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格物系统，都是认识格物产生的结果。当涌生事物没有进入到我们的研究有效范畴，则不必纠结其背后的原因，只需寻找现实的能够有效解决和说明问题的原因，即可进行机械论和还原论处理；当涌生事物出现有效涌现时，应当抛弃寻求表面原因的传统方法，把涌生事物当成涌生事物进行系统涌生论处理。坚持有所为有所不为的取舍进行格物。“认识主体、认识相互作用关系、认识对象”构成的认识活动系统，其中事物格物系统被认识产生的方法可分为三种：一是对于认识对象而言，并非其所有的一切都被认识，其只有“存在及演化发展”的一部分被认识，这一部分仅仅是认识对象系统存在和发展链条上的一个部分，称为链段。侧重于认识对象研究的涌生事物认识方法，称为链段法。二是对于认识主体和认识对象的相互作用关系，并非认识主体所有的涌生事物与认识对象所有的涌生事物都发生有效的相互作用，即不能形成绝对的、理想的“全”认识相互作用。侧重于研究认识主体与认识对象之间有效相互作用的涌生事物认识方法，称为作用法。三是认识主体并不是用一块白板去同认识对象发生作用，让认识对象直接反映在白板上（所谓白板也具有细胞本能信息模式）。人脑系统是一个复杂的涌生事物群体载体，它首先总是用预先的、本能的或存储的涌生事物信息模式去和认识对象涌生事物进行比较识别，其结果有效则形成认识，无效则可以将对象涌生事物信息模式存在于脑系统中（作为参加其他认识比较识别的库存）；显然，有效的认识，是由预先的脑系统信息模式去衡量对象系统涌生事物的活动，它犹如用一个坐标去衡量对象系统事物，侧重该方法的研究，称为坐标法。
苗东升认为：“系统认识论承认人的认识活动发生于显意识和潜意识两个层次，完整的认识系统是由这两个层次组成的，潜意识为显意识层次的认识提供了深厚的基础，没有潜意识就没有灵感、顿悟、直感之类非逻辑思维。……对潜意识层次认识活动的特点、机制、规律，以及如何促使潜意识转化为显意识，我现在几乎没有什么了解，系统认识论在这里还是一片空白，有待填补。”
认识活动的核心和归宿是在人脑，即使是对思维的认识也离不开思维。记忆是脑系统对外界新事物的认识存储。脑系统的潜意识如同一张白纸，外界事物的涌生物信息，通过通道和媒介传入到脑系统，在脑系统的潜意识白纸上“反映”画上了具有该事物信息模式的涌生事物信息——形成显意识，使脑系统的潜意识获得向显意识的过渡。人们在认识事物的时候，当认识主体和认识对象发生有效系统作用的时候，主体意识和认识对象亚物质能够发生“有效作用”——识别认识对象亚物质信息模式，并使具有认识对象亚物质信息模式在人脑系统中“反映”显现出来。这一显现，相对于认识对象在人脑系统中的“无”显现来说，是实现了向“有”的过渡；相对于脑系统中原有的潜在的亚物质意识信息模式来说，是一种创造性激发，即是通常称为的记忆。人脑中主控意识对于脑系统内的其他潜在的亚物质信息模式进行整合，并产生新的涌生信息模式的意识亚物质（思想或画面）的相对独立显现，称为创新认识的潜意识向显意识的过渡，比如创新认识、灵感、顿悟、惊讶，等等。将“认识主体、认识相互作用关系、认识对象”看作一个整体系统，区分不同侧重可获得三种认识事物格物系统产生的格物方法，即链段格物法、作用格物法、坐标格物法。在实践中需要整体把握格物，即整体效用格物法。