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为了更好地研究水源地保护区生态补偿各相关利益主体所涉及的主客体界定、补偿标准测算以及补偿方式选择等问题，就需要清晰地界定在生态补偿过程中的相关概念。
大自然中的水资源都有特定的源头，大致分为三类：地表水、地下水、大气中的雨水。地表水源有江、河、湖、海和水库等，地下水源有潜流水、承压水、泉水、岩溶水等。一般来说水源地指的是水源头所在的区域，从广义角度按照取水水源差异来进行划分的话，可以将水源地划分为河流流域、湖泊所在、水渠沿途、水库属地以及以海水为水源的取水海洋等。
水源地作为一个水生态系统，由生物群落与非生物环境两部分组成。生物群落依其生态功能分为：生产者（浮游植物、水生高等植物）、消费者（浮游动物、底栖动物、鱼类）和分解者（细菌、真菌）；非生物环境包括阳光、大气、无机物（碳、氮、磷、水等）和有机物（蛋白质、碳水化合物、脂类、腐殖质等），为生物提供能量、营养物质和生活空间，其循环过程如图2.1所示。
图2.1 水源地水生态系统能量循环过程
水生态系统中的水生生物群落与水环境相互作用、相互制约，通过物质循环和能量流动，共同构成具有一定结构和功能的动态平衡系统。水源地水生态系统的主要功能就是保证系统内的物质循环和能量流动，以及通过信息反馈，维持系统相对稳定与发展，并参与生物圈的物质循环。
水源地水生态系统中的各种生物群落，不断与外界进行着物质能量交换，并与外界环境一起构成了一个有机整体，表现在为水源地自身和周围区域提供生态用水、生产和生活用水。水源地水生态系统不仅具有一定的自动调节能力，以实现生物系统和非生物系统之间与环境之间能够相互适应，而且能够使系统中生物群体不断进行演化与发展，达到稳定、有序与均衡的状态。因此，水源地水生态系统在维护自然界生物的多样性和人类经济社会可持续发展方面起到了非常重要的作用。
这样看来，水源地就是为一定范围内的动植物提供生存场所，为城镇居民、企业和农业生产提供生活生产用水，以及为公共服务用水提供取水工程的水源地域。水源地以水系系统为纽带，与下游流域及其沿岸陆生、水生生态系统和人类社会组成了一个复杂而完备的综合系统。从水利学和生态学的角度来看，对水源地的生态环境保护研究可以归属到流域生态环境保护研究的范畴。
水源地保护区是国家对某些特别重要的水体加以特殊保护而划定的区域，它是为了防治水污染、保护和改善环境、保障饮用水安全、促进经济社会全面协调可持续发展而划定的。水源地保护区是由司法行政机构划定，一个水源流域区或者水源流域区的一部分地域，还包括为保护区颁布的保护措施，它是一个法律概念。
我国在 1984 年颁布的《中华人民共和国水污染防治法》为建立水源地保护区提供了法律依据，其中第 12 条规定，县级以上的人民政府可以将下述水体划为水源地保护区：生活饮用水水源地、风景名胜区水体、重要渔业水体和其他有特殊经济文化价值的水体。按照水体的特征进行划分，水源地可以划分为地下水水源地保护区和地表水水源地保护区，其中地表水水源地保护区又可分为水库型水源地保护区（一般是专用水源的露天水库）、湖水型水源地保护区以及河流型水源地保护区。之后我国在 2008 年颁布的《中华人民共和国水污染防治法》中，还特别要求各地建立地表饮用水和地下饮用水水源保护区制度，将饮用水水源保护区划分为一级保护区和二级保护区，必要时，可以在饮用水水源保护区外围划定一定的区域作为准保护区，并规定对水源保护区要实行特别的管理措施，以使保护区内的水质符合规定用途的水质标准。本研究研究的地域范围就是水源地保护区设立之后的一级保护区、二级保护区和准保护区。
水源地保护区是容易受到破坏的地区，其发展如果不加控制必然是破坏性的，因此水源地的发展必须和区域的目标保持一致，要想从根本上解决我国水源地生态环境的保护问题，就要切实解决好保护与发展的关系。
《饮用水水源保护区划分技术规范》中规定，地表饮用水水源保护区包括一定的水域和陆域，其范围应按照不同水域特点进行水质定量预测并考虑当地具体条件加以确定，保证在规划设计的水文条件和污染负荷下供应规划水量时，保护区的水质能满足相应的标准。该规范还规定，在一级保护区的水质标准不得低于国家规定的《地面水环境质量标准》 GB3838－88Ⅱ类标准，并须符合国家规定的《生活饮用水卫生标准》 GB5749－85 的要求；二级保护区的水质标准不得低于国家规定的《地面水环境质量标准》 GB3838－88Ⅲ类标准，应保证一级保护区的水质能满足规定的标准；准保护区的水质标准应保证二级保护区的水质能满足规定的标准。
