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还原论追求在分解和分析中获知研究对象的自格物系统，而系统论则追求在整体把握中获知对象事物的共格物系统；因此，自格物系统和共格物系统是格物系统研究的两个重要方向。在研究中，格物的核心是阐述研究对象的规定性，共格物系统重点描述事物共同的规定性，自格物系统重点描述单独事物自身的规定性，然而，自格物规定性是来源于其内部共同的规定性，因此，自格物本质上是一种具有整体规定性的共格物。有些共格物具有稳定的整体规定性，比如氯化钾；有些共格物不具有稳定的规定性，比如北京西客站第一候车室的人群。
自格物是机能物质遵循分形整形作用的自生系统。从这个角度来看，自格物系统是自生系统。
关于有机体的生成问题，进化论试图描述世界中各种有机体形态差异的多样性问题。华莱士和达尔文认为，以个体差异为前提，个体之间不断产生的微妙差异积累扩大成物种之间的差异；如今的综合说法认为是以遗传基因的突然变异和显现部位的变异为前提。个体出现理论中的“自组织”表明，有机体生成的东西就是“自我”，而不是一件形成的自我产生的另外一个“自我”。个体在从“胚胎”开始生长为“个体”的过程中遵循什么样的机制？
“（1）生成过程结构所形成的东西，在最初启程时，是以微妙的形态存在的，或者具备了指挥生成过程本身的程序。也就是说，基本结构已经先成。（2）未分化的相同的质量，在生成过程本身中，逐渐形成有秩序的形态。这是发生学中最笼统的理论分类，通常前者称作先成论，后者称作渐成论。”
先成论主张基本结构先成，即预先成体的秩序以及之后东西的秩序犹如重重套匣，像同心圆一样层层编织在一起，又像剥笋皮一样，新的个体不断显现出来，比如单性繁殖的无翅蟑螂中能看到在母体中的胚胎阶段就已经携带了下一代胚胎。关于有机体秩序形态中各个器官的由来，哈拉采用推论方法认为，生成过程没有断点可以推移到先成器官的可见状态。“由于个体出现之初，有机体的各个器官之所以看不见是因为透明，随着不断成长增加了不透明性而成为可视。成长的动物所具备的无非就是胚胎。外观上看两者之所以完全不相似，是因为它依赖于局部成长的速度差异、向其他部分的侵入、位置的变化、透明的物体变成不透明以及液质和粘液统一等因素。”
先成论在解决“蜥蜴尾巴断掉再生的问题”时，认为其头部也残留着尾巴的胚种，即器官秩序形态的胚种留在完全形成后的成体中（但是会不会出现头部不断长出小尾巴的情况呢？这有必要研究显现的契机和抑制显现的结构问题）。先成论的基本结构在现代而言，是指遗传基因指挥整个生成过程，主张所有系统的生成编码是相同的，比如套匣说主张个体的形态，哈拉主张局部空间性位置价值，保奈主张胚种。现代遗传学是以信息为编码的，如同昆虫的蜕变一样，即使在产生急剧的形态变化时，也遵循同一编码的生成。
渐成论认为，胚胎系统在生成的各个阶段形成对应的系统的程序，并且在这一程序的形成中，事先同一编码应该不参与其中。“对于渐成论的生成过程，到底应该怎样描述呢？如果仅仅是言及生成过程的各个特定时间点，就无法知道这个事情的意义。从具有芽状隆起的某个胚中，产生了鸟的翅膀、人的手臂、马腿，在特定的时间呈现特定的形状，无法给出此外的任何意义。如果想就渐成论的生成过程进行描述的话，至少要论述在两个时间点上的关系。要把两个时间点关联起来，就一个时间点的生成阶段进行叙述。这和丹托的‘叙事语句’的定义是相同的。只有引入叙事才能谈论生成过程。”
生成过程并不是瞬间性的“现在”的连接，通过叙事可以把时间的流动作为一个整体的事态去体验，并由于“观察者的存在”而指出该叙事中自组织时的组织方向。
