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水源地保护区生态补偿制度的制定和完善，需要相关经济理论作为依据，因此明确对此研究具有重要支撑作用的经济理论非常关键，这是前提和基础，基于此本节给出相关经济理论。
20 世纪 70 年代以来，全球工业化和城市化给生态环境带来了严重影响，环境污染等使得社会问题不断加剧，外部性问题逐渐成为经济学社会各界的热门话题。
从古典经济学时期，学术界就已经开始了对外部性（externality）的探讨。1776 年英国经济学家亚当·斯密在《国富论》中提出了“看不见的手”的命题，意思是当个人在经济生活中追求自己的福利时，会受到一只“看不见的手”的驱使，即通过分工和市场的作用，会导致其他任何社会成员的福利增进，最终达到国家富裕的目的。但是现实中，“看不见的手”理论所依赖的假定往往不能成立，帕累托最优（Parrot Optimality）往往难以达到，剑桥学派的著名经济学家阿尔弗雷德·马歇尔（A.Marshall）发现了这一现象，在其1890 年问世的巨著《经济学原理》中首次提出“外部经济”与“内部经济”这一对概念。他在《经济学原理》这本书中将外部经济（external economics）定义为：“某些类型的产业发展和扩张是由于外部经济降低了产业内的厂商的成本曲线。”“一个厂商的生产成本既取决于该工业的规模，也取决于各个厂商本身的规模。”这对于厂商而言是一种正外部性现象，由于这种外部性的存在导致资源配置不能达到最大效率，即不能达到帕累托最优。帕累托最优的一个必要条件就是任何一对物品的边际替代率同其对任何生产者的产品边际转换率相等。因此当生产者污染了环境并产生外部性时，生产者的私人边际成本已经不等于社会边际成本，而是社会边际成本超过了私人边际成本，同时外部性的存在还会导致生产要素的边际生产率在生产者之间存在差异，且不同要素间的边际替代率也不相同。同样的，生产者之间的边际转换率也不相同，这时生产者的边际转换率和消费者的边际替代率就发生了偏离，于是，帕累托最优就无法实现，导致资源配置的无效率。在分析这一问题时，马歇尔直接使用了外部经济的概念，这为正确分析外部性问题以及公共经济领域新的理论原理的发展奠定了基础。
最先系统地对外部性进行分析的，是马歇尔的学生英国经济学家庇古。庇古于 20 世纪 20 年代在其出版的《福利经济学》一书中对外部性做了更为深入的研究，提出和区分了“外部不经济”和“内部不经济”两个概念，他认为这个问题的本质就是，当一个人在对另一个人提供某项劳动并支付代价的过程中，附带地会对其他人提供了并非相同的劳务或者造成某种损害，但是这种劳务或损害不能从受益的一方得到支付，而且也不能对受害的一方给予补偿。庇古还应用现代经济学边际分析方法，从福利经济学的社会资源最优配置的角度出发，系统地论述了外部性理论，提出了边际社会净产值和边际私人净产值，最终形成了外部性理论，因此外部性理论甚至又被称为庇古理论。
从以上分析来看，外部性就是经济行为主体的个体经济行为的外在非市场性的有利或有害的影响，也就是一个经济主体的行为对另一个经济主体的行为所产生的外部影响，而这种影响的行为主体却没有为此付出代价或因此获得赔偿，如果这种外部影响是有利的，则称之为外部经济（或正外部性），如果这种外部影响是有害的，则称之为外部不经济（或负外部性）。其效用函数可表示为：
UR＝UR（X 1 ，X 2 ，X 3 ，…，Y）
其中，X i （i＝1，2，3，…，n）表示经济主体R的行为，Y表示除R以外所有其他个体的行为。此效用函数的经济学含义可以表达为，一个经济主体在某项经济活动中所获得的效用除去自身决定之外，还要受到另一个经济主体的影响，而且这种影响无法通过其自身行为来加以控制。也就是说，一个经济主体所获得的福利不仅受到自身行为的影响，还受到其他经济主体行为的影响。