饮用水地下水源保护区要根据所处的地理位置、水文地质条件、供水的数量、开采方式和污染源的分布划定，水质均应达到国家规定的《生活饮用水卫生标准》 GB5749－85 的要求。饮用水地下水源一级保护区位于开采井的周围，其作用是保证集水有一定滞后时间，以防止一般病原菌的污染；二级保护区位于饮用水地下水源一级保护区外，其作用是保证集水有足够的滞后时间，以防止病原菌以外的其他污染；准保护区位于饮用水地下水源二级保护区外的主要补给区，其作用是保护水源地的补给水源水量和水质。
同时，《饮用水水源保护区污染防治管理规定》还规定在地表饮用水和地下饮用水水源各级保护区内，禁止一切破坏水环境生态平衡的活动，禁止向水域倾倒污染废弃物，禁止未经有关部门批准、登记的运输船舶和车辆进入保护区，禁止使用剧毒和高残留农药，不得滥用化肥，不得使用炸药、毒品捕杀鱼类。
水源地保护区的水资源是母体资源，具有满足人类生存和经济社会发展需要的作用，这种作用集中表现在其生态服务价值上。水源地生态服务价值不仅体现了其提供人类可利用的水资源效用，同时还体现了水源地保护区当地政府和居民为保护和改善生态环境而投入的费用。由此看来，水源地保护区水资源的生态服务价值体现了水源地保护区与人类之间的关系，要协调好二者之间的关系，就要对保护区保护水生态环境所投入的费用进行合理补偿。对保护区水资源生态环境价值进行的补偿，即是补偿水资源价值的损耗以及为保护生态环境所支付的保护费用，这构成了水源地保护区生态补偿的基础和依据，是抑制折损扩大的有效途径，也是实现水资源可持续利用的前提，是协调人类经济社会发展与水资源利用之间关系的必然要求。因此，充分认识水源地保护区水资源生态系统的服务功能和价值，是建立和完善水源地保护区生态补偿制度的基础。
水源地保护区的设立是为了保护和修复生态环境，而生态补偿政策是激励保护区为生态环境改善做出贡献的相关利益群体，其中利用土地作为主要生计来源的一部分人占有很大的比例，为了更好地明确生态补偿的补偿客体，就有必要对土地及这部分利用土地从事生产生活的群体进行界定。
土地是财富之母，是自然资源中最基本、最重要的资源。无论是水资源、森林资源、矿产资源、水产资源，还是人类和生长栖息在土地上的动植物资源，都离不开土地。土地的含义可分狭义和广义两种。狭义的土地概念是指地球的陆地表层，包括内陆水域（河流、湖泊、水库等）和滩涂。其上层的气候、生物，以及下层的岩石和地下水等都是形成土地的外部条件，而不是土地本身。广义的概念又分两种：一种认为土地系指整个地球表面，包括陆地和海洋；另一种认为土地是指地球表层垂直剖面，包括气候、地貌、岩石、生物和水文等因素构成的自然综合体。
土地用途一般是指土地权利人依照规定对其权利范围内的土地的利用方式或功能。我国颁布的《中华人民共和国土地管理法》第一章第四条规定：国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。农用地是指直接用于农业生产的土地，包括耕地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面等；建设用地是指建造建筑物、构筑物的土地，包括城乡住宅和公共设施用地、工矿用地、交通水利设施用地、旅游用地、军事设施用地等；未利用地是指农用地和建设用地以外的土地。
为了更有效地管理土地，在上述三种分类的基础上，我国土地管理工作者又将土地做了更进一步的分类，其方法是按照《土地利用现状调查技术规程》中使用的土地利用现状体系，根据土地的用途、利用方式和覆盖特征等因素，将我国土地分为 8 大类、46 小类。8 大类土地是指耕地、园地、林地、牧草地、居民点及工矿用地、交通用地、水域、未利用土地。
土地利用是指人类劳动与土地结合获得物质产品和服务的经济活动，这一活动表现为人类与土地进行的物质、能量和价值、信息的交流和转换。土地利用是个技术问题，同时又是个经济问题。土地作为一种最基本的生产要素，与其他要素结合后才能进入生产过程。土地与其他生产要素一样，在利用中必须服从一定经济规律，才能取得良好的经济效益。
有的学者认为土地利用者是指在支付土地出让金之后，获得土地使用权的法人或自然人，他们也是土地征收增值收益在一级市场的兑现者。
本研究所指土地利用者，是指通过劳动，与土地进行物质、能量和价值、信息的交换，以获得物质产品和服务这种经济活动的人，包括耕种土地的农民和通过从他人那里转包土地用于经济用途并拥有土地使用权的法人或自然人。
