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随着社会经济的不断发展，水资源危机所带来的生态系统的恶化、生物多样性的破坏等一系列问题，严重地威胁着人类的生存。水资源的管理和保护已经迫在眉睫，关系到广大人民群众健康生产生活。水源地保护区的设立，保护了水源地的生态环境，但也影响了保护区当地生态保护者的利益，生态补偿作为公认的解决相关利益方矛盾的有效途径，其政策制定、完善和实施是经济社会可持续发展的重要保障。
近几年来，世界各国都已注意到生态环境保护的重要性，并陆续出台了一些政策法规来改善生态环境。水源地作为水资源的源头，在水资源保护中占有极其重要的位置。随着城市化进程的加快、人民生活水平和人们对供水要求的提高，为了保障用水安全，国家要求各地建立水源地保护区，希望以此缓解我国经济的高增长带来的一系列流域环境污染问题。水源地保护区生态环境的良好保护，是保障经济社会用水安全的首要问题，是促进经济社会发展、提高人口素质、稳定社会秩序的基本条件，也是实现经济社会可持续发展、构建和谐社会的基础。
水源地保护区的建立在一定程度上保障了用水安全，但也带来了一系列的问题，其中最重要的问题之一是如何解决保护区内居民的生存问题。长期以来我国一直沿用行政解决生态的思路，即在水源地生态保护区内用行政手段强令地方政府和居民进行水源保护，但这些手段忽视了保护区内居民的生存权和发展权。党的十八大报告提出建立体现生态价值和代际补偿的资源有偿使用制度和生态补偿制度，用制度保护生态环境。因此，建立生态补偿制度是解决水源地保护区所面临的生存和保护问题的有效途径，同时也是建立和完善我国流域生态补偿机制的核心内容，并且已经成为我国保护流域水资源生态安全、解决经济社会发展失衡问题的重要手段和迫切需要。
本研究通过实地调查，分析水源地保护区居民对保护区设立的认知及对现有补偿标准满意度等问题。在此基础上，从减少生态破坏者的视角出发，利用特别牺牲理论和博弈论研究水源地保护区生态补偿中利益相关者的行为，并分析其利益诉求，从土地利用、企业经营和居民生活三方面界定生态补偿范围，然后分别从这三个维度对生态补偿标准进行测算，并从土地收储、发展权转移以及土地置换等方面，分别探讨其适合的生态补偿方式，并对水源地保护区生态补偿综合效益进行评价，最后从制度保障层面，通过对水源地保护区生态补偿实施的配套法律、法规建设的研究，提出制定和完善水源地保护区生态补偿的相关配套政策。本研究是整个流域生态补偿理论的一个补充，为水源地保护区生态补偿的政策制定提供新的思路和科学依据。
随着经济社会的快速发展，水资源短缺与水源地生态环境恶化问题日益严重，逐渐成为阻碍我国社会经济可持续发展的重要因素之一。我国大多数水源地是大江大河的源头，其在流域中所处的地理位置至关重要，加强水源地的生态环境保护，事关人民群众的身体健康，是确保社会繁荣稳定和维护国家长治久安的民生工程，是保障用水安全最直接、最经济的方式，也是保障人民身体健康的头等大事。
水源地保护区的设立，在保障水源地生态环境的同时，也限制了区内土地所有者、企业和居民的收益权、发展权以及生存权。为了保护水源地良好的生态环境，水源地保护区的土地所有者以绿色的方式经营土地，企业以高于一般环境要求的方式进行生产，居民以环境友好的方式进行生活，由此导致土地产出下降、企业经营成本增加和居民生活成本提高。如果这些权益损失得不到补偿，不仅会影响保护区生态环境的修复和建设，而且也违背了社会公平和正义。
生态补偿作为一种新型的环境管理制度，既是国内外多个学科和领域的理论研究热点，又是我国各级政府决策和实践探索的焦点。我国的水源地保护区大多数是贫困人口集中分布的地区，这些地区经济相对落后、人民生活相对贫困。长期以来，水源地保护区承担着建设和保护生态环境的巨大责任，而对保护区提出的禁止和限制开发的相关政策和要求，进一步限制了保护区的经济发展，逐渐拉大了这些地区与下游地区之间的社会经济发展水平的差距，基于特别牺牲理论，如果不对水源地保护区利益受损主体进行补偿，就会严重影响他们保护生态环境的积极性，同时也有悖于社会公平原则。然而到目前为止，我国尚未建立水源地保护区相关生态补偿方面的法律法规，本研究的相关结论可以为水源地保护区生态补偿法律法规的建设提供参考，对于丰富和完善流域生态补偿政策研究来说，具有重要的理论和实践意义。