同时，庇古在论述外部性理论中还指出，在产品生产中，正外部性和负外部性的产品生产都会导致私人边际收益与社会边际收益不一致，二者的差额就是外部收益或外部成本。也就是说，正外部性的生产者的私人收益小于社会收益，而负外部性的生产者的私人边际成本小于社会边际成本，于是其私人边际收益大于社会边际收益。当私人边际成本与社会边际成本之间的差额是由于外部不经济效应的产品生产而导致的，则是外部成本；当私人边际成本与社会边际成本之间的差额是由于正外部性的产品生产而导致的，则是外部收益。不管是外部收益还是外部成本，由于它们的存在使得私人最优产出与社会最优产出出现不一致，资源配置就会出现扭曲。所以，一旦经济主体的经济活动产生外部经济，经济运行的结果就不可能满足社会最优的帕累托条件，于是就导致资源配置低效和市场失灵。
后来，奈特对庇古外部性成本的计算提出了异议，他在 1924 年发表的《社会成本解释中的一些谬误》一文中指出，庇古没有把土地的费用计算到平均成本中，只是计算了可变生产要素的成本，这种方法是错误的。奈特的理由是由于土地的私有化，在计算平均成本时，只有将地租计算在内才能得出最优的产量，他还认为“外部不经济”源于缺乏对稀缺资源的产权界定，可见奈特已经注意到了“外部不经济”产生的产权原因。1962 年米德（Meade）在其发表的《竞争状态下的外部经济与不经济》一文中，将外部性定义为“它是一个（或一些）人在做出直接或间接地针对某件事的决策时，会使根本没有参与的人得到可觉察的利益或蒙受可感觉的损失”，并全面分析了在竞争条件下生产上的外部经济和外部不经济，他将外部经济产生的原因分为两种情况：一是无偿生产要素的作用，二是环境的影响。厉以宁等人认为，外部性是当一个人的经济行为对另一个经济人的福利产生了影响，就会将成本或效益加于他人之上，而此经济行为人却未为此付出代价或得到利益，并且该经济行为产生的效应并未从市场交易或货币中反映出来。
随着外部性问题在世界经济发展中逐渐凸显，尤其是环境外部性问题的日益严重，学者们从新的视角又对外部性理论进行了研究，并形成了对环境外部性理论的解释。第一，用不可分割性来解释环境外部性，奥尔森从“集体行动”问题入手，通过研究发现，任何个人都不可能排他性地消费公共产品，大部分环境资源都具有公共物品特性，在其使用过程中会产生“搭便车”的行为，从而使生产者的需求曲线无法确定，于是形成了外部性；第二，用非竞争性来解释环境外部性，认为非竞争性是公共物品的主要特征，这应该是环境资源污染和耗竭等问题形成的根源；第三，用时空转移来解释环境外部性，认为外部性可以在时间上转移到下一代，也可以在空间上转移到其他地点，从而形成了环境风险的代际转移和空间转移；第四，用市场失灵和政府失灵来解释外部性，认为外部性是由于市场失灵和政府失灵造成的。除此之外还有的经济学家从生产效率的不完整性、制度失灵、贫困等多种角度对外部性进行了解释，从而进一步发展和完善了外部性理论。
由于外部性不能通过市场价格表现出来，那么也就无法通过市场机制的自发作用得到纠正，即这种影响不能通过价格机制得到反映，于是就会产生不能全部反映到私人成本中的社会成本。外部性问题反映了人们决策的相互影响，同时也反映了经济行为当事人之间多元利益的交叉，具有普遍性和双向性。庇古手段和科斯手段作为市场机制下的环境经济手段，是解决外部性问题的两种主要方法，它们主要用于解决由于外部性引起的资源配置低效问题。
最先提出这一思想的人是英国经济学家庇古，他提出在边际私人成本（收益）与边际社会成本（收益）相背离的情况下，资源配置以及社会福利不可能依靠市场的自由竞争来实现最优效率和最大化，从而出现了“市场失灵”，在此情况下，就要通过政府干预这一“看得见的手”来解决，也就是通过政府的征税和津贴等干预来矫正外部性，从而使私人成本（收益）等于社会成本（收益），也被称为庇古税。