系统最初从零的状态开始，按规定的顺序补足器官，这个过程逐渐增加了复杂性。异质性即差异性的增大，将会导致将物质统合到秩序之中并按规定生成的复杂化。物质进行统合，植物吸收营养，动物咀嚼进食，强大的部落统一弱小的部落等，它们是一种集中的复杂增大；鱼类分化为爬行类，种族分裂，党派分裂等，它们是一种分化的复杂增大；健康身体所产生的疾病，是异物的增加；死后不久组织的部分质变，是个体整体不协调的增大，等等。斯宾塞对于进化中的集中与分化的形式以外，引进了“由混乱向有序”发展的“限定性进化”方法。它作为复杂性增大的二次法则的作用在于：“一是幼儿的哭泣声不会改变整体的运动量，而是变为音声的运动分配变化，在器官分化产生新机能不稳定化和结晶化中，使分子排列系列化的分凝作用；二是见于生理调节机能中的平衡作用。”
渐成论通过事先映射设定好的系统产生的序列，描绘出系统生成过程，高等有机体从简单的细胞开始，当进入分化和完整化时，就会在短时间内通过祖先走过的庞大的变化序列。冯贝尔认为：“各类动物共通的东西出现在个体生长的最初期，之后的生成过程是从特定种类固有的东西，不停地向个体固有的东西分化。最初人的胚胎只含有极少和脊椎动物相同的特征，尚不确定将会长成什么种类的脊椎动物。不久，随着个体生长的发展，逐渐向灵长类、人类、黄色人种固定，最后个体特征分节。……曾经是秩序的个体的形态产生于未分化的等质物质以及现实性个体限制各种可能性而产生。”
冯贝尔的观点表明，从什么都不是的系统的初期状态起，可能性就受到限制，构思了从未分化的初期状态缓慢分节化的进展，同时包含了生成各阶段的剧烈相变。
“在自组织的生成过程中，当出现伴随着阶层飞跃的生成时，生成物必须获得新的变数，根据变数采取的值，生成物一定会变成可变性物体。”
从固定的初始条件向固定的产物转化是一种生成。“现在用‘自组织’描述的是，生成过程一边持续，一边在这一过程中稳定下来的形态和关系所生出的结构，即在生成产物中由于生成过程也一直在持续，一定的形态和关系得以维持的结构。这时系统只有通过不断运动才能维持系统本身。”
李曙华认为，系统生成机制可分三个过程：
一是自选择过程：即具有进化优势的突变体作为偶然涨落而出现，并通过自复制实现自我选择。这种自复制机制相当于“正反馈”放大作用。通过自复制，信息选择质料，功能相似的突变体越生越多，它们逐渐聚集起来，使进化信息得以积累。
二是自组织过程：经选择生成的突变体通过自组织进行功能整合。选择出来众多突变体经相互竞争、相互协同，功能慢慢耦合起来，并在此过程中逐渐建立起负反馈机制，最终生成总体稳定的封闭环。这样，突变体通过自组织成为一个整体，从而作为更大循环功能整合的单元进入更高层次的进化过程。
三是自稳定过程：在高度关联的组织中，经过不同层次因果的反馈循环、自我选择和组织，自催化与交叉催化嵌套起来，突变组织成的多重循环逐步地强化自我稳定。在新的稳定序中，系统的整体功能不断完善，信息不断积累，并层层转换传送，最终使系统整体得以稳定生长，实现向高度有序的宏观组织进化。
自格物系统是以自分形为发展动力的，是以整形为聚合动力的。其中，分形格物动力是最根本的，整形格物聚合动力是表征系统最核心的。
自分形显示在系统自组织最大化方向上。“如果从侧面向烧杯内的溶液中施加声波的话会出现突然结晶的现象。溶液内的分子由于声波采取一定的排列时，结晶突然开始析出。一旦开始形成结晶，析出持续，结晶就会增大。这种情况声波只不过是提供足以使最初的分子整齐排列的契机。假如产生了偶然的分子排列，那么结晶的析出就会偶然进行。持续的结晶化是动态非平衡系统最简单易懂的事例，并且给传统有机体论提供了范式。也就是试图以自动增大的结晶为范式，认识有机体自我形成的方法。结晶是自组织进行的生成过程的视觉性明喻。”
