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形而上学是研究“是之为是”的科学。它包括“是何以为是”和“是为是”两部分，前者包含了人类的主观意识成分，表达了人类追求“是为是”的意愿；后者仅仅表示对“是为是”的描述，并不以主观意志为转移。理论上讲，任何描述“是为是”都避免不了包含主观意识——因为这一过程本身就是人思维意识的活动产物，思维不能以思维之外的方式进行，即“描述”本身不能以思维、思想和意识以外的方式进行。如果过分强调了回答“何以”的主观意识，又常常脱离“是为是”本身。这就是理论和实际、认识和存在之间的困难。
我们所接触和认知的一切事物都是“是”的现象物，“一切现象的是”的共相是什么呢？
假定：一切自然事物（包括意识）现象之“是”的最高共相是“物质”。分形整形是一切“是”之相互作用的共相关系：（1）在纵向上，“前是”分形为“后是”，分形为主，整形为辅相互作用；（2）在横向上，“甲是”和“乙是”整形为“丙是”，整形为主，分形为辅相互作用。
“是为是”其中的两个“是”都是指“现实的是”，它的现实共相是指具有格物组分的共物系统。“是为是”的研究包括：“此是”为“此是”，“此是”为“彼是”。“此是”为“此是”包括：一方面“此是”自为为“此是”，另一方面“此是”被认为“此是”。“此是”为“彼是”包括：一方面“此是”自为为“彼是”，另一方面“此是”被（误）认为“彼是”。
“是何以为是？”的研究包括：“此是”何以为“此是”，“此是”何以为“彼是”。“此是”何以为“此是”，一方面“此是”何以自为为“此是”，另一方面“此是”何以被认为“此是”。“此是”何以为“彼是”，一方面“此是”何以自为为“彼是”，另一方面“此是”何以被认为“彼是”。
（1）“‘此是’自为为‘此是’”“‘此是’自为为‘彼是’”的动力是什么？
此问题亦即是要回答“世界运动的动力是什么”。世界运动是自为的，其动力是自分形力；分形一旦开始，分形前后之间的相互作用力称为整形力。由于自分形具有不均匀性，因此，世界自分形前态与自分形后态比较：一方面两者具有质的某些规定性的延续，即“此是”继续自为为“此是”；另一方面两者具有分形不均匀性前后的差异，差异扩大到一定程度，即完成自分形前的“此是”向“彼是”的自为过渡飞跃。
（2）“‘此是’被（人）认为为‘此是’”“‘此是’被（人）认为为‘彼是’”的依据是什么？
现实世界之“是”是一个被认知为“是”的系统，有“此是”，有“彼是”，有“甲是”，有“乙是”，有“丙是”，等等。现实世界之“是”是指现实世界物质系统，抽象之“是”是指抽象“物质”。抽象之“是”如何过渡为现实之“是”，即抽象“物质”如果过渡为现实“物质”系统？现实之“是”系统中的“此是”“彼是”是如何自我区分的，它们是如何被人类认识区分的，即现实“物质”系统中“此物”“彼物”是如何自我区分的、是如何被人类认识区分的，依据是什么？
“此是”自为区别于“彼是”的依据是自生系统界壳。自生系统界壳使得界壳内事物构成和生成了整体的“此是”，以区别于界壳外世界的“彼是”。
“此是”被人类认为区别于“彼是”的依据是人类的识格物参照。人类认识形态中以（感官感觉的、经验的、逻辑的）识格物参照这一尺子去丈量对象事物，使之形成“此是之‘概念’”并与“此是”对应，以区别于人类以其他识格物参照获得的与“彼是‘概念’”相对应的“彼是”。当“此是”和“彼是”共同生成为“丙是”时，“丙是”识格物参照对于“此是”和“彼是”识格物参照而言，是全新的识格物参照。人类开展物质研究的识格物参照的客观基础是对象物质事物的“自生系统界壳”，因为，只有当识格物参照（概念）同对应格物对象事物的“自生系统界壳”一致时，该概念才具有“真”的认识意义和价值，并展现出识格物参照认识作为工具的强大生命力。
人类是一种有限系统。当人类利用自己的有限去认识无限的机能物质世界时，为了克服有限与无限的对立问题，通常会选择将特定效用的认识对象从无限世界中“隔离”出来，以自己特有的认识工具和方式，形成“有限”同“有限”对应关系的认识。
