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马克思主义在传统分析与综合方法向辩证思维复归中创立了辩证唯物主义。“分析与综合”的本体论来源是物质自我辩证逻辑的“分形与整形”。分形是一切可分的或分析（含有分析意义）的方法（比如演绎、具体等）的本体论来源和哲学基础；整形力是一切可综合的或综合方法（含有综合方法意义比如归纳、抽象等）的本体论来源和哲学基础。
20世纪30年代以来，科学研究中出现了既高度分化又高度综合，且以综合为主的发展趋势，其中系统研究的方法构成了现代科学认识的新的焦点，它打破传统分析与综合方法的局限，将分析与综合融为一体。钱学森指出：“分析与综合的辩证思维工具，它在辩证唯物主义那里取得了哲学的表达形式，在运筹学和其他系统科学那里取得了定量的表达形式，在系统工程那里获得了丰富的实践内容。”
这里钱学森所指的是具体的、可以定量的机能系统研究；本能系统辩证唯物是定性的、抽象的，是对马克思主义哲学传统分析与综合方法的继承和发展研究。
分析和综合是比归纳和演绎方法更深刻揭示事物内在本质的方法。关于分析，恩格斯说：“我们用世界上的一切归纳法都永远不能把归纳过程弄清楚。只有对这个过程的分析才能做到这一点。”
科学分析的方法很多，包括结构分析、功能分析、信息分析、模式分析、发生学分析、流程分析、系统分析，等等。关于综合，它是指组分因素组合成整体的思维过程。马克思说：“研究必须充分地占有材料，分析它的各种发展形式，探寻这些形式的内在联系。只有当这项工作完成之后，现实的运动才能适当地叙述出来。这一点做到，材料的生命一旦观念地反映出来，呈现在我们面前的就好像是一个先验的结构了。”
分析和综合是相互依赖的，是可以相互转化的，列宁把“分析和综合的结合——各个部分的分解和所有这些部分的总和、总计”
规定为辩证法的要素，突出了分析与综合的统一研究。“分析是在思维中把客观对象的整体分为各个部分、方面、特性和因素的认识过程，综合则是在思维中将已有的关于客观对象各个部分、方面、特性、因素的认识联结起来，形成对客观对象的整体认识过程。”
本能系统分析就是从物质自我辩证逻辑角度对认识对象进行分析，一方面从对象事物自分形的角度，保留传统分析的合理内容；另一方面扬弃传统分析的不足，依据亚物质整形，用普遍联系的观点，合理使用机能系统涌现的机制，进行系统分析。
本能系统分析法，强调了“分析”的本源来自物质的“自分形及其自我辩证逻辑”，从而将传统分析与综合分析统一起来：“由内而外，再由外而内；由部分到整体，再由整体到部分。”
实现列宁所说的“分析与综合的结合”
。通过“分析”把握物质（亚物质、机能物质）在自我辩证逻辑中的演化发展以及相互转化的动态研究，一方面要考虑相对独立的机能事物自身的演化发展（自分形），另一方面也要考虑机能事物普遍联系的相互作用演化发展（系统整形），整体分析把握“一切发展，不管其内容如何，都可以看作一系列不同的发展阶段，它们以一个否定另一个的方式彼此联系着”
的相互关系，在分析问题时“要把问题提到一定的历史范围之内”
，进行“本能系统—机能系统—机械系统”的动态研究，通过自身统一的层次结构分析实现从系统本能到系统现实机能的分析。
现实中，根据涌现可在研究中区分“机能系统—机械系统”：（1）在弱涌现情况下，进行物自体亚物质的分析。弱涌现情况下，物自体具有自分形最大化运动及其相应趋势（具有内部物质体亚物质），不同的物自体事物之间可视为没有“相互作用亚物质”，即没有涌现，相互之间的关系可以用机械论和还原论来处理，侧重传统分析法。（2）在强涌现情况下，机能物质之间的普遍联系是“紧密的”，相互作用的“强大的”，使它们获得“系”在一起的“统一”形态。在该情况下，机能物质受系统与要素的整形力约束和支配，通常需要用系统科学方法来处理，侧重系统的分析方法，即综合分析法。
本能系统综合法是指来源于本能物质自我辩证逻辑的“整形支配”方法。本能系统的综合方法，一是明确指明了其本体来源性，即亚物质整形性；二是根据亚物质整形的涌现情况不同，区分为弱涌现的传统综合方法和强涌现的系统综合方法。传统综合方法具有机械性和可还原性；系统综合方法把握住了机能系统诸要素、结构层次、动态过程的内在联系，克服传统综合的加和性局限和无逻辑秩序性缺点。
本能系统综合方法，本质上是一种整形综合的“创新”方法。本能物质自分形通过亚物质整形（开显）获得机能物质，即“创新”物质；机能物质之间通过亚物质整形作用产生“新”的机能物质系统，即“创新”物质。“所谓创造性活动，指的是人们发现客观对象的新性质、新关系、新规律，形成反映事物本质的新概念、新思想、新理论、新设计、新制造和获得新的物质客体和精神产品的一种认识和实践活动。……首先，发现未知的常规系统需要进行系统综合。……其次，在系统优化理论和实践中，系统综合方法具有更为独到的创新性作用。”
在现实中，本能系统综合主要是指机能物质的整形（自组织）：（1）在弱涌现情况下，可根据需求进行机能（基质）物质的加和综合研究。机能（基质）事物的自分形是该研究的核心，机能（基质）事物之间的涌生亚物质事物“被忽略”了，因此传统的加和综合具有逻辑秩序的局限性。（2）在强涌现情况下，需要进行系统条件下的非加和综合研究。系统整体与部分（基质事物）之和不相等，涌生亚物质支撑涌现，系统层次结构表现显著的逻辑秩序性。机能系统综合方法，包括整体方法、结构方法、层次方法、序性方法、协同方法、工程方法等。