客观机能物质的自格物系统的形成，主要是指物质系统分形整形的自生系统的界壳明显形成并以此区别其他事物的过程。对于单核单组分系统而言，自生系统具有单核或单组分自分形和整形的“势”，组分及其势达到一定的稳态产生自稳态的界壳，即单质组分具有某种稳定的“秩”。界壳是指该秩的边。对多组分构成的物自体而言，“自己构成自己”与“自己生成自己”的现象标志是物自体系统界壳的形成，其本质是物自体系统的质秩形成。秩与质的区别与联系，质通常是指事物区别于其他事物的内在规定性，秩通常是指质的存在及其秩序运动势能的规律系统。
纯粹亚物质的自格物系统比如上帝，它是以思维为载体的具有自分形动力和整形聚合力的精神产物。这种思维亚物质自分形动力同客观机能物质的自分形动力是一致的。概念自分形是推理的直接动力，它为推理和判断提供了内在动力；推理也包括了对概念自分形的整形，即整形为概念自分形提供了运动的外在动力，判断则是对概念运动及其推理过程的“界壳性”再次规定。逻辑是这一个整个过程合乎真理的规律性工具。概念以精神载体的自分形整形动力运动，同黑格尔的精神运动是不同的。自格物系统的边界主要是指具有某种紧密联系程度及其质的规定性的界壳。
“结构上的微小变化通常会导致行为上的微小变化。”
系统内部结构发生微小变化后，通常由于受维生性支配在一定范围内将对应地进行“自调节”；这种内部结构微小变化可以直接来自内部组分的自分形，也可能来自环境事物影响，前者带来的系统自调节行为可称为“自稳态”，后者带来的系统“自调节和他调节”行为可称为“自适应”。“虽然调节性并不意味着系统保持不变，但它确实意味着变化是‘频繁的’‘小或不重要的’‘可逆或循环的’，而且变化发生在系统的‘可变部分’或‘功能’中。”
自稳态调节很好的系统，其自适应能力强，自适应调节可以减弱；自稳态调节弱的系统，其自适应能力弱，自适应调节可以增强。比如汽车系统内部自稳态调节很好，外部自适应调节（例如维修、换件等）就可以减少；相反，如果汽车系统内部自稳态调节弱，外部自适应调节就可能增加，例如机油消耗量巨大，就可能需要换活塞环甚至买一个新引擎。
“结构主义生物学之所以独特，就在于它作为经验科学以严密科学为目标这一点上，即试图把多元论和严密科学这两种难以兼顾的东西兼顾起来。……结构主义生物学所主张的‘结构’，脱离了一般的结构，而具有了独自的特征。（1）‘结构’被证明为物质的关系（实证性命题）。（2）‘结构’包含了分节恣意性和对应恣意性（恣意性命题）。（3）‘结构’本身是没有根据的，无法由原子、分子的关系演绎（无根据命题）。（4）‘结构’是封闭系统（封闭性命题）。（5）存在多种尚未作为现象显现出来的‘结构’（可能性多元结构命题）。”
同时，河本英夫认为：第一，结构在处于动态平衡状态下的有机体中，封闭性命题并不成立；第二，认为“结构”是唯一必然带来现象的根据这种说法是定义，它无法成为定义之外的东西；第三，“结构”被规定为物质的关系，把“结构”限定为物质的关系，结构主义生物学无法在定义上理解脑的结构；第四，现实上的“结构”出现方式是疑似垄断的，即使在可能性层面上承认结构的多元性，但它也不可能原封不动地与现实的结构多元性相联通，即把可能性偷换成了现实性；第五，结构的阶层关系中，上位结构的规则必定是对下位结构可能性的限制。
结构主义生物学难以处理“结构是无根据的”问题。“在从‘结构’下位的原子、分子关系到达‘结构’的阶段中，可以承认创新性。因此，不能把‘结构’还原成原子、分子。但是，一旦‘结构’毫无根据地成立，则在形成此后的上位结构中，就无法承认创新性。为此，结构主义生物学既无法一般性地讲述阶层关系，也不需要那样去做。”