庇古手段的核心思想是通过政府干预给外部经济确定一个合理的价格，并由外部经济的提供者获得相应的补贴。其出发点其实就是为了解决生态环境的外部性问题，政府通过征税和补贴等干预，消除外部效应这一生态环境问题的重要经济根源，一方面要对那些产生负外部效应的单位进行收费或者征税，另一方面对那些产生正外部性的单位给以补贴。
1960 年，美国芝加哥大学教授罗纳德·哈里·科斯发表了《社会成本问题》一文，提出了“科斯定理”，其观点是外部性的产生是由于产权界定不够明确或界定不当引起的，并非市场运行的必然结果，有效产权制度的确立和实施才可以解决外部性问题，因此，政府不必一定要用干预的方法来试图消除私人收益（成本）与社会收益（成本）之间的差异，而只需界定并保护产权，之后所产生的市场交易就能够达到帕累托最优，因此科斯定理又被称为科斯手段，即依靠市场力量，通过明晰产权来解决外部性问题。很明显科斯所持的这一观点与庇古等人不同，科斯将外部性引入制度分析之中，使人们对外部性问题有了全新的认识和更深刻的理解，这对于确立产权以消除环境外部性的思想具有重要意义。
科斯定理认为，在对产权充分界定并加以实施和交易费用为零的条件下，如果在经济活动中私人之间所达成的自愿协议，可以使私人成本与社会成本相一致，那么就可以排除导致外部效应存在的根源。科斯手段包括自愿协商制度、排污权交易制度等。自愿协商制度离不开政府的许可，也就是在产权明确界定的情况下，自愿协商有可能实现资源配置的帕累托最优；排污权交易制度就是企业根据政府发放的可以在市场上买卖的排污许可证，向特定地点排放特定数量的污染物。
在外部性理论的发展进程中，马歇尔、庇古和科斯做出了重要贡献，其“外部经济”理论、“庇古税”理论和“科斯定理”分别代表了外部性理论发展的三块里程碑。庇古借用和引申了马歇尔提出的“外部经济”和“外部不经济”概念，将马歇尔的外部性理论向前推进了大大的一步；而科斯理论是对庇古理论的一种扬弃，并成功在环境保护领域的排污权交易制度上应用。
虽然“庇古税”理论和“科斯定理”在环境保护领域得到了广泛的应用，但是需要注意的是，任何一种理论都不可能是完美无缺的，它们作为环境经济手段都有各自的优缺点，不过只要某种理论在使用后比使用前的境况改进了，就有其存在的意义，而我们要做到的是能够在不同的情况下，选择不同的环境经济手段。
外部性理论是环境经济学的基础和制定环境经济政策的理论支柱，并被广泛用来解释生态环境问题产生的缘由。根据环境经济外部性理论，水源地的生态服务功能具有明显的外部性，因此应该建立相应的补偿机制，对水源保护区内的生态破坏行为进行收费以提高其成本，并规定用水者要为水源地生态保护行为付费，从而激励水源地的生态保护行为，使水源保护区的正负外部性内部化。
水源地保护区生态系统是流域生态系统的一部分，而水源地保护区作为保障企业和居民用水安全的重要水源头，其生态环境的维护和保持至关重要。水源地保护区所提供的生态服务属于特殊的公共产品，公共物品的非竞争性和排他性使水资源被过度开发利用，资源配置低效以及市场失灵，容易导致“公地悲剧”和“搭便车”现象。水源地保护区生态环境的外部性，其实就是一项生态经济行为产生的不利或有利影响，由此导致收益与成本的不对等。由前面对外部性的分析可知，正外部性就是指这种行为产生的有利影响，而负外部性则指的是不利的影响。一方面水源地保护区的生态环境提供者为保证清洁的水源可持续供给，对保护区实施了生态环境保护和建设，但是受益者却没有为生态环境保护和建设付费，这样就产生了正外部性，这种正外部性造成生态保护的投入以及生态效益或服务的供应量减少，从而导致社会福利的损失；另一方面，如果水源地保护区生态环境提供者以破坏生态的方式进行经济活动，如流域上游污水滥排、过度的森林砍伐、自然资源的不合理开发利用等，将会造成保护区水量的减少甚至水质的恶化，从而产生了负的外部性，这种由于破坏生态环境所产生的负外部性，导致边际社会成本远远大于边际私人成本，如果生态环境损害者的行为得不到有效的纠正，生态环境将会进一步恶化，同样会导致社会福利的损失。
