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“在自然哲学的构成里，物质在质之后出场。”
自然哲学观点里的“物质”和“质”是有区别的，如果前者是指机能物质，那么后者就是指本能物质，即后者是前者的“质”。物质（机能物质）抵达辩证逻辑最高层次形而上学假设的这个“质”，是指“本能物质”；反过来，（本能）物质从“最高层次形而上学辩证逻辑”展开“自己说明自己”的过程（同时开显为机能物质世界）构成辩证逻辑体系——“物质自己说明自己的过程”其本身是指遵循辩证逻辑的物质体系展开的过程。这就是物质自己说明自己的辩证逻辑假设。
“辩证地思考由两个基本环节组成，第一步是确定研究对象质的规定性，第二步是寻找这种质的规定的自我否定——即所谓两重性。因为发展原理在辩证法中占核心地位，而发展原理最终只是强调任何事物在其本质上是内在地发展的，发展的动力和方式来自这个事物的内部，或者说来自这个事物之所以使其为这个事物的规定性——质的规定性。”
金观涛提出可区分第一步第二步的辩证逻辑观点，其割裂了辩证法的终极整体性。这种割裂，却也显示出了当前辩证逻辑与最高层次形而上学辩证逻辑的差距。把握金观涛的这两个环节，用彻底系统科学思维切入，第一步是将整个全体的世界（包括思维和意识）作为研究对象，确定其质的规定性，即包括思维和意识在内的世界（物质）的终极规定性——确定“第一步”的同时，第二步必须被相应“揭示”，这是根本重要的。
金观涛认为，辩证法的核心思想内容包括“辩证法的万物是发展的”和“辩证法的事物之所以成为自身的规定性”，他说：“在辩证逻辑中所说的质的规定性，即事物之所以成为自身的规定性，这种概念在今天看来不符合科学分析的规范，我们必须用新的方法来定义它。当时我已经知道由于科学规范要求理论具有可证伪性，因而任何理论分析必须以因果性和条件性为基础。当用这种方法来研究变化时，变化又会被肢解为两个部分：变化的结果和变化的原因。但这种分析肯定不是整体的，它不能用自己说明自己。我发现，困难的实质在于：一方面不得不采用因果性，但因果性的分析又不能把握整体！这个悖论苦恼了我好久。”
“自己说明自己的因果性”是一个重要问题。对于“自己说明自己的因果性”，金观涛在探索中认为：“把整体定义为一个闭合的功能耦合系统。对整体的每一个部分，都符合科学可证伪性规范，每个部分的功能和条件是符合因果性的，但由于各个部分是互为因果，整体可以自己说明自己。一旦完成了这一环节，再把整体的分析放到世界不确定性背景中去考察（即考虑干扰存在下整体的稳定性），我们马上发现了保持整体之所以成为整体的稳态机制，可以根据有无这种稳态机制找到说明某物为何能以某种特殊方式存在。”
金观涛以“闭合的功能耦合系统”假设来解决“自己说明自己的因果性”，这是值得商榷的：
（1）按照金观涛关于“整体的闭合系统”的定义，一个企业系统是封闭的吗？一个国家系统是封闭的吗？宇宙是否能够作为一个整体闭合的具有功能耦合的系统，即宇宙是否为闭合宇宙？如果是，宇宙闭合系统的动力（第一推动力）是什么？
（2）按照金观涛关于“每个部分的功能和条件是符合因果性的，但由于各个部分是互为因果，整体可以自己说明自己”的观点，每个部分作为更小的整体，其内部的互为因果说明对应的每个部分，每个更小部分作为更小更小的整体，其内部的互为因果说明对应的每个更小部分……如此分化，无穷无尽。按照此逻辑，“自己说明自己”最终收敛的部分即世界的本原必定是可分多元的，这是否会陷入本体论上的多元论混乱？
