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本能物质经本能辩证逻辑一旦展开，其产物是机能物质。机能物质继承了本能物质的“自分形（最大化、不均匀）”本性，产生了机能物质博弈“自生”自组织的矛盾统一体；同时具有了机能物质“质”“量”等基本规定性，展现了机能物质对立统一、质量变化、否定之否定等规律。另外，多个机能物质体自分形之间，受他们“自我相互作用”涌现出的亚物质整形支配力，形成了机能物质博弈“共生”自组织的矛盾统一体，同时表现出自组织涌现、差异协同、整体优化、超循环螺旋等规律。可见，机生矛盾辩证逻辑包括了机能物质的“自生矛盾”辩证逻辑和机能物质的“共生矛盾”辩证逻辑，前者称为“机能自生矛盾”辩证逻辑，后者称为“机能共生矛盾”辩证逻辑。
机能辩证逻辑是本能系统物质的显生矛盾辩证逻辑，来源于本能系统物质的本生矛盾辩证逻辑。我们所看见的一切物质都是机能物质，即物质体。本能物质是“是”，则机能物质是“是”的携带者（即是者），它表现自己的根本方式来自“是”的“自分形”，机能物质来源于本能物质，机能物质的遗传变异、同质异质等规律是来源于本能自分形的机能物质自分形表现。现实的系统物质的“是者”，通常是指包括自分形、自整形和他整形的统一的物质体，某一“是者（物质体）”通常包括了诸多要素“（基质组分）是者”。所有一切的机能物质，它们共同表现出物质世界的普遍联系和发展的世界图景。
传统唯物辩证法揭示了机能物质世界图景的总特征是联系和发展，其认为：整个物质世界是“各种物体相互联系的总体”，一切事物、现象及其内部诸要素之间都是相互影响、相互作用和相互制约的；“一切差异都在中间阶段融合，一切对立都经过中间环节而互相过渡”，坚持以整体性为原则的系统方法观察事物；事物的相互联系、相互作用而构成运动，由小到大、由不完善到比较完善、由低级到高级的发展，使新陈代谢成为宇宙间普遍的发展规律。
传统唯物辩证法是被无数事实所证明了的。一切事实都是指机能物质事实；因此，传统唯物辩证逻辑着重阐述了机能物质“自生”矛盾辩证逻辑。它的基本规律包括：对立统一规律、质量互变规律和否定之否定规律。
（1）对立统一规律揭示了显生事物内部对立双方的统一和斗争，是显生事物普遍联系的根本内容和变化发展的根本动力。
（2）质量互变规律揭示了一切显生事物运动、变化、发展的两种最基本的形式或状态，即量变和质变及其内部联系和规律性。
（3）否定之否定规律揭示了显生事物由矛盾引起的发展，即由肯定—否定—否定之否定的螺旋上升运动。
机能物质的自生辩证逻辑的范畴体系包括本质与现象、内容与形式、原因与结果、必然性与偶然性、可能性与现实性等，是以辩证思维的逻辑形式对客观显生事物的本质关系的反映。唯物辩证法的基本规律和范畴体系科学地概括了人类对自然、社会和思维运动的普遍联系和全面发展的不断深化的认识过程——在全部机能物质的世界层次实现了人类对自然、社会和思维运动的认识把握。对此，经典马克思主义哲学家们创建了数量巨大、内容丰富的研究资料，这里不再阐述。
机能物质的系统研究，主要是指以“适可而止”的组分、机构、功能的统一体（现实系统）为研究对象的系统科学研究。系统机能包括“分形机能、整形机能、自组织涌现机能”三个方面：分形机能是机能系统内部组分要素运动演化发展的根本动因；整形机能是机能系统中诸要素相互作用涌现生成亚物质整形而具有“系统意义”问题的核心动力；在机能系统中，亚物质支配各组分差异协同自组织演化发展并指向整体优化目的态，即自组织涌现机能揭示了机能系统具体存在演化的形态。系统机能的核心可以归结为自组织涌现机能，主要表现为系统科学的控制论、信息论、协同学、突变论、耗散结构理论、超循环理论、混沌理论、分形理论，等等。这里以乌杰教授的系统辩证原理为基础，阐述如下：
自组织涌现的研究是系统科学研究的逻辑核心。自组织涌现在典型系统（具有典型整体意义表现或具有整体研究意义的系统）中表现尤其明显。“自组织涌现律由自组织原理和涌现原理构成。”
自组织对典型系统的涌现研究具有直接的认识意义：首先，严格地说，自组织是不需要条件的（典型系统的自组织被认为是需要条件的），任何系统（不管是典型系统还是非典型系统）都永恒地存在自组织；其次，在涌现原理研究中，提出了“把非加和性与加和性的差额叫作‘剩余功能’”
，并认为涌现与其紧密相关。总的来看，自组织涌现律对于生活中的典型系统具有直接的认识和实践的指导作用。
“对立统一”不能只研究“对立”而只看到“矛盾或斗争”，其还有“统一”面——它包含着“差异”协同意义。“对立统一”是事物自身或事物与事物相互作用的描述，而“差异”是这种描述的外在表征内容，就如恩格斯讲：“同一性自身中包含着差异，这一事实在每一个命题中都表现出来。”