为了保障中下游地区获得充足的水量和合格的水质，国家对水源地一级、二级和准保护区提出了各种限制要求，主要包括：①保护区范围内的土地利用者（包括从事种植农作物和经济作物的农民）在利用土地时，禁用或者不得滥用化肥农药；②保护区范围内的企业或养殖户要按照要求搬离或停产，或者被要求不得在规定区域内乱排有害生态环境的污染物；③保护区范围内的居民要按照要求采取绿色生活方式，不得乱扔垃圾等。为了保障中下游的水安全，水源地保护区在经济社会发展上做出了牺牲，这种行为具有正外部性。由此就产生了内外部的差异，如果水源地保护区的这种牺牲或损失得不到合理的补偿，其生态环境保护的积极性和主动性就会下降，保护区就会出现植被过度开发、涵养水源林的乱砍滥伐、工业农业生产的点源污染和面源污染等，由此造成的水安全的破坏对于中下游地区来说就是外部不经济（负外部性）。
生态保护所提供的生态效益或服务是一种无形的效用，如涵养水源、保持水土、美化景观等，生态保护者所带来的边际社会收益远远大于边际私人收益。
水源地保护区生态环境功能的正外部性（外部经济性）主要是生态环境功能的外溢使其社会的收益大于保护区的收益，而且一般保护区范围之外的收益往往大于保护区自身收益。庇古在《福利经济学》一书中提出的惩罚性税收或鼓励性补贴（统称为庇古税），对于水源地保护区生态补偿来说，正是为了弥补水源地保护区生态环境保护成本与收益之间的差额。
因此，水源地保护区生态补偿的目的就在于维护保护区的生态平衡，使资源和环境被适度持续地开发利用，并保障生态环境保护者的发展权益，让保护者或减少破坏者得到补偿，并让受益者或破坏者付出成本和代价，从制度层面和市场层面解决生态经济的外部性。水源地保护区正负外部性补偿如图2.2。
图2.2 水源地保护区正负外部性补偿示意图
由图2.2 可以看出，正外部性补偿强调的是维护保护区的生态环境平衡以及受益者付费；而负外部性补偿则强调对受损生态环境的修复以及水生态环境受损者补偿。由此看来，生态补偿对水源地保护区生态资源外部效应具有矫正的作用。一方面对具有正外部性的生态环境保护者或减少破坏者给予补偿，提高其收益和积极性；另一方面让具有负外部性的生态环境破坏者或受益者付出代价，通过生态补偿制度强制约束其负外部性行为。其中，水生态环境受损方指的是为了保护、维持、恢复和改善水源地保护区的水质水量，其发展权受限的一方；水生态环境受益方指的是享用额外增加的水源地保护区生态系统服务价值的一方。
由此，通过生态资源正外部性受益者对提供者的补偿，实现生态资源效应的收益与成本平衡，使水源地保护区生态保护的各种投入在价值上得到补偿，以及实物上得到替换，从而实现保护区生态环境系统的再生产和永续利用。因此，对从事具有正外部性的生态保护行为的人们进行激励，必须有补偿机制，而外部性的存在导致了水源地保护区生态保护难以达到帕累托最优，而且构建使外部性内部化的制度，其实就是制定生态补偿政策的核心目标。
特别牺牲理论是补偿的理论之一，该理论源于公共负担平等说，最早由19 世纪末德国学者奥特·玛雅提出。奥特·玛雅认为特别牺牲的存在主要有两方面原因，一方面随着社会经济的发展，国家为了达到完全、秩序与福利等目的，时常发生国家利用公法行为损害公民权利的现象，由于国家的这种行为是基于社会整体利益而言的，所以他认为人民必须忍受各种可能的牺牲，然而从公平正义的角度来看，这种牺牲必须是公平的，如果出现了不公平现象，国家应该给予做出特别牺牲的权利人以补偿，而不能片面地由人民来承担；另一方面任何财产权的行使和内容都是相对的，都是要受到一定范围的限制，但是他认为这种限制不应该超出权利内在的限度，对于那些无义务的特定人，并且他们无应被课以负担的特殊事由，由此造成的财产或者人身损害，与国家课以人民一般的税负是不相同的，应视为其为国家或者公共利益蒙受了特别的牺牲，这种特别牺牲不应该由该特定人来负担，而必须由全体人民共同分担来给予该特定人以补偿，这样才能体现公平正义的精神。
