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水源地承担着区域生态安全的重要责任，水法中专门设立了水源地保护区制度，并明确了保护区的法律义务，这是一种人类与生态系统之间的“契约正义”关系的体现，在一定程度上可以理解为“生态补偿”的含义。
在生态环境的保护中，一部分人的生态利益受到保护的同时，另一部分人的经济利益或其他权利利益往往会受到损害或限制，从法律公平正义的角度出发，就需要通过生态补偿来调节。
生态补偿就是指在生态环境保护中，根据法律的规定或约定，生态利益享受者通过直接或间接的方式或活动，对经济利益或其他权利利益受到损害或限制者进行补偿。有的学者认为水源区生态补偿是指通过实行政策或法律手段，让水源区生态保护成果的“受益者”支付相应的费用，以使水源区生态保护产生的外部性内部化。针对水源区生态环境这一特殊公共物品，通过制度设计，解决好其在消费中的“搭便车”现象，从而激励生态环境服务的足额提供；通过制度创新，来实现对水源区生态投资者的合理回报，从而激励和调动水源区内外的人们，积极从事生态保护投资并使生态资本增值。
有的学者认为水源地生态补偿的内涵解释不应该仅仅停留在对生态系统的重建或恢复层面，而是更需要强调，生态补偿是对水源区利益受损者的利益填补与恢复，只有做到这些，才能调动保护者的积极性，真正达到水源区生态环境保护的效果。
也有的学者认为水源保护区生态补偿是指基于水资源保护利用和可持续发展，在水源保护区和用水区（或受水区）之间，由用水区（或受水区）对水源区给予生态补偿的制度。
根据以上分析，本研究基于外部性理论，认为水源地保护区生态补偿应该是指以维护保护区生态系统服务功能、保护生态环境以及资源和经济的可持续发展而建立的，对破坏者给予惩罚，对受益者给予收费，同时对保护者和减少破坏者给予补偿，以使生态环境的外部效应内部化的一种制度安排。水源地保护区生态补偿是在生态补偿理论基础上，在水源地水资源开发领域的进一步推广及延伸，它具有补偿的单向性特征，重点是强调生态环境受益者应向水源地保护者和建设者给予补偿，其目的是保护水源头的水生态环境。
水源地保护区的生态补偿主要涉及两方面的补偿：一是对保护区生态环境维护和设施建设投入的保护补偿。保护补偿是指水源区设立水源保护区后，水源所在的水域以及周边部分的陆域都被纳入保护范围，为了保护和恢复这些划定区域的生态环境而进行的资金投入。这些保护性和修复性资金投入包括对保护区范围内实施退耕还林还草工程和发展生态农业等保护生态环境工程的资金投入，水库扩容等水利工程建设方面的投入，以及在保护区的清洁卫生设施、污水处理等设施设备的投入，还包括定期对这些基础设施进行维护的费用，这些投入都应该包含在水源地保护区生态补偿范围中。二是对保护区的发展补偿。发展补偿是指对水源保护区当地政府、居民、企业等为保护生态环境而丧失的发展机会进行的补偿。为了保护生态环境和提供足量优质水源，他们牺牲了发展权，当地政府因生态工程建设的投入而导致财政收入减少，农民因失去耕地或禁用少用化肥农药而导致农作物和经济作物减产，企业因保护水源地生态环境而被迫搬离保护区或者加大生产污染物处理导致成本增加的资金投入，水库扩容而导致的搬迁移民，保护区居民因遵守保护区管理规章制度而造成的各种生活限制和不便。
水源地保护区生态补偿的特点体现在四方面：第一，水源地保护区实施的生态补偿是针对生态环境保护过程中发生的合法的行为，目的是增加或维护生态利益和公共利益；第二，基于生态环境保护的需求，在水源地保护区生态补偿过程中一部分人要牺牲一定的经济利益或合法权利，甚至生存与发展的权利也受到限制或损害；第三，水源地保护区生态补偿是生态受益者通过直接或间接的方式进行的补偿，且这种补偿是依据法律规定或约定的；第四，水源地保护区生态补偿不是赔偿，这是由于生存发展与生态利益等很难定价，且生态利益同时也被补偿客体自身享受着，如果由其他生态受益者全部赔偿其损失将是另一种不公平。因此，从某种意义上来看，水源地保护区生态补偿其实就是保护区生态环境服务在不同经济主体之间的让渡，但是由于保护区生态环境服务的公共物品特性，使得其通过市场途径的让渡存在很多局限性，因此要采取补偿的方式来实现。