我们使用工具去认识、了解和研究我们所面对的世界，并把世界内部的具体事物区别开来的过程称为“格物”。“一切的工具”抽象为“黑箱”。黑箱干扰、入侵作用于世界，黑箱被填充明了，使得世界分格为箱内世界和箱外世界，箱内世界由于具有某种区别于箱外世界而“表现出的质”的规定性——该箱内世界称为具有该质的规定性的物质，即被物之物。我们所说人、房屋、蚂蚁、树木、花草等人类所认识的一切具体物质都是被格之物，而这些认识形成的概念也可以成为人用来认识的识格物参照（即格物之物），这些概念表示的通用标识是语言文字。
格物作为一个名词是指机能物质世界内具体物质相互区别、相互分格的一种中介亚物质存在。格物是中介性的亚物质，它包括时间亚物质、空间亚物质、信息亚物质、能量亚物质等。格物标识是一种依托机能物质表现的标识，包括语音、图像、语言、文字、实物等荷载及其标识的信息模式。格物的本质是客观性的亚物质。格物可区分为自格物和识格物。其中自格物具有客观性信息模式意义指向，而识格物具有主观性信息模式意义指向。自格物包括间格物、信格物、能格物，其中间格物包括时间格物和空间格物。自格物，以时间为轴链具有“原因和结果”“必然和偶然”“可能和现实”等内容，以空间为轴链具有“形式和内容”“现象和本质”等内容。识格物的研究包括：机能物质的内涵、外延、表象和表现、属性、种性、个性、机能和功能等。格物之质是指来自机能物质的格物亚物质的规定性，格物之量是指格物之质的量关系表达。
人脑意识中的“格物概念”，不仅最终对应被反映的客观存在的“机能物自体”，而且直接对应反映该机能物质客观存在的“格物亚物质”。比如人脑意识中“牛”格物概念，不仅直接对应反映客观存在“牛”的格物亚物质，而且最终对应反映客观存在“牛物自体”。格物概念只能直接反映客观存在的格物亚物质，并通过格物亚物质的认识——最终反映和认知客观存在的机能物质物自体。
在人们的常规认识中，认为人脑意识的格物概念直接反映格物物自体，这是多么粗糙、多么粗心的认识啊！
格物作为一个动宾词组连接着格物主体和格物对象，严格地说，格物之物是指由认识者或认识主体携带的格物参照，被格之物则是被认识的对象物。被格之物是一个自我系统，可以是单组分系统（单一的相同的组分构成的系统）比如单晶硅，也可以是多组分系统，比如空气、人体等。
格物揭示格物主体与格物对象之间的一对一关系称为单格物，揭示格物主体与格物对象之间的多对多关系称为多格物。单格物对应物自体。单物体通常是以作为更大系统的组分出现的，其本质上也是具有内部细分组分的系统。比如人在社会系统作为单物体（个体），是作为人类社会系统的组分出现的，其本身作为一个系统具有内部五脏六腑等组分。单格物信息模式侧重于在整体上被格物主体把握。依据格物主体和格物对象的不同对应关系，单格物研究可区分：（1）单一格物主体对单一格物对象的单格物；（2）多个格物主体对同一格物对象的单格物。
多格物对应多个事物组成的共物系统，即“物共体”。多格物强调依托共物链关系对诸多被格之物进行把握。多格物链构建具有人的主观参与性，即多格物链可以被人为地构建，比如上帝和人之间的关系链、梦境与事实之间的关系链、风牛马之间的关系链，等等。它们有些是正确的关系链，有些是错误的关系链。但是，构建多格物链是人类创新信息模式的基本途径——人思维中新构建的合理的多格物链信息模式，它可以通过理论指导实践的方式达成创新，即形成实践指导对应的新的共物系统（物共体）。被格之物A和被格之物B之间具有某种相互作用关系链，称为AB共物链系统，即AB物共体。被格之物之间一定存在相互作用、相互关系、相互交换链条，其中相互作用和相互关系是绝对的，相互交换链主要是指物质、能量、信息等的交换流通。如果两个被格之物之间的相互作用和相互关系可以忽略，两者之间的交换链条和交换内容可以忽略，则称该两被格之物的关系为“失共”关系；反之，称为“存共”关系；从绝对上讲，任何两个被格之物之间的关系都是真实的存共关系。两个或多个被格之物具有存共关系，则它们构成基于此关系的物共体系统。多格物的研究依据格物主体和格物对象的不同对应关系可区分：（1）同一格物主体对不同格物对象（物共体）形成的多格物；（2）多格物主体对多格物对象（物共体）形成的多格物。