金观涛眼中的“封闭的功能耦合系统”都是机能物质系统，且是封闭的、稳定的；而事实上，机能物质系统通常都是开放的。辩证逻辑研究容易局限于“对机能物质的概括”。打破这种局限，我们认为，物质自己说明自己的因果性蕴涵在“自己说明自己（自分形）”过程本身之中。我们可以把“思维和思维之外的一切共同组成的整体”作为研究对象，构建其质的规定性，同时构建其自我否定性。问题在于如何实现“整体自己说明自己”。
宇宙整体是自分形自己构成自己的，分形前宇宙是自己，分形后宇宙也是自己，但是分形后宇宙相对于分形前宇宙具有了（不均匀性造就的）新质的部分，即分形后宇宙不完全等同于分形前宇宙，它是宇宙自身扬弃和发展了的过程自身。宇宙自分形的自己说明自己是以“内部机能物质显现存在和发展”为标志的，它允许内部机能物质事物（特殊）自分形首尾相连的有条件的封闭存在。宇宙自分形自己说明自己，表明宇宙是开放的；人类研究的尺度、坐标、时空决定了作为研究对象“宇宙”的开放程度。
本能物质按照辩证逻辑“物质自分形”的体系展开，构建物质自己说明自己的辩证逻辑假设如下：
假设1：思维自觉到思维本性处，思维与物质同一于物质。
思维能够自觉到思维本性，并在最高层次认为：思维与物质具有同一性，即本能思维同本能物质是同一的，同一于物质（本能物质）。唯物辩证法的最高形而上学形态是物质，物质说明自己的唯一方式是自分形。物质自己说明自己，如果它要脱离和超越于物质的“被他物说明”，只有走“被人说明的”“思维自觉到思维本性”的道路，任何其他道路都无法逃脱“被他物说明”的干扰和桎梏。纯粹的“思维对思维的思维”，是一种冥想，是一种感性的、顿悟的过程，存在太多天马行空式的不确定性；为了增加冥想中人所不疑的力量，理性和科学是必要的辅助。基于此，构建“本能思维同本能物质是同一的”假设。
假设2：世界是物质的，物质本能是自分形的，自分形最大化是不均匀的。
世界是物质的，物质是运动的，这是辩证唯物的基本观点。本能思维和本能物质同一为本能物质。本能物质的“本能”是指“物质以自己的方式说明自己”。假设，本能思维和本能物质同一性为自分形性，即本能物质自己说明自己的本能是自分形，它具体包括两部分内容：一是自分形最大化；二是自分形不均匀性。前者解释了物质自己说明自己的内在动力问题，以及指向（机能）物质——实现“物质在质后出场”的方向性问题，自分形最大化包括分形信息模式传承发展壮大、自分形时空做久做大、自分形能量做强的本能和机能最大化；后者解释了（机能）物质丰富性根源，物质自分形“不均匀性”是“不确定性”
的根源。自分形最大化和自分形不均匀性两者是不可分割的整体。
假设3：本能物质一旦开显即生成机能物质入场，“本能物质自分形最大化之间”或“机能物质的自分形最大化之间”的相互作用关系称为整形，分形和整形的二分对立关系构成了贯穿“本能-机能”的辩证逻辑核心。
逻辑上，机能物质在本能物质之后出场。任何机能物质都是来自本能物质自分形过程。分形一旦展开，整形将一切分形构成具有整体意义的物质系统形态。该物质系统内部包含着：一是内部组分的自分形；二是内部组分相互自分形的整形。机能物质作为整体亦具有自分形最大化发展特性（最大化可能因不同参照坐标而外在表现为“特定条件下”的最小化）。
纯粹讨论本能物质，它除了“（自分形）自己说明自己”之外，没有任何意义，即本能物质自分形辩证逻辑需要在其后出场的机能物质那里获得“意义”。因此，这里重点讨论本能物质之后出场的机能物质及其机能辩证逻辑。机能物质的“自分形和自整形之间的对立统一”和“自分形和他整形之间的对立统一”，是构成机能辩证逻辑的“质的规定性及其否定方面”的基本唯物事实来源。即，机能辩证逻辑揭示了机能物质物自体及它们之间普遍联系和发展的基本原理和规律，它包括机能自生辩证逻辑（传统唯物辩证逻辑）和机能共生辩证逻辑（系统辩证逻辑）。