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系统研究的困境（1）：系统科学如何在“非任意系统的共性研究”的基础上研究任意系统的共性？
困境的原因在于“任意系统是除了‘没有任何共性’，还是没有任何共性的系统”
。 L.A.扎德认为：“真实物质世界中的物体并没有精确定义的分类准则。”研究任意系统可以从非任意系统（特殊系统）开始。非任意系统的非任意性来自两个方面：一是来自“本来存在”于“真实的物理世界或精神世界”；二是来自观察者或思维者。所谓严格的任意系统是很难找到的，因为一旦我们想到一个，它就变成非任意的了。“实际上，没有人能证明他可以任意地选择事物。因此，如果我们无法排除有意识的任意选择对结构的影响，就会发现观察者的方式会导致不想要的结构溜进其他系统中。”
关于系统的规定。霍尔和费根认为：“系统就是物体的集合，包括这些物体及其属性之间的关系。”
这些物体（其本身也是系统）从何而来？系统本身与观察者之间具有复杂关系：①观察者看到的系统是不是“系统本身”？②客观存在的“系统本身”是否受观察者的影响，是否受周边环境物体的影响？
第一，任何观察到的系统都不是其系统本身。任何观察者同被观察对象形成观察相互作用关系，则必然对观察对象（系统本身）形成扰动，使得系统本身变化为具有“新增的这一关系”的特定系统（非任意系统）。
第二，系统本身是从物体海洋中脱离的，由于某些物体强相互作用、强连接、自稳态、自组织、自生边界而形成的一种具有涌现特性的特殊整体。系统本身的存在受“边界”“强相互作用、强连接”“交换链”等来自环境物体的影响，对特定研究系统而言，如果观察者同系统本身的关系构成了“这些影响的内容”，则观察者对系统本身具有很大影响；反之，则观察者对系统本身的影响可以忽略（影响绝对存在，但可以忽略）。
我们如何来定义任意系统呢？把系统本身从周边环境事物和观察者围绕状态下抽离出来，称为“秩”。它是纯粹的、理想的系统，是系统本身。现实中，系统本身是一定有环境的。在系统本身（秩）的边界外，逐一地添加物体，物体A、物体B、物体C等，它们分别对应A格物系统秩、B格物系统秩、C格物系统秩等，假定物体A是观察者，那么其将形成观察者格物系统秩。反过来看：系统本身（秩）是边界外一切环境物体的格物系统秩的总和。非任意秩的客观存在是指它依据若干主要的格物系统秩而存在。
对研究秩进行作用的秩称为格物秩。人格物秩是指人对任意秩进行研究，比如人观察盐酸溶液，人观察人体；物格物秩是指物体对研究秩进行作用，比如钠作用于盐酸溶液、钠作用于人体肌肤。
格物是由格物秩和对象秩相互作用形成的亚物质。格物作为名词是指一种亚物质；作为一个动宾词组是指认识、区别、分格、形成、生成特定秩规定性的过程。动宾格物必须以名词格物的涌现形成为标识。
分格与整合的相互作用亚物质可称为格物。世界是由本能物质及其分形格物组成的。现实世界是由机能物质及其分形整形格物组成的。
秩中具有内部组分格物，它既是格物流，又是共物流。
任意系统将自身系统从事物中相对分格出来，同周边环境事物形成自格物，即边界外一切环境事物作为格物秩对系统本身的格物总和。
观察者（或某事物）作为格物秩对对象系统的格物相互作用，称为他格物，尤其人作为观察者时，可称为人格物，即通常意义的、认识的格物。
格物秩（通常为观察者）对“两个或多个对象系统秩的相互作用及其格物”的格物作用，或者对“包括格物秩（贯彻者）参与在内的两个或多个对象系统秩的相互作用及其格物”的格物，称为共格物。
系统研究的困境（2）：系统论和还原论的斗争关系如何解决？
系统论是在反对还原论的基础上建立起来的，但是系统论和还原论的争论并没有得到解决。“当氢和氧的化合物产生时，几乎无疑都能生成水。生成的水以后也不会变化。的确在水中产生了氢和氧都看不见的特性。但这并不是在生成物中产生了新的媒介变数。水是唯一必然的形成物，因此，还原论的说法也讲得通。既然氢和氧几乎完全百分之一百地必然生成水，那么也可以说水的性质就包含在氢和氧之中。”
按照本能系统辩证唯物观点，水中氢和氧产生了新的亚物质，而不是没有产生“新的媒介变数”。亚物质整形意义在弱涌现条件下是可以忽略的，即可以进行还原处理，而在强涌现条件下是不可以忽略的，应当进行系统研究和处理。