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检察机关的内部设置与该国的国情、领导体制等密切相关，各国检察机关内部组织机构设置模式的基本决定因素在于检察机关内部组织机构设置期望实现的主要功能。不同国家所要实现的功能目的不同，其设置的检察机关内部机构职能也会不同。而在大陆法系和英美法系之间，此种差别会更加明显。
关于大陆法系的检察机关内部机构设置，可通过大陆法系几个典型国家进行相应介绍，例如法国、德国。尽管同属于大陆法系国家，但各国的检察机关内部机构设置还是具有较大差别的。
在法国，检察院是设立在法院内的，管理较为松散。检察机关主要包括驻大审法院检察院、驻上诉法院总检察院、驻最高法院总检察院以及在军事法院、海商法院的特设检察机关。法国检察机关的内部机构设置具有强烈的以查清案件事实真相为目的的色彩。其内部机构具体表现如下：第一，作为目的为查清案件事实且具有起诉权的基层检察机关，其内部设置比其他的检察机关更加复杂。而驻最高法院总检察院因为其职能相对单一，所以其内设机构比较简单。第二，检察机关内部划分的标准较为单一，并未形成多重划分标准，主要是以案件类型为标准，对于内部机构进行划分。第三，检察机关内部机构的人员和财政管理是独立于检察院以外的，并不属于其内部机构设置所要规定的内容。检察院的财政管理十分复杂，对所有法院和检察院人员和资源的集中管理，由坐落在上诉法院层次的地区行政机构负责，检察官对于其机构预算的具体分配具有很大的决定权。
在德国，各级检察院分别设立在同级法院中，但是检察院与法院之间并不存在隶属关系，两者各司其职，相互配合，但互不干涉。关于检察院的领导系统，联邦总检察院受联邦司法部领导，州级总检察院和州级检察院受州司法部领导。联邦总检察院对各州的检察机构没有领导和管理权，州级总检察院负责本辖区内所有检察院的管理。由于德国属于大陆法系，追求对案件事实的查证，因此其内部机构设置具有以下表现：第一，各地各级的检察机关会根据检察机关的大小进行内部机构设置，各地的检察机关内部机构设置也具有巨大差别。且检察机关内部机构主要根据任务的轻重进行划分，联邦和地方各州的检察院之间对于案件事实查证也具有较大差别。第二，在业务机构中，还会根据案件的难度，分为常见案件的办理部门和特殊案件的办理部门。第三，检察机关的人事问题由检察机关的内设机关负责，与法国的检察机关还是有差别的。但检察机关的财政问题也是检察机关的外部机关统一处理的，德国检察院内部机构的财政问题统一交由州司法部负责。
英美法系的检察系统内部机构设置与英美法系的立法初衷有很大关联。英美法系在立法目的上追求程序正当，并且检察机关追求绝对独立，检察院独立于法院，内部机构独立于检察院本身。
美国检察系统具有高度独立性，上下级之间、联邦和地方之间、检察院与法院之间都高度独立。美国检察机关的组织机构具有以下特点：第一，检察机关相对分散，全国的检察机关并不具有系统性，并不存在全国统一、上下级分明、独立的检察系统。且美国上下级检察院之间并不存在指导与监督的职能，联邦、州、市镇三级检察机关各自行使自己的职能，并不受上级检察机关的领导和监督。第二，检察机关之间并没有所谓的隶属关系。对于普通的刑事案件，都是由地方检察官行使追诉职能，除非有明文规定，否则各州的检察长并不能指挥、监督地方检察官，也不能干涉刑事案件的办理。检察机关与检察机关内部机构设置也有极大差别，检察机关内部机构设置具有以下特点：第一，分散性。美国的检察机关分为联邦司法部总部机构、各联邦地方检察机关的内设机构、州检察机关、市检察机关等，各级机构设置都有所不同，具有易令人混淆的分散性。第二，多样性。美国检察机关的内部组织机构在职能划分和部门设置上都有很大的差异，而且，一个检察机关的内部组织模式也不是一成不变的。实际上，几乎每个新检察官上任之后都会在一定程度上对检察署的机构进行改组，特别是当新检察官与其前任检察官来自不同政党的时候。总之，多样性是美国检察机关的基本组织特征。
英国由于其国情的复杂性，检察系统也划分为英格兰与威尔士、苏格拉、北爱尔兰三个相对独立的检察系统。并且各检察系统之间互不干涉，其运行方式和内部机构设置都有所不同。而在内部检察机构中尤为重要的一点即在于分工明确，无论是在皇家检控署总部，还是在42 个地区检控署，都由检察长负责法律相关事务，而设立一个常务副检察长负责行政、事务性工作。
大陆法系和英美法系在检察机关内部机构设置上有明显不同的主要原因在于不同法系所追求的立法价值不同。在大陆法系，立法注重对于案件事实的查证，公权力在介入刑事案件时，会特别注重对于案件真相的查证。而在英美法系，法官处于消极被动状态，立法更加注重双方当事人的权益保护，注重诉讼中的程序正义。
大陆法系注重案件事实查证，因此其检察机关的内部设置是按照案件类型和案件查证的难易程度进行划分的。且在大陆法系的检察院中，最高级别的检察院因其职能较少，所以其内设机构较为简单；而地方检察机关是追求案件事实的主力军，其内设机构相对来说较为复杂。且地方检察院接受上级检察院的领导与监督。而英美法系，注重检察院外部和内部的独立，地方检察院并不隶属于上级检察院，甚至不接受上级检察院的领导与监督。
造成两大法系检察机关机构设置差异如此大的原因有以下几点：第一，对于刑事诉讼功能的理解不同。英美法系认为刑事诉讼和民事诉讼都是解决当事人矛盾的方式，检察机关的设置并不需要与法院对立，只要形成对抗式的诉讼构造即可。而大陆法系认为刑事诉讼是国家进行统治的工具，检察机关必须要同法院形成一对一的格局。检察机关的机构设置最终是为了诉讼目的的实现。第二，具体国情的不同也会造成检察机关格局的不同。例如同属于大陆法系的德国和法国，有的是单一制而有的是联邦制国家，其在设立检察机关系统时也会有所区别。第三，各级检察机关的设置不同也会影响检察机构内部设置，检察机关内部机构设置完全是服务于检察系统的，其内部职能的实现是为了检察系统检察权的实现。