结构主义生物学无法解决“原子、分子关系到达上位结构的创新性”和“结构成立之后继续形成的上位结构的创新性”的共同原理。他们认为结构是无根据的，需要构建一个先天性的，此后的现象则依赖“结构”及其派生形态。“因此，如果虚构一个最初的‘结构’，那么和其他的神学创造学说一样，讨论就能够自由地进行。”
如果把“结构”纳入系统的亚物质的范畴，那么就能够很好地解决结构主义生物学中“原子、分子关系到达上位结构的创新性”和“结构成立之后继续形成的上位结构的创新性”的一致性问题。系统是否可以还原，取决于构成系统的亚物质的涌现性，结构涌现性强则难以还原到下位组分和下位结构，结构涌现性弱则可还原到下位组分和下位结构。
共格物系统的客观基础是共存共生系统。共存系统是由多个自存系统构成的自然物质系统。共生系统是由多个自生系统和自存系统构成和生成的物质系统。共存系统侧重指非有机物质系统，共生系统侧重指有机物质系统，两者没有严格的界限。对共物系统而言，“多物构成一统新物”与“多物生成一统新物”的现象标志是具有共物涌现机能的形成，其本质标志是共物系统的多质秩（新的系统共同质）的形成。共生系统，有的具有明显的界壳，有的不存在明显的界壳。不管有没有明显界壳，共生系统内的组分物之间至少存在一条主要交换流或交换链。
“对于‘人造’系统而言，我们可以谈论其‘目的’；而对于‘自然’系统，则绝对不能如此。”
大众汽车公司作为人造系统，其存在是为了生存汽车，而不是生产废铜烂铁，尽管两者它都产出；前者是人造系统的目的，而后者不是人造系统的目的。草原老鼠作为自然有机生物系统之一，其存在是为了吃草，是为了排便育草，是为了给老鹰、狐狸和蛇等食肉动物提供食物，等等，这些好像都是其存在的目的，又好像都不是其存在的目的（它只为自己而存在）。温伯格提出的系统目的观点是以人为参照的。广义地看，“自然”系统的演化方向是自分形最大化方向，它按照系统内整形亚物质支配规律运动，并没有确切的目的。
共格物系统研究主要解决组合定律和分解定律的矛盾：（1）组合定律：整体大于部分之和；（2）分解定律：部分大于整体的局部。简单地说，整体由于“其整形自约物及其功能”的有效形成使得整体具有部分所不具备的功能，通常有“整体大于部分之和”；当然根据功能的具体指向不同，也可能出现“整体小于部分之和”。部分作为从整体中相对独立出来——摆脱了整形亚物质的有效束缚，该部分具有属于“自己的边界及其交换链”，而其身处系统整体中时该部分作为系统的局部只有属于“整体的内部环境边界”，两者比较：可以出现“部分大于整体的局部”的现象，也可能出现“部分小于整体的局部”的现象。
若弗鲁瓦·圣伊莱尔认为：（1）有机体的各个部分在相互的空间配置中表现为一定的形态，这种形态本身是不变的，被称作“相互位置不变定律”；（2）即使有机体的特定部分出现欠缺，由相邻的部分填补，相邻器官群的机能性也维持不变，被称作“相互填补原理”；（3）即使拥有统一器官系统的动物，品种不同，整体形态也不同，特定器官肥大，相邻器官就会缩小而产生形态差异，被称为“平衡原理”。组织根据所属器官的不同，有着各种形态，各构成要素都不是单纯的手段而是目的，各要素相互协调使得全体成为可能的同时，依据全体的理念，规定每个位置和功能。物质的自然，由于相反的两个作用力（引力和斥力）的根源性不均衡而处于不断的流动状态或者生成过程之中，当生成过程的产物关联到生成自身的生成过程的时候，自然就会出现生成过程的新形态，即循环生成过程。