目前学术界在划分生态补偿类型方面的研究，不同的学者有不同的划分方法。我国生态补偿类型的划分尚处在尝试中，主要包括自然保护区生态补偿、矿产资源开发生态补偿、重要生态功能区生态补偿及流域生态补偿四类。其中，流域生态补偿是指流域上游为了修复或维护流域生态功能，导致生态保护者的利益和权利受到了限制和损害，由此流域下游生态利益享受者应对其进行的直接或间接的补偿。
也有的学者将流域生态补偿划分为污染赔偿和保护补偿两种补偿类型。
所谓污染赔偿是指流域上游地区的排放污染物的量超过了限制的排污总量，并对下游地区的水环境造成污染，根据事先约定，上游地区应该对下游地区进行赔偿；保护补偿是指为了保护流域具有特定用水功能的区域如下游地区的水源区等，对流域上游地区实施了水生态环境的特殊保护措施，由此上游地区付出了额外成本，且对该区域经济社会的发展造成了限制，根据公平合理原则，流域下游地区应该对上游地区进行补偿。
水源地保护区生态补偿作为流域生态补偿的重要组成部分，对其进行补偿类型的划分，能为厘清生态补偿的主客体和生态补偿方式的选择提供依据。从补偿对象划分，水源地保护区生态补偿类型可以分为三种：对在生态破坏中的受害者进行的补偿，对为生态保护做出贡献者进行的补偿和对减少生态破坏者进行的补偿。按照补偿的内容划分，可以分为价值补偿、智力补偿、政策补偿和生态修复，价值补偿主要是指根据水源地保护区的生态资源价值或生态损害成本等资金形式进行的补偿，最常用的有财政转移支付、专项保证金和生态税等；智力补偿是指生态补偿主体为水源地保护区居民提供无偿技术咨询和指导，培养和提高他们的生产技能、管理组织水平和技术水平；政策补偿是指从政策层面支持保护区居民的生产和生活，并在宏观上对其发展起到方向性的引导作用；生态修复是指通过对水源地保护区进行生态保护和建设，比如，涵雨林建设、水利设施建设等措施，来促进保护区生态系统自我修复能力的更新。从条块角度划分，水源地保护区生态补偿可以分为保护区上下游之间的补偿和产业之间的补偿，保护区上下游之间的补偿主要是参考上下游之间的经济发展水平，一般来说，水源地保护区往往处于偏远地区，本身经济发展水平就不高，为了保护和修复保护区生态环境以及对其经济发展提出了各种限制性要求，这就造成了保护区经济发展水平相对弱于下游地区的现实，因此，可以由经济比较发达的下游地区通过缴纳的相关税费等方式，对水源地保护区进行“反哺”；产业之间的补偿是一种“直接受益者付费”的补偿类型，比如，水源地保护区的旅游业来补偿给林水部门等。从补偿效果划分，可以分为“输血型”补偿和“造血型”补偿，“输血型”补偿是当前我国在水源地保护区生态补偿中主要的补偿形式，指的是将筹集起来的补偿资金定期转移给被补偿方；“造血型”补偿是指以项目支持的形式帮助水源地保护区当地政府和居民，建立替代产业或者发展生态经济产业，使保护区形成具有自我增长能力的发展机制。
本研究主要研究在水源地保护区生态补偿中政府利用各种补偿方式，对减少生态破坏者（水源地保护区内的土地利用者、企业以及居民）的补偿。通过分析，分别为这三种补偿客体选择合适的补偿方式，从而提高生态补偿的实施效果。
水源地保护区生态补偿的原则贯穿于整个生态补偿制度，是生态补偿制度的灵魂。基于水源地保护区生态补偿的内涵及其特殊的生态地位，水源地保护区生态补偿制度的建立和完善，应遵循如下原则。