企业经营是指以企业为载体的物质资料的经营。对于企业经营者的理解，《中国企业管理百科全书》将其定义为以企业获得生存和发展为己任，并担负着企业整体经营领导职务，以及对企业经营成果负有最终责任的，且具有专门知识技能，并能为企业制造出较高绩效的经营管理人才。实际上企业经营者就是为了获得最大的物质利益，力图用最少的物质消耗，并运用经济权力创造出尽可能多的产品，以满足人们各种需要的经济活动。
根据以上分析，本研究将水源地企业经营者界定为，经过工商部门注册并在水源地保护区范围内从事生产经营活动的组织或个人。水源地保护区的企业经营者主要涉及从事工业生产的企业、从事矿产资源开采的企业以及从事畜禽、水产等养殖的个人和组织，这些企业经营者在水源地保护区设立之后，由于水源地生态环境保护区工程和措施的实施，面临搬迁或关闭、生产受到限制甚至转产的要求。
除了土地利用者和经营企业之外，还有一个群体需要明确，这部分人的生活方式因由保护区生态保护的相关要求而受到限制，根据生态补偿的研究角度，本研究将其分为居民和生态移民。
水源地保护区大多地处偏远的乡村，在水源地保护区居民的概念界定之前，首先要明确农民和村民这两个概念的界定。本研究认为，在新农村建设的背景下的农民应该是指与土地息息相关、长时间从事农业生产的劳动者，土地是维持农民生活的基本保障，是农民最重要、最基本的生活生产资料。而村民是指以居住地域为条件，而不依据户籍制度，包括居住在农村且户口也在当地的农业户籍人员，也包括居住在农村而户籍不在当地，但在一定期限内履行了村民义务的其他长住人员。
从以上分析可知，农民是一个职业概念，而村民是一个居住区域概念。本研究认为水源地保护区居民是指在一定时期内，居住在水源地保护区某一乡村区域或村庄内，受某一区域或村庄组织领导管理的村落居民，包括从事农业生产的农民和仅仅在此区域或村庄居住的村民。水源地保护区设立之后，对其生活方式提出了要求，比如，不能乱扔垃圾、不得乱排生活污水、禁止砍伐林木及捕鱼等，传统生活方式的改变保护了水源地生态环境，却增加了他们的生活成本。本研究即针对这一部分生活受限居民的生态补偿标准和补偿方式进行研究。
生态移民是近五十年来才提出的一个概念，直到 20 世纪 90 年代末在我国才开始出现真正意义上的生态移民。对于生态移民内涵界定，角度和着眼点不同，可从致因层面与目的层面来分析。生态移民的动因是自然环境恶化以及人口数量超过生态环境的承载容量；而从目的层面来看，生态移民的目的是为了保护和改善生态环境，并且提高他们整体的生产生活水平。生态移民的目标是达到生态效益、社会效益、经济效益的完美统一，至少要使生态破坏逐步减弱和恢复，生产、生活得以维持并逐渐好转。
按照人口迁移的目的，移民可以分为生态保护性移民、社会经济移民和工程开发性移民。
对于生态移民的界定，不但要跟其他移民类型区别开来，其定义中还要包括一切与生态环境相关的迁移活动。生态移民是指那些因为生态环境恶化，或者是为了改善和保护生态环境，由此迁移而产生的迁移人口。
由此看来，之所以称之为生态移民，就是因为其与生态环境有着直接相关的迁移活动。因此，所谓生态移民是指为了保护生态脆弱区的生态环境，在不破坏迁入地的生态环境前提下，将人口从生态环境严重恶化的地区移居出去，迁到生态承载能力高的地区，并且改变群众传统的生活方式，缓解人口对生态环境的压力，从而确保生态自我修复措施顺利实施的一种主动人口迁移。
生态移民的目的虽然是改善生态环境，但实际上具有了城镇化的性质，而且生态移民不同于气候移民等其他概念，其本质上是指以生态保护为首要目的，其宗旨是提高生态系统服务功能和价值的人口迁移行为。
本研究认为，水源地保护区生态移民是指由于处于一级保护区范围以及水库扩容等原因，将生活在该范围内的居民从生态保护区范围搬迁到生态人口承载能力高的地区，以保护和恢复保护区的生态环境，从而实现经济文明、社会文明与生态文明的和谐发展。
水源地保护区生态移民具有强制性、补偿性、时限性、社会性、破坏性和不可逆性等特点。其目的首先是保护水源地保护区生态系统，通过逐步减轻当地居民对原本脆弱的生态环境的压力，使生态系统得以恢复和重建；其次是通过异地开发或就地集中安置当地居民，逐步改善他们的生存状态，并提高他们的整体生活水平，达到经济社会发展的可持续性；再次是通过减小保护区的人口压力，有效保护自然景观和生态以及生物的多样性。水源地保护区生态移民属非自愿性移民，他们是国家有目的、有计划、有组织的整体移民搬迁，由此产生的间接效益要远远大于生态移民获得的效益，因此在政策制定和实施中，政府应该在资金投入、政策配套和土地使用等方面给予倾斜。