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检察机关内部职能机构设置代表了我国检察机关对于检察权的行使，检察机关内部机构设置的科学与否，直接决定了检察机关职能是否能高效行使。基于此，针对我国检察机关内部部门设置存在的问题，在宏观改革理念和原则的指导下，著者试对于检察机关内部机构设置提出具体方案。首先，我们应当明确我国法律赋予检察机关的各项职能，并进行系统梳理。其次，针对检察机关内部的业务机构进行合理划分，避免多标准划分、不统一名称、司法责任难追究等问题。最后，设置非业务部门，此类部门机关行使了与检察职权无关的权力，但却是一个机关所必备的部门，对于机关的非业务事件进行处理。
检察机关内设机构作为行使检察职权的组织形式，其设置是否科学合理取决于对检察权的分解和配置是否科学、是否合理。对检察权进行合理分解与配置，是检察机关内设机构改革的必然要求和前提条件。
在我国，学者对于检察权合理分解与配置的方法还存在争议，主要有以下几种观点：有的学者从诉讼职能的角度出发，将检察权分为侦查方面的检察权（或称检察侦查权）、公诉方面的检察权（即公诉权）和诉讼活动监督方面的检察权（即诉讼监督权）三大类。有的学者则将检察权分为四大类，即调查权、追诉权、建议权（纠错建议权、整改建议权、处置建议权）、法律话语权（立法建议权、法律解释权、法律文件提请审查权）。有的学者将检察权分为五大类，如最高人民检察院朱孝清副检察长主编的《检察学》将检察权分为检察侦查权（专门调查权、采取强制措施权）、批准和决定逮捕权（批准逮捕权、决定逮捕权）、公诉权（起诉权、支持公诉权、公诉变更权、量刑建议权、不起诉权、抗诉权）、诉讼监督权（刑事诉讼监督权、民事审判监督权、行政诉讼监督权）、其他职权（包括司法解释权、检察建议权、参与社会治安综合治理的职责）；石少侠教授将检察权分为公诉权、侦查权、侦查监督权、审判监督权、执行监督权。
有的学者将检察权分为六大类，如最高人民检察院孙谦副检察长主编的《中国特色社会主义检察制度》将检察权分为职务犯罪侦查权、批准和决定逮捕权、刑事公诉权、对刑事诉讼的法律监督权（刑事立案监督权、侦查活动监督权、刑事审判活动监督权、刑罚执行监督权）、对民事审判和行政诉讼活动的法律监督权、其他职权（特种案件检察权、司法解释权、参与社会综合治理权）。还有的学者将检察权分为职务犯罪侦查权、审查逮捕权、刑事公诉权、刑事诉讼监督权、民事审判监督权、行政公诉与行政诉讼监督权、法律话语权七大类职权。
在著者看来，将检察权分为三类更为科学。一是检察领导权，下设检察行政领导权、检察业务领导权、检察人事领导权。二是检察业务职权，下设检察侦查权、批准逮捕权和刑事公诉权、诉讼监督权、其他职权。第三是检察非业务职权，下设检察人事管理权、检察财务管理权、检察装备管理权、检察综合管理权。此种分类将检察机关内部的业务职能和非业务职能区分开来，有利于保证机构内部部门设置数量以及权力在各部门之间的倾斜。
1.统一名称
检察机关内部机构设置的名称直接反映了检察机关对于检察权的认识。例如检察机关代表国家刑事法律监督职能，代表国家行使公诉权，那么追究被告人的违法犯罪行为究竟属于公诉科还是法律监督科的职权。在不同级别和不同地域的检察系统，对于此项检察权理解不一致就会导致该机关内部的机构设置名称不一致，而行使同一职能的机构名称不一致会导致不同检察机关之间业务衔接，工作汇报等找不到对口的职能部门，增添额外的繁杂程序，浪费诉讼时间和司法资源。
关于检察机关内设业务机构的名称，学者们提出了许多不同的观点。例如，有的学者提出检察机关内设业务机构的名称应当统一为“署”，如职务犯罪检察署、公诉署、诉讼监督署等。有的学者认为，在内设业务机构的称谓上，应当上下保持统一，可以考虑两种方案：一种是各级检察机关的业务机构一律称“厅”，正好与人民法院的“庭”相对应；另一种是参照现在反贪污贿赂局的称谓，各级检察机关的业务机构一律称“局”，最高人民检察院的业务机构称“总局”。还有的学者提出基层检察院内设机构应实行“大部制”构想，名称统一为“庭”，如职务犯罪案件侦查庭、刑事犯罪案件审查庭、检务监督庭、检务管理庭和检务保障庭。但就著者看来，检察机关内设机构的名称应当上下统一，体现检察机关法律监督的本质特征及其承担的职能，非业务机构的名称应当反映其基本功能。检察机关内部设置，从最高人民检察院到基础检察机关应当统一名称，按照最高人民检察院改革后的称呼，统一称为“部”。而业务机关与非业务机关的应当用“检察”来进行区分，检察机关行使检察监督职能的机构都应当在其名称中加上“检察”，来代表其检察职能。