单格物对于一般物质来说，其对应的是物自体；对于人来说，其对应的是个体，即自我。多格物对于一般物质系统来说，其对应的是物共体；对于人来说，其对应的是群体，即是指家、企、国等为代表的社会组织，亦即“共我”。单格物与多格物的关系，对应着物自体与物共体的关系。物自体在物共体中的位置阶层、结构关系、功能作用等决定了其对于物共体的系统意义，而物共体对物自体的自分形约束控制、干扰影响、帮助服务、机制保障等整形情况决定了其对物自体的支配意义。
格物之物A和被格物之物B之间具有或构建某种相互作用关系链，称为AB格物系统。格物系统中包含格物主体、格物、格物对象三大内容。当格物主体和格物对象相同时形成的自我格物称为“自格物”；当格物主体和格物对象不同时形成的格物称为“他格物”，他格物通常是一种互格物，即揭示格物主体和格物对象的相互联系基础上的相互区别。
自生系统的自格物就是其内部组分构成的共格物。自生系统的“自格物”是客观存在的，它是指系统内部组分共生并形成边界时产生的亚物质格物。这不得不讨论物自体（系统）的生成，其核心是物自体系统边界的生成。系统的界壳，界是指边界、界线，壳是指包裹体，边界通常是指软性的边界、逻辑的边界等，壳通常是指硬性的边界、实体的边界等。物自体系统同外界的“输入—输出”流其实就是“系统交换链”，它是物共体的主要共物链内容。
格物主体识别格物对象且形成具有被格物对象信息模式的存载于格物主体的格物，称为识格物。当格物主体特指人时，对应形成的识格物称为人识格物，简称“人格物”；当格物主体为动植物或其他事物时，对应形成的识格物称为物识格物，简称“物格物”。人格物和物格物都属于他格物，其作为格物（亚物质）的本质是客观存在的，但其信息模式具有主观意识性或他物性——它未必同格物对象信息模式是一致的。人类认识事物形成的格物都是识格物，它包括了单格物和共格物。动物认识事物也形成识格物，人识格物和动物识格物作为格物亚物质的本质是相同的，但格物亚物质的信息模式不同，其载体和标识也不同，比如对于同一棵树，动物识格物信息模式可能是食物，而人识格物信息模式可能是木材；动物识格物信息标识可能是叫声，人识格物信息标识可能是语言文字。对人类而言，一切的格物离开了人的认识都是无意义的。因此，格物研究集中是指人格物研究。
人对自我的格物研究，就是指思维自觉到本性的研究。人作为格物主体，对于单一事物形成单格物认识，对于多事物系统形成多格物认识；单格物信息模式同对应的物自体（自格物）信息模式的一致性程度决定了其认识趋于真理的程度，多格物信息模式同对应的物共体（共格物）信息模式的一致性程度决定了其认识趋于真理的程度。在人的识格物中，认识的单格物对应物自体及其自格物，认识的多格物对应物共体及其共格物。
总地来说，人的格物认识过程可以表达为：
“人实体＋人格物”对“自格物＋物自体”和“共格物＋物共体”在相互作用条件下的识别运动。
识格物主要包括单格物和多格物，而格物对象所具有的格物包括物自体的自格物、物共体的共格物（或他格物）、别人的识格物。人实体能够直接认识对象物自体吗？显然不能。人实体通过识格物参照（自带）同对象物的自格物相互作用形成具有认识对象信息模式的人识格物。人识格物同物自格物的一致性问题是真理探讨的核心问题。
一切的格物都可以成为人的认识对象，即人的自带识格物可以把一切格物及其载体对象物作为认识对象。格物主体、格物、格物对象三者统一性的研究，表现为“格物主体”通过“格物”对“格物对象”形成“识格物”的认识论和本体论研究；而“识格物”的运动以及其产生“真”的规范工具研究，集中表现为“逻辑学”；对格物对象的识格物分析研究，集中表现为分析哲学；对格物对象的识格物整体研究，集中表现为系统哲学。
纯粹识格物系统同语言哲学是紧密联系在一起的。格物同逻辑联系起来研究。“单格物”对应“概念”，“单格物链”对应“判断”，“多格物链”通常对应“推理”。识格物的客观性，反映了对格物对象的描述性或叙事性。人对物质的格物研究，既要考察其单格物情况，也要考察其共格物情况。格物主体携带的识格物信息同格物对象的一致性是“真理”的必然要求。形而上学格物研究是思维对物质研究的必要方法。逻辑是获得真理的途径和工具，格物是逻辑的载体。因此，格物可以是理性的，即理性格物工具；也可以是感性的，即感性格物工具。逻辑学、科学等都是偏向于理性格物研究，而例如美学、神学、心理学、感官、经验、艺术、道德伦理等则偏向于感性格物研究。