普遍驾驭，立其大不可夺其小。大序驾驭是一个复杂过程，涉及主体的能力，包括认识能力、决策能力、控制能力等；也涉及系统组织机制，包括他组织与自组织等。大序驾驭根据主体与系统的关系可以区分三种模式：主体不直接是系统组分，主体对系统的驾驭模式为他组织控制；主体是系统的组分，但主体对其他组分具有系统效用下的支配地位，则对系统的驾驭模式为管理协同；主体是系统组分，主体与其他主体具有同等的系统效用地位，则对系统的驾驭模式为博弈模式。
人不可能全部把握对象系统的一切，同时，人也不能在同一时空需要对象系统的一切功用。主体把握系统对象的功用是模糊的，并不是穷尽一切的精确。满足需要条件下对对象系统做认识的取舍，就在于对对象系统在满足主体需求参照下做认识取舍。在这个过程，一方面要做满足需要下的系统“适可而止”，比如，对于一张桌子来说，它就是生活中的，我们生活需要它，不需要惹动我们的思维进行深入的科学研究。我们共用一张桌子吃饭，我们不会说，我们共坐在一堆碳氢结合物边吃饭，我们的饭菜都放在一堆原子、分之之上，放在一群粒子之上……我们共同坐的桌子，我们如果用人文的深入来认识它，我们也无法吃饭。我们将看到桌子在翠绿树木的状态，想起饭菜在田地的美丽，浮现荤菜的猪、鸭、鹅欢快跑动的情景……我们不能把生活中这些生活的实在的事情都追究到无穷无尽的深处，普通生活着的个体没有必要浪费那个精力（即使有那个精力和能力），我们需要的是系统“适可而止”的效用，满足生活的效用，让普通的人们有更多的时间来生活，提高生活的效率，提高生活的质量。另一方面，要有整体战略方法，把有利于研究方向或者效用方向的事物，通过坐标法和整体战略法进行效用性衡量，从而使一般意义的认识，再经过淘汰、筛选、重构、强化等过程后，进入具有意义的认识范畴。
有意义的认识，要以“实践检验”为基本原则。在系统科学研究的实践中，主要有两大类方法，一是还原论方法，二是整体论方法。系统涌生认识的实践效用方法，就是整体论和还原论辩证统一的实践认识方法。钱学森说：“系统论是整体论和还原论的辩证统一。”
系统涌生原理认为，它们之间的关系是相互统一的、互为支撑的，因为，涌生物使整体论和还原论得到了辩证统一。“近现代科学经历数百年的发展带来的方法论启示是：不要还原论不行，只要还原论也不行；不要整体论不行，只要整体论也不行。正确的做法是把还原论和整体论结合起来，采用系统方法论。”
只片面地、极端地讲究任何一方面的方法论，都不可能最具有效用意义，也就不可能是普遍适用的，也不能够满足普遍意义的研究。因此，在这方面，钱学森说：“从科学的整体来说，彻底的还原是不可能的，物质结构的层次是无穷无尽的，总还有下一个层次。我们实际都在妥协，还原到适可而止。”
系统方法论的还原研究，并不是要单纯找出系统对象的建筑组分的离开整体时的还原释放性；而是重在于，找出系统对象的建筑组分加以分析，目的是进行综合组分以描述整体。
系统整体与还原相统一，还体现在矛盾（对立统一）的研究中。辩证法的核心是对立统一律，根据研究需要，系统可把矛盾的适可而止分析划分为两个部分：对立部分和统一部分，对立是统一下“内容”的对立，统一是对立内容间“作用”的统一，“对立”和“统一”是同步的。这种系统辩证的适可而止研究，称为系统矛盾适可而止两部分分析法（简称矛盾适可而止两部法）。它是探索矛盾中“对立”部分和“统一”部分各自相对独立的规律特性和相互作用统一的规律特性；其侧重于对复杂的系统事物进行辩证法规律的宏观研究，侧重于解决系统事物的宏观抽象统一形式和系统具体内容的变化发展关系；在宏观上，矛盾统一形式是抽象的，统一形式是对一个矛盾集合系统的统一，统一的是多个的、复杂的、具有不同层次的矛盾对立内容。矛盾适可而止两部法，是系统辩证法与一般辩证法相互融合的产物，是一般辩证法在系统的特殊和具体化。它侧重于解决系统事物的统一形式和系统的具体内容之间的变化发展关系；探索矛盾中“对立”部分和“统一”部分各自相对独立的规律特性和“互为你我”的规律特性。矛盾适可而止两部法是系统辩证律和系统网络多维辩证律在一般辩证法基础上系统形成的辩证法统一；离开任何一者都是不完整的，也将是孤立的、不具备有效系统特性的。矛盾两部分析法对于系统的整体性研究、对于系统内部的复杂性研究，都具有哲学的辩证法应用的指导意义。