水源地保护区作为水源头，对于整个流域和水质水量来说，其位置和作用至关重要。作为生态环境保护的有效手段的生态补偿制度，应该坚持贯彻公平正义的原则。一方面，水资源是大自然赋予人类的共有财富，属于人类社会的公共物品，任何人利用水资源的权利都应是平等的，也就是说，一个人利用水资源时不能损害他人的权利和利益，否则，应给予权益受损者相应的补偿；另一方面，水源地保护区往往地处偏远，因受到地域、交通等因素的影响，大多数经济发展和居民收入水平不高，但是为了维护保护区水生态环境的平衡，保护区当地政府和居民不得不放弃可以选择的土地利用方式、产业结构和生活方式，而这些往往能够改善当地社会经济发展和居民生活的水平，然而，地处水源地保护区的土地利用者、企业和居民应该具有平等的发展权。他们的保护生态环境的行为，为中下游利用丰富优质的水资源提供了保障，也应对其贡献给予补偿。
水源地保护区生态补偿制度实施的目的是调整保护区与下游之间的利益分配的不平衡，因此在补偿主客体和补偿标准、补偿方式的确定等方面都应体现公平正义原则，同时要兼顾经济效益、生态效益和社会利益，从而实现生态补偿的代内公平、代际公平和自然公平，促进水源地保护区与中下游地域经济社会发展的均衡，这是可持续发展观的重要内容之一。
由于水源地保护区生态环境的外部性特征，其生态补偿涉及多个利益相关者，为了平衡他们的利益，其在生态补偿制度中就要遵守权责对等原则。一方面“谁受益、谁补偿，谁破坏、谁赔偿”，在保护区水资源开发、利用过程中，谁从中得到了丰富优质的水资源，谁就是受益者，作为生态受益人，就应该为水源地生态环境的保护和改善支付一定的补偿费。同样的，生态环境破坏者理应为其破坏行为付出代价，从而将其行为所产生的负外部效应内部化；另一方面“谁保护、谁受偿，谁减少破坏、谁受益”，保护区的土地利用者、企业和居民不仅要保护生态环境，还要关停当地所有可能对水源地保护区造成污染的产业项目，土地利用者要按照要求以更加环保的方式耕作，居民要按照要求改变生活方式，由此他们增加了生产和生活成本，牺牲了发展机会，因此，他们有权为其保护行为而产生的正外部性生态服务效益索取合理的经济补偿、政策优惠或税收减免等，这也是所有权人实现其经济利益的方式。只有这样，才能将正的外部效应内部化，提高他们保护水源地生态环境的积极性，保障优质水资源的持续供给。
虽然水源地保护区大多地处偏远，但其所处生态区域的特征不尽相同，同时其生态补偿过程中涉及多个利益相关主体，这就决定了生态补偿模式不存在普适性。因此，生态补偿政策在制定和实施方面不能采取“一刀切”，而应该结合保护区当地的经济发展状况，选择灵活的生态补偿标准和多样化的补偿方式，因地制宜地实施补偿。
同时，灵活性原则需要各利益方的广泛参与，因此提高其对保护区生态环境保护的认知水平和积极性，加强管理的民主化和透明化，从而提高生态补偿机制运行的效率。另外，生态补偿制度的规划也要立足长远，关注生态补偿政策实施的长期效应，并与短期效应结合起来，保证生态补偿政策实施的有效性。
由于水源地保护区所处生态地域的特殊性，决定了其在国家水流域安全体系中的战略地位。因此在生态补偿中，政府作为补偿资金主要提供方，要在财政预算中专门划拨专项资金，专款专用，用于维护和建设水源保护区的生态环境，保障生态环境的可持续性。另一方面，建立和完善生态建设专项资金的使用制度，加强对专项资金的下发和使用的监督管理，切实将专款专用原则落到实处。
水源地保护区是水资源的源头，在保障水安全（包括水质安全和水量安全）方面具有非常重要的作用，其水生态环境属于公共物品，具有公益性质，同时由于保护区水生态环境的外部性，容易导致市场失灵，这就需要政府的干预。结合我国国情，政府应该在我国水源地保护区生态补偿政策的制定、补偿资金的保障和筹集以及监督管理等方面发挥主导作用。但是在生态补偿中，政府补偿的交易成本虽然低，但其制度运行的成本却较高，这就需要市场补偿来调和政府补偿的刚性。另一方面，市场补偿交易成本虽然高，但制度运行成本却较低。因此，在水源地保护区生态补偿中，要采取“政府补偿为主、市场补偿为辅”的原则，发挥各利益相关主体参与保护区生态环境保护的积极性和主动性，从而更加有效地实施生态补偿。