特别牺牲理论认为，按照公平正义和保障权益不受侵犯的原则，对于那些为了社会公共利益而做出了特别牺牲的特定人，社会全体成员应该对该特定人所做出的这种特别的牺牲给予补偿。以国家土地征收为例，虽然国家有合法征地的权力，人民有服从征地命令的义务，但是征地与国家课以人民一般的赋税负担不同，具有特殊性。其特殊性主要表现在国家在合法征收土地时，不管是公益性征地还是非公益性征地，这种征地行为都是使无义务的特定人对国家做出了特别牺牲，这种特别牺牲具有个案性质。也就是说，国家的合法征地行为是以被征地一方利益的损害来换取国家整体的利益，对被征地财产权利个体而言，就是一种特别牺牲，这种特别牺牲超出了被征地财产权利个体应担负的普通社会义务。因此在公共利益需要的情况下，因土地被征收而使被征收土地权利人遭受特别的牺牲时，基于公平正义的原则，应当由全体人民共同分担给被征收土地权利人以补偿，从而调节他们的损失，而国家作为公众利益的合法代表，理应承担补偿责任，以平衡二者间的利益，且成本应由全体人民共同分担，只有这样，才符合公平正义的精神。
根据特别牺牲理论，水源地保护区生态补偿客体需要符合三个要件：其一，承受对象为特定人或少数人；其二，因水源地保护区设立及其管制行为使其权利受损；其三，所受的管制负担超过其应承担的社会责任范围。按照这三个要件，本研究认为水源地保护区生态补偿客体应该主要包括水源地保护区的土地利用者、企业和居民。
在水源地保护区生态补偿中，保护区当地政府、土地利用者、企业和居民为了保护水源地生态环境，保障中下游及周边城市的用水安全，为他们提供足量优质的水资源，不得不牺牲自身的利益和发展权，如当地政府放弃有利于发展当地经济的产业导致财政收入减少，土地利用者被征用土地或只能发展生态农业而导致收益减少，当地居民不得不改变生活方式，企业被迫停产搬迁或增加污染处理成本等。他们保护水源地的行为，可以增加整个社会的公共利益，也就是说，生态环境保护行为的受益主体是周边及流域上下游的全体公民和企事业单位，从这一点来看，保护区当地政府、土地利用者、企业和居民属于利益遭受损失的少数人，基于公平正义观念，他们所遭受的利益损失超出了行使所有权的内在社会限制，属于一种特别牺牲，这种特别牺牲具有个案性质，因此政府和受益群体理应对他们进行相应的补偿，这样才符合公平正义的精神。
早在 1739 年，哲学家休谟在《人性论》中就提出了“公共物品”概念，并对其下了一个直观的定义，将物品做了最初的分类。后来Head和Shoup利用相对成本标准对公共物品与私人物品进行了区分，他们认为无论服务以何种方式被提供，只要它是以更低的成本，并且在非排他的情形下，在特定的时间或地点被提供，它就是公共物品。Holtermann指出物品属性是界定公共物品的标准，不同经济物品具有不同的公共性，那么就对应着不同的产权配置。Samuelson最早对公共物品提出了比较精确的定义，他认为公共产品是指每个人消费某种产品而不会导致其他人对该产品消费的减少，
这一定义奠定了公共物品理论的研究基础。后来随着公共物品理论的进一步研究和完善，Musgrave提出公共物品具有消费的非竞争性（non－rivalrousness）和非排他性（non－exclusiveness）的两大本质特性。
国内学者在臧旭恒和曲创的物品分类在“N分法（N＝2，3）”基础上进一步将N扩展到 4，他们认为狭义的公共物品是指纯公共物品，即同时具有非排他性和非竞争性的物品，而广义上的公共物品则是指那些具有非排他性或非竞争性的物品。
在微观经济学的研究中，按照社会产品在市场中的表现可将其分为公共物品和私人物品两大类。事实上公共物品是一种制度安排，而且存在着公有产权，因此其在交易过程中会受到交易成本的制约。
