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对于我国检察机关内部机构设置存在的问题，我们要进行全面的看待，在提出具体方案之前要进行宏观思考，我国检察机关内部机构设置应当遵循什么样的理念和原则是我们应当考虑的问题。
检察机关内部机构设置关系到检察机关检察权的行使，内部机构设置的科学性将使检察工作顺利进行，为检察机关职能的实现打下基础。因此检察机关内部机构设置必须要有科学的改革理念来引导，让我国检察机关内部机构设置混乱问题得到解决。而科学的改革理念应当从以下三个方面展开。
1.法律监督理念
检察机关在我国宪法中的定位是法律监督机关，检察机关不仅要对外展示为监督机关，且对内也要展现检察机关的特质。检察机关内部各职能机构必须意识到法律监督的根本目的，即保证国家法律的正确实施，司法公正，惩治司法腐败，推进公正执法。检察机关内部可设置审查批准逮捕机构、审查起诉机构、民事行政检察机构等，各个机构行使各自职能，加大对于刑事案件立案监督、侦查监督、刑事审判监督、执行监督、民事行政诉讼监督的力度，形成检察机关的全面监督系统。
2.公平正义理念
公平正义是朴素的法律价值观，我国立法、司法、执法的最终目的都是追求实体和程序上的公平正义。检察机关在发挥其检察职能的过程中，在诉讼的不同阶段都必须体现公平正义价值。公平正义理念在检察机构设置方面主要表现在检察机关各部门刑事职能要立足查清案件事实，在查清案件事实的每一过程中体现公平正义。检察机关以维护公平正义为目标，其内部机构设置就需要保证可以正确有效地查清案件事实，正确适用法律、正确适用法律程序、法律步骤，在诉讼过程中平等对待双方当事人。因此，在设立检察机关内部机构部门时，各机构部门都要在行使职能中确保公平正义目标的实现。对于不利于实现公平正义的机构设置，应当予以取缔和撤销，而对于有利于实现公平正义目标的机构应当予以保留，并让该机构在行使检察职能中发挥其独立价值。
3.权力制约理念
我国检察机关是监督其他机关的法律监督机关，但是权力本身就应当受到监督，除了外部监督以外，还需要受到内部监督。只要国家的权力存在，掌握权力的机关或者人员就有可能以权谋私、滥用职权。检察机关在刑事诉讼过程中，通过行使批捕权、审查起诉权、审判监督权在整个刑事诉讼过程中起到重要作用。检察机关的作为和不作为均会影响到被告人的财产权、人身权甚至是生命权。因此检察机关在行使检察权的过程中其权力必须要受到其他权力的监督，否则权力膨胀会产生腐败、渎职等现象。检察机关内部机构设置过程中也必须践行此种理念，在检察机关内部设置部门机构，各部门机构除分工合作外还必须要实施互相监督。必须坚持以权力制约权力，建立有效的权力制约机制，杜绝权力滋生腐败问题，让检察权在阳光下行使。
1.系统性原则
检察机关内部机构的设置必须要有科学有序的部门结构，使各机构部门之间做到和谐统一。系统内部各要素在系统内部都具有独立价值，并在发挥自身价值的同时影响其他要素的发展，所以需要把各要素的特征进行个性化处理，并根据各要素之间的关联度进行合理划分，既要做到各机构之间职能不重叠错位，也要做到各司其职，划分各自职能范围，防止职责不清，互相推诿。在新时代的改革浪潮中，各机构之间也要响应党的号召，在新时期展现新的面貌。例如在新时期提出的“捕诉一体化”，就是最高人民检察院在地方进行试点，并逐步在全国推行的新举措。它将原先负责审查批准逮捕和审查起诉的机构合二为一，主要目的是提高诉讼效率，避免检察机关内部两机构重复阅卷造成的司法资源以及办案时效的浪费。这一改革就让检察机关内部机构职能和机构定位出现了重大调整，而该改革的出现影响的不仅仅是审查逮捕和审查起诉两个机构，对于检察机关其他机构也会产生相应影响。在审查批捕时，同侦查机关的对接就需要合并后的整个机构进行，而在起诉阶段，不仅仅是原先的公诉部门承担责任，而是由合并后的机构整体对外承担责任，因为在公诉阶段对于被告人的审查批捕也是由其做出。如果在诉讼阶段被告人并不构成检察机关指控犯罪，且对其进行的逮捕拘押也实属错误，该责任则由合并后的检察机构承担，而不用追认到原先具体的机构身上。因此，检察机关内部机构设置不能仅局限于局部，而要用系统的眼光对于内部机构进行设计。必须树立科学观念，把检察机关作为一个系统，全面地分析各个机构的功能、作用以及其对于其他机构所造成的影响。特别是要认真考察各个机构在增强党的执政能力建设和推进党风廉政建设，在加强社会主义民主和推进社会主义法制建设中的重要作用，并以此来确定我国检察机关内部机构的总体框架。
2.分工合作原则
《中华人民共和国刑事诉讼法》规定了侦查机关、公诉机关、法院之间要分工合作，相互制约，相互监督。该原则一方面体现了机关之间具有相对独立的地位，任何机关都不得影响和制约另一机关的决定。另一方面就是各机关之间为实现惩治犯罪，保障人权的刑事诉讼法目的，必须要完成好各自的刑诉法任务。分工合作有利于公权力机关高效打击犯罪，维护社会安稳。检察机关内部机构设置也是同样的道理，各部门机构之间为了更好地行使检察职能，行使该部门的检察权，做好本职工作的同时还需要配合其他部门，共同完成检察任务。分工合作原则作为机构设置的黄金原则，必须要予以重视，检察机关在设置内部机构时应当考虑好各机构之间的衔接问题，各机构之间只有按照科学的原则进行分工才能提高办案效率，缩短检察机关办案时间。分工合作就必须要保证内部机构的设置上下衔接，以保持畅通，避免繁杂的中间环节拖延办案时间。分工合作原则的另一个重大作用即在于追究司法责任时，可根据分工的分配，直接找到应当负责的部门，避免各部门之间的责任推诿。
3.高效原则
检察机关内部设置部门机构，在强化法律监督和分工合作的基础上，还需要坚持内部机构精简干练，避免机构人员庞杂、人浮于事、职能重叠等现象。检察机关内部机构精减有利于检察机关进行统一调动、安排、统筹，避免多机构之间分工不明、权责不统一等问题。检察机关机构科学设置、层次分明、合理分工、管理有序、统筹一致，为实现检察机关的内部职能，强化检察机关法律监督能力提供强有力的机构保障。高效原则在检察机关设置内部机构时需要考虑各机构之间在工作时的衔接配合，高效的基础是机构设置恰当，各机构之间层次分明。高效原则作为检察机关内部机构设置改革的指导性原则，不仅是对于检察机关内部设置提出的要求，也是检察机关内部工作部门在处理案件时必须秉承的价值追求。合理有效的内部机构设置会促进检察机关行使高效职能，而不合理不科学的内部机构设置会降低检察机关的办事效率。在机构设置中，必须要摒弃不利于高效原则进行的部门设置，要形成合理有序的内部机构排列。