有机构成的各个部分依关系连接，具有一定自律性，并且从属于有机构成的维持，即有机构成具有自律性和从属性。系统中，同时具备自律性和从属性的要素单位称为“子整体”
。若弗鲁瓦·圣伊莱尔的“相互位置不变定律”“相互填补原理”“平衡原理”描述了平衡系统规范运动的细节，它也是对“子整体”的规范。这一切定律的本质来源是自约亚物质的整形作用力。整形力对于要素单位（子整体）而言具有控制约束和协同放大作用，这种作用在子整体的效果：一是子整体表现出自律性的现象，二是子整体具有从属于整体的特性。
居维叶 [1] 根据以功能为中心统合各个部分提出“功能—构成论”，在功能中设定了神经功能、运动功能、营养功能等主要功能，各种器官同功能系统相连接，功能系统之间具有“阶层”关系，下级功能从属于上级功能，即“功能从属原理”。如果把系统中的功能作为能够驾驭各个部分的东西被抽离出来，它成为先于系统作用存在的本性了，这与唯物辩证逻辑不符。
创建近代临床医学的皮内尔和比沙 [2] 注意到形态不同的组织却呈现出相同的症状，认为组织是一种能够自如形态化却没有形态的东西，组织之所以会出现差异，是由于被编入了有机构成。器官和有机构成的关系固有化要素和它们之间的关系，而组织和有机构成的关系是则是由于有机构成的成立才有组的固定化这样一种关系，即组织是“没有形态的形态”（没有关系的关系、没有实体的实体）。器官拥有独立的形态，有着分担作用的功能，但它在组织中通过有机构成才拥有作为某一部分的位置的价值；即在组织中“有机构成”具有先于要素的本性，这与唯物辩证逻辑不符。
康德
认为有机体的必要条件：（1）部分（关于现实性存在和形式）只有与整体相关联时才是可能的；（2）所有的部分在互为因果的情况下结合，形成统一的整体。单凭这些，精密机器也符合，比如汽车的引擎只有和汽车整体相关联时才有现实意义，汽车各个部分相互作用的同时形成统一的汽车整体。河本英夫认为，在这里，康德所导入的是各个部分的产出关系——所有的部分也是（相互地）产出其他部分的器官，汽车零部件无法产出其他零部件，汽车整体也无法利用外界物质产出别的汽车。
精密机器系统是若涌现的系统，组分事物自分形难以在以人为格物参照系中显现，即汽车零部件难以自分形显现，汽车整体更是难以自分形显现——但这并不影响其自分形的物质本性。
谢林在“世界灵”中的观点认为，当生成过程变成某种循环，回归到自我生成过程的时候，于是就会形成一个循环的封闭领域，这是连续性产出过程形成一个阶层时候的结构。维若拉认为：“当生成过程产物回归到与生成过程同样的水平时，在那里出现一个封闭领域，阶层诞生。”
有机体论导入了多阶层性，诸如高分子、细胞内器官、细胞、组织、器官、个体、个体群等稳定阶层。阶层有机体是指一种不能拆卸的事物整体，也是格物阶层。阶层的诞生是指以物自体自格物的边界形成为标志的。阶层是格物边界的一种内容，不是格物边界的全部内容。阶层是系统自组织和自生运动的高级阶段系统界壳的重要研究内容。
自我维持的有机体即自格物呈现出一种物自体的内稳态，它是一种能使有机体整体的状态保持恒定的机构。克劳德·贝尔纳提出了“内环境”概念；卢曼把它解释为等同于经济系统中的“市场”
。有机体不仅拥有外部环境，还具备维持器官系统状态恒定的内部环境，比如恒温有机体动物体内都保持一定的体温。
[1] W.Coleman， Ceorges Cuvier Zoologist ，Harvard U.P.，1964.
[2] J.E.Lesch，Science and France， The Emergence of Experimental Physiology ，1970-1855，Harward U.P.，1984.