在经济学家看来，诸如森林、湿地、流域等生态资源在很大程度上属于公共物品，而水源地保护区也符合公共物品的特性，在其消费中具有非竞争性和非排他性，非竞争性是指公共物品的一个使用者对其消费不会增加任何成本，也不会减少它对其他使用者的供应，也就是说公共物品的边际生产成本为零。因此，水源地保护区生态服务作为公共产品，任何人都可以随意消费，而且无须付费。非排他性是指由于在技术上难以做到排他或者排他的成本很高，在消费某公共产品时，无法将那部分不愿意为其消费行为付费的人排除在外。水源地保护区生态服务为周边及上下游用水企业、居民提供生产生活用水，任何人都不能将其垄断，视为私有财产。
公共物品在使用过程中，往往会由于这两大本质特性而容易产生两大问题，即“公地悲剧（tragedy of the commons）”和“搭便车（free rider）”。“公地悲剧”理论模型最早是在 1968 年由英国加勒特·哈丁教授（Garrett Hardin）在The tragedy of the commons一文中首先提出的，指的是每个牧羊者作为理性人，在公共草地上不顾草地的承受能力而增加羊群数量，造成牧场被过度使用，草地状况迅速恶化。“搭便车”理论首先由美国经济学家曼柯·奥尔逊于 1965 年发表的《集体行动的逻辑：公共物品和集团理论》（The Logic of Collective Action Public Goods and the Theory of Groups）一书中提出，其基本含义是不付成本而坐享他人之利。非竞争性导致所有人都可以无节制地争夺使用有限的生态环境，从而导致了“公地悲剧”现象不可避免地发生，而非排他性使得消费者可以随意享受生态环境，却不愿为此支付费用，而是等着他人去购买而自己顺便享用它所带来的利益，这就导致了“搭便车”心理。
由于公共水资源的利用无法排他而且具有竞争性，使得人们会过量地使用水资源而不计社会成本，甚至还会污染水资源，造成饮水不安全。
因此，生态资源的过度使用，最终会使全体成员的利益受损，谁也享受不到公共产品，从而造成供给不足。
如何解决生态环境产品这一公共物品特性带来的“公地悲剧”和“搭便车”问题，有效解决公共产品的机制之一是政府管制和政府买单，但这不是唯一的机制，因此要通过制度创新让受益者付费，从而使生态保护者能够像生产私人物品一样同样得到有效激励。
目前生态补偿作为一种有效的保护生态环境的制度安排，已经得到社会各界的认同。公共物品理论是生态补偿问题产生的根源，这是由于生态环境资源的公共物品属性，使得生态环境建设和保护中产生了外部性。
因此，公共物品理论也是选择生态补偿政策途径的基础。
生态系统提供的生态服务功能是一种具有价值的重要资源，不管是从功效论还是从财富论来看，生态环境服务功能都是不可或缺的，而且也是我们创造财富的要素之一。随着社会经济的发展，人类对生态环境资源的索取和干扰日渐强劲，如果对其不加以有效经营和管理，必然会造成生态服务产品的稀缺和破坏，当生态服务或者价值被视为一种资源和基本的生产要素，成为可以带来价值的价值，这种生态服务或者说价值的载体便成为“生态资本”。生态资本又称为自然资本，包括自然资源总量、生态潜力、生态环境质量等方面，整个生态系统的价值就是通过各环境要素对人类社会生存与发展的效用总和来体现。
随着人类对生存环境质量的要求不断提高以及社会的进步，生态系统的整体性越来越重要，在经济社会发展中生态资本存量的增减所产生的作用和影响也日益显著。因此，随着生态环境产品稀缺性的凸显，由于生态环境产品的公共属性，生态投资者和保护者往往难以从生态资本增值中得到相应回报，就不能只是向生态环境索取，而应对生态环境进行投资。生态资本理论认为人类在进行与生态系统管理有关的决策时，要同时考虑人类福祉和生态系统的内在价值。通过制度创新来解决好生态资源保护者的合理回报，生态补偿制度就是生态资本化的路径依赖之一，也是保证生态资本不断增值的制度保障，能够有效地激励人们从事生态投资并使生态资本增值。