2.机构整合
在司法改革推进过程中出现了以下改革动向，我们应当根据此改革动向逐步调整，例如最高人民检察院提出的批准逮捕机构和审查起诉机构的整合问题。审查批准逮捕本是由审查批准逮捕部门负责的，我国长期以来“捕”“诉”分离，两个部门分别阅卷审查，但是检察机关事务众多，为保障审查起诉质量，提高审查批捕以及审查起诉的效率，减少两部门的重复阅卷，专家提出将批捕部门和审查起诉部门合并。此项功能的合并在新时期已经在全国进行试点并取得喜人的成绩，可以说此项改革是检察机关内部机构整合的重要一步。例如检察机关派出机构的调整。《人民检察院组织法》中提及人民检察院在行使检察职能的过程中，认为其需要设置派出机构，就可设置检察机关派出机构。检察机关派出机构设置的便捷性也就导致我国检察机关内部各职能部门会在其认为有利于自身行使检察职能时设置派出机构，最后造成派出机构设置混乱，各级别派出机构所属不明确，责任追究不到位。
因此在我国检察机关内部机构改革过程中，必须要在重视派出机构混乱问题，检察机关内部机构在设置派出机构时必须及时备案，且派出机构必须在原派出部门的权力范围以内行使检察权，不能越权行使检察权。在派出机构违反规定行使检察权时，必须追究原派出机构的责任，避免责任无法追究等问题的发生。例如将我国民事行政检察部门一分为二，将民事案件与行政案件分别处理。原因有二，一是因为我国民事案件数量和行政案件数量不均衡，对民事案件进行审查和对行政诉讼进行审查的标准不统一。民事诉讼中充分尊重双方当事人的意愿，当事人具有自由处分权，可以进行和解结案；而在行政诉讼中，行政机关行使的是国家的权力，并不具有处分权，因此不得随意与行政相对人进行和解调解。其二，我国现阶段行政诉讼案件实行跨区域集中管理，对行政案件的监督程度要大大增强，重视行政案件在我国诉讼中的地位，应当单独设立行政检察部门，对行政诉讼案件进行监督。而民事案件因为其数量庞杂，也需要专门处理民事案件监督的检察官进行监督，二者分立有利于检察机关职能的实现，提高检察权的高效行使。
3.分级管理
我国检察机关一共有四级，不同级别的检察机关所要行使的检察职能也有所差别，检察任务较重的检察机关可设置数量较多的内部机构，而对于检察任务较为轻松的检察机关，可根据检察任务轻重设置少量的内部机构。例如最高人民检察院除需承担办案任务以外，还需承担制定司法解释，发布指导性案例，对于案件进行指导等任务。在最高人民检察院内部机构设置过程中就要注重使不同机构承担检察政策和工作思路的确定、对下指导和监督、司法解释和规范性文件的制定等不同职能，而此种职能在其他检察机关就无须设立相应部门予以配套。在省级检察机关，其一方面要保证向下贯彻最高人民检察院的指导思想，另外一方面，省级检察机关还需要承担省级的检察工作职能，需要办理较为重大的公诉案件。而市县级的检察院主要检察职能为在该辖区内代表国家行使追诉权，提起公诉，实施法律监督。且地方检察机关的内设机构并不必然与上级检察机关一一对应，而只需根据本辖区内案件的多少，或者主要案件的类型进行职能机构分配。检察机关内部机构的设立应当遵循原则性和灵活性，根据各地实际情况进行调整。
上文著者将检察权分为检察领导权、检察业务职权和检察非业务职权三大类，因此在检察机关内部机构设置上也应当分为三大部门，分别行使相应检察职权。检察机关内部领导机构的改革，主要是对检察委员会的人员组成、议决程序和办事机构的改革。对于检察机关内部非业务部门，即政治部、办公室、纪检监察部门、计划财务部门、后勤装备部门、直属事业单位等机构，最高人民检察院可以根据其工作内容来独立设置，因为最高人民检察院处理的案件数量较少，更多的是起到指导作用。而在地方各级人民检察院，可对照最高人民检察院的机构设置，根据本地区的实际情况相对从简。首先将纪检监察部门与政治部合并，单独设置政治部。因为在检察院以外我国有专门的纪检机关和监察委，检察机关内部的纪检工作和监委工作职能被适当削弱。而政治部的主要工作内容即是检察机关内部的思想政治教育、政治学习、教育培训、党务工作，以及检察机关内部机构的设置、人员编制、人事任免等工作。其次是将财务部门、后勤部门与办公室合并，专门设置办公室。我国司法机关内部结构中都存在办公室这一机构，主要负责检察机关的文件起草、会议组织、会议布置、财务报账、宣传、档案归档、对外接待、数据统计等非业务性活动。因为办公室的职能繁杂，完全可将财务部和后勤部的职能包括在内，将此三部门进行合并，有利于诉讼职能的高效发挥，节省司法资源。将非业务部门节省下来的司法资源运用到业务部门上，增强检察机关的办案能力，更好地实现检察机关的法律监督职能。