“差异协同律是自组织涌现规律的外在表征，即在差异中协同自组织。……差异存在于一切客观事物系统及思维的过程中，并贯串于一切过程的始终。差异的概念不同于反映互相排斥互相对立的矛盾概念。……差异是普遍的。……在整个自然界演化的过程中，产生了一系列的对称性破缺，即非对称差异。”
差异的概念是“存在”的“外在表征”，因此，“差异”并不直接地就是“存在物”。从外在来看，“一切事物和现象都是相互联系、相互作用的。……系统物质世界是一个差异协同体。……差异系统律引用差异原理、协同原理和自组织原理阐述系统物质世界运动的规律，深化和发展了对立统一规律。……差异协同律认为，系统物质世界由一般差异发展到斗争阶段，是差异中的一种可能，并不是必然”
。“差异”在于“对立统一”的逻辑之“先”，这是值得商榷的，因为“差异、协同、统一”与“排斥、对立、斗争”都是“对立统一”的内容或属性，如果说“对立统一”是本质整体，那么“差异”就是表象部分。
差异是一种相互作用关系状态，是系统内部要素（或子系统）之间相互作用关系状态在系统参照下的显现。在人类社会和自然界中，系统无处不在、无时不在，只要有系统就有差异。纵观每一个系统，系统与系统之间，系统内部要素与要素之间、子系统与子系统之间，它们构成的基本的核心的关系状态表现为“合作的、竞争的统一”与“和谐的统一”，可概括为差异。
整体优化应当包括两个方面：一是，整体优化具有本身的系统优化性，即研究系统首先是一个“系统”，该系统具有整体性——是对各个要素之和“优化”了的整体性。二是，系统作为一个旧优化整体向新优化整体演化发展，不断地整体优化。整体优化是系统哲学的基础规律，它揭示了系统事物的自我完善过程，它是从具有系统意义的整体出发，历经整体中构成整体的有意义的、适可而止的部分的优化过程，达成新优化的系统意义的整体。整体优化，拒绝彼此分离的整体分解，强调组分事物的相关关系，根据引起事物系统变化的非等当因果性决定系统发展方向的优化研究。
显生矛盾辩证逻辑的核心是“对立统一”自组织，当“对立统一”自组织从自身纵向发展向横向多事物紧密联系的“差异协同”转变时，则世界显现出多事物共同的机能物质系统形态。整体优化的系统遵循超循环螺旋规律
，它揭示了整体事物自身发展与受横向多事物紧密联系影响的质变量变及其否定之否定的超级扬弃了的系统演化发展规律。
机能共生矛盾是物质世界普遍联系和发展的事实描述，它与经验一起可共同直接显现在同一个物质阶层。机能自生矛盾是对机能共生矛盾分离后的单个机能自我矛盾及其普遍性的规律揭示。本能自生矛盾是在思维自觉到思维本性条件下对“思维与物质同一于物质性”的假设阐述。机能共生矛盾、机能自生矛盾、本能自生矛盾三者逐步深入本质，其中机能共生矛盾直接在现象和现实中，本能自生矛盾抵达辩证逻辑最高形而上学，机能自生矛盾既是本能自生矛盾的显现，也是机能共生矛盾的基础和来源。它揭示了机能物质存在和发展的现实规律，这是被无数事实证明了的。
机能自生矛盾是一种来源于本能物质自分形的自我辩证，而机能共生矛盾可认为是一种共我辩证。自我辩证逻辑是物质自己说明自己的辩证逻辑，在辩证逻辑的最高层次它被称为物质的本能辩证逻辑，它是物质自为的开显、存在和发展的根本辩证逻辑规律。共我辩证逻辑是世界普遍联系和发展的现实辩证逻辑，包括以自我辩证为主的、置身于环境中普遍联系和发展的自我现实辩证逻辑（传统辩证规律），也包括以共同紧密整体存在为主的、置身于环境中的多事物的普遍联系和发展的共我现实辩证逻辑（系统辩证规律）。传统辩证法既是本能辩证逻辑在现实中的具体体现，它揭示了世界普遍联系和发展的共我关系本质，既是自我辩证的现实，又是共我辩证现实的第一法则。
传统的唯物辩证研究主要集中在机能自生矛盾方面，它是被无数事实所证明了的。机能共生矛盾是一个包含了多个自生矛盾的系统，诸多自生矛盾在横向关系中又形成对系统具有不同系统意义的矛盾关系，它们的主导性质、层次、结构和关系等共同构成了机能共生矛盾系统的最高统一形式；有时候，机能共生矛盾系统最高统一形式下的矛盾载体发生变化，而各矛盾主导性质地位和结构关系不发生变化，则其并不影响该机能共生矛盾系统的最高统一形式，比如封建社会共生矛盾系统最高统一形式下的王朝更替并不影响各个王朝共同具有的封建社会最高统一形式。从系统科学角度进行简易分析，可以将一般矛盾系统的“矛盾部分”和“统一形式部分”进行有条件地“人为区分”，形成系统科学的“矛盾两部分析法”
，这种方法有利于从宏观和宇观来分析和思考问题。在机能共生矛盾（系统）中，通常具有多个具体矛盾对，在研究中，应当根据需要进行综合分析，建立矛盾网络分析，根据系统辩证律要求，在系统一分为二、一分为多的基础上，建立侧重系统功能的结构功能耦合辩证法，是非常必然的；它的特点在于分析揭示系统的基本矛盾，这个矛盾是系统存在的必要条件，与系统共存亡，在很大程度上决定其他矛盾的发展，是系统发展演化的基本推动力。