因此，可以说生态补偿是促进生态环境保护的一种经济手段。
在二战后，世界各国开始将工作重心转移到发展经济和科技进步上，当时人们认为世界经济将会持续甚至无限地增长下去，这种认识其实是源于他们认为自然资源不会稀缺，而且也不会为自己对资源环境的利用和破坏付出任何代价。但是到了 20 世纪 60 年代，越来越多的环境问题开始显现出来，这些问题给人类社会的生存和发展造成了巨大影响和威胁。于是在 20 世纪 60年代到 80 年代，人们开始反思人与自然之间的矛盾，逐渐开始去寻找可以与自然和谐相处的方式。1987 年，巴比耶（Barbier）发表了一系列文章，探讨怎样在可持续发展的前提下发展经济，这在国际社会引起了很大反响，同一年，布伦特兰（Brundtland）夫人在其《我们共同的未来》的报告中正式地提出了“可持续发展”这一概念，这篇报告标志着可持续发展理论产生并建立起来。之后联合国在 1992 年 6 月的“环境与发展大会”上起草了《里约环境与发展宣言》和《21 世纪议程》这两个具有纲领性意义的文件，标志着可持续发展第一次从理论变成实践。
可持续发展的内涵十分丰富，包括经济、社会和生态的可持续发展，其概念可以从生态、环保、社会等多个角度加以界定。
国内外的经济学家从不同的角度出发概括出了 100 多种，其中最有代表性、影响较大的定义主要包含几方面：可持续发展的目标是发展，以保证人类生存；其本质是寻求经济与环境生态之间的动态平衡；其核心在于公平性，即维持几代人的经济福利。
本研究采用布伦特兰夫人在其《我们共同的未来》的报告中对“可持续发展”的概念界定，即可持续发展指的是既能满足当代人的需求，同时又不对后代人满足其自身需求的能力构成危害的发展，这一定义包括了发展与可持续性这两个重要的内容，这也是目前国际上一致承认的定义。可以看到，可持续发展的内涵中包含了公平、持续和协调三方面的内容，也就是说可持续发展是经济、生态和社会三方面的可持续发展。事实上，经济发展是可持续发展的核心，而资源的持续利用是可持续发展的前提，这就要求人类在发展中不仅仅讲求经济效益，关键是要关注生态和谐与追求社会公平，最终达到自然－经济－社会复合系统的稳定、健康和持续发展。
可持续发展理论是人类经济社会发展的理性选择，这个理论的提出使我们彻底改变了一味地追求经济单一增长的传统发展观念。
它标志着人类发展观的一次新飞跃，而实施可持续发展战略，应该是经济社会发展的必然选择。
可持续发展理论反映了经济和社会发展对水源地保护区建设和保护的新要求，并意味着保护和加强保护区生态环境系统的生产和更新能力，实现对自然资源的永续利用。水源地保护区生态环境资源作为一种稀缺资源，遭到人为的严重破坏或过度利用，保护区的生态平衡就会被打破，这必将导致保护区水资源的衰减甚至枯竭。因此，人类要合理利用水源地保护区生态环境功能，保持其本来的自净能力和再生能力，同时自然资源的可持续开发与利用是人与自然和谐相处的必要条件之一，在水源地保护区生态环境保护和建设中，有必要对生态维护者的生存、发展等基本权利提供可靠保障，这样才可保障社会经济的发展能持续进行下去。
因此可持续发展理论不仅为人类经济社会发展指明了方向，同时生态补偿作为一种经济激励制度，该理论也为人们进行的生态补偿描绘出了最终目标。
本节主要对水源地保护区生态补偿中相关概念进行了界定，包括水源地保护区、土地利用者、企业经营者和保护区的居民。然后对水源地保护区生态补偿的内涵与外延进行了分析，基于外部性理论，本研究认为水源地保护区生态补偿应该是指以维护保护区生态系统服务功能、保护生态环境以及资源和经济的可持续发展而建立的，对破坏者给予惩罚，对受益者给予收费，同时对保护者和减少破坏者给予补偿，以使生态环境的外部效应内部化的一种制度安排。最后对水源地保护区生态补偿的原则进行了分析，包括公平正义原则、权责对等原则、灵活有效原则、“专款专用、依法实施”原则和“政府补偿为主、市场补